Ed hat Sloths Körperstruktur komplett in Äthanol umgewandelt. Das war nicht einfach, aber der einzige Weg, um einen einmal begangenen Fehler wiedergutzumachen. Währenddessen kommt bei der in den Norden gesandten Truppe Unruhe auf.
Nun, da Al zum Stein der Weisen geworden ist, stehen sich Ed und Sloth im Kampf gegenüber. Al ist verwirrt, denn er sieht in Sloth auch jetzt noch das Gesicht seiner Mutter. Doch Ed greift Sloth an, um für sein wirkliches Vergehen zu büßen.
Der Mythos besagt, dass der Stein der Weisen denjenigen Unglück bringt, die nach ihm suchen. Nun, da mit Reole eine ganze Stadt geopfert wurde, verbreitet er sich erneut. Auf einen Sonderbefehl des Generalfeldmarschalls hin fällt eine von Kimbly angeführte Chimärentruppe in Reole ein. Doch der auf Rache brennende Scar stellt sich ihnen in den Weg.
Die Bewohner Reols sind verwirrt, denn sie haben ihren Anführer verloren. Archers Truppe nutzt die Verwirrung aus und marschiert in die Stadt ein. Währenddessen will Scar versuchen, den Stein der Weisen zu komplettieren.
Kimbly läuft zur Armee über und denunziert für Geld Greed und seine Kameraden. Als Martel ihn entdeckt, lässt sie sich noch nicht einmal von Al abhalten, ihren Todfeind anzugreifen. Währenddessen kommt es in Reole schließlich zur Konfrontation zwischen Ed und Scar.
Unterwegs erzählt Martel Ed und Al von ihrer Vergangenheit. Sie, Roa, Dolcetto und die anderen waren Mitglieder einer Spezialeinheit der Armee. Und so kommt die Wahrheit über den Ausbruch des Ishbar-Bürgerkrieges und das fünfte Forschungsinstitut ans Licht. Gleichzeitig erreicht eine von Archer angeführte Truppe Reole, um einen Aufstand niederzuschlagen.
Als Kujo herausfindet, dass Victorique erneut von ihrem Vater gerufen wurde, beeilt sie sich. Der Inspektor enthüllt Kujo, dass Victorique möglicherweise nicht gehen kann, es sei denn, sie findet die Wahrheit über Coco Roses Tod heraus. So beginnt er, die Stadt nach weiteren Hinweisen in Bezug auf den Fall zu durchsuchen.
Kujo reist in die Hauptstadt, um ein Geschenk für Victoriques Geburtstag zu finden, welcher zufälligerweise am Weihnachtstag ist. Währenddessen erhält Victorique eine Nachricht von ihrer Mutter und beginnt erfolglos nach Kujo zu suchen, bis sie von ihrem Vater gerufen und von Grevil in die Hauptstadt gebracht wird, um das größte Rätsel des Landes zu lösen...
Nachdem sie der Flut entkommen sind, befinden sich Victorique, Kujo und der Rest der Passagiere des Masquerade Express in einem blutigen Wettbewerb.
Victorique enthüllt Kujo, dass ihr Vater sie ins Kloster gebracht hat, um Cordelia und Brian zu ködern. Als die beiden fliehen, werden sie durch eine Illusion getrennt. Victorique trifft auf Brian, der verrät, dass er plant, ihren Vater und die Akademie aufzuhalten. Währenddessen trifft Kujo auf Cordelia, die ihm einen Ring und einige ermutigende Worte für ihre Tochter anvertraut.
Victoriques Vater hat sie von der Akademie in ein Kloster gebracht, das als "Beelzebub's Skull" in Litauen bekannt ist. Kujo erfährt von Grevil von ihrem Aufenthaltsort und nimmt einen Zug, der dorthin fährt, um nach ihr zu suchen. Angeleitet von einer Frau, die ihr sehr ähnlich ist, findet Kujo heraus, wo Victorique festgehalten wird.
Kujo fragt Brian Roscoe nach seiner Verbindung zu Victorique und ihrer Mutter. Er warnt ihn, sich vor ihrem Vater zu hüten. Währenddessen gelingt es Victorique die Geheimnisse über den Uhrturm und ihre eigene Herkunft zu lüften.
Victorique wird von ihrem Lehrer in ihr Klassenzimmer geschleppt und dem Rest ihrer Klassenkameraden vorgestellt. Avril versucht ihre Aufmerksamkeit zu erregen, aber sie wird stattdessen wütend auf sie. Kujo fordert Victorique auf, sich bei ihr zu entschuldigen. Als sie sich weigert, macht er sich mit Avril daran, den Fall ohne ihre Hilfe weiter zu untersuchen.
Kujo und Avril erkunden einen der Schultürme und Avril-Figuren, die mit der Legende von Leviathan in Verbindung stehen. Levithian war ein Alchemist, der Jahrzehnte zuvor dort gelebt hat. Victorique stolpert über ein Pop-up-Buch, das eine kryptische Nachricht enthält. Diese stammt angeblich von Leviathan selbst und sie beschließt selbst Nachforschungen anzustellen.
Mila hat endlich verstanden, dass Sieg und Ruhm nicht alles sind. Trotzdem ist sie fest davon überzeugt, dass es nichts schadet, wenn sich die Mannschaft immer wieder neue Ziele setzt und um die zu erreichen, auch mal Sondertrainingseinheiten einlegt. Weil vor allem Kudo die nötig zu haben scheint, kümmert sich Mila einzeln um sie. Doch Kudo bricht beim Training zusammen.
Als Lee erfährt, dass Ninja nicht mehr der Traumberuf Nummer eins in Konoha ist, beschließt er etwas zu unternehmen. Der Sommer bricht an und macht unseren Helden zu schaffen. Besonders Guy ist wegen mangelndem Frühstück so von der Hitze gebeutelt, dass er sogar im Krankenhaus landet.
Die Abschlussprüfungen stehen an. Dieses Mal können die Senseis selber entscheiden, wie sie ihre Schüler testen. Guy lässt seine Schüler gegen sich antreten. Tenten und Neji bestehen, doch von Lee erwartet Guy mehr. Er gibt ihm eine Woche Zeit. Ein hartes Training beginnt für Lee. Tenten und Neji helfen ihm, einen Angriff zu entwickeln, der es mit Guys Morgen-Pfau aufnehmen kann.
Kakashi und Guy haben genug davon, dass ihre Schüler Ninjutsu für Kleinigkeiten einsetzen. Bei einem Ausflug sollen sie lernen, ohne Ninja-Kräfte auszukommen. Aber ist Guy der richtige Mann dafür? Man muss Mädchen nur einen Regenschirm anbieten, um ihnen näher zu kommen. Doch das bringt Lee nichts, um Sakura näher zu kommen. Denn Sensei Guy hat ihm verboten, einen Regenschirm zu benutzen.
Eine Klassenfahrt führt Lee und seine Freunde in die alte Hauptstadt. Die Gruppen werden ausgelost. Lee und Naruto wollen unbedingt mit Sakura in eine Gruppe, aber da das Los gegen sie ist, müssen sie einen anderen Weg finden, um mit ihr Zeit zu verbringen. Abends beschließen die Jungs, einen Blick ins Mädchenzimmer zu werfen. Dafür müssen sie allerdings erstmal an Kakashi und Guy vorbei.
Als Lee und seine Freunde ein paar feindlichen Ninjas gegenüberstehen, kommen ihnen Shikamaru und Choji zur Hilfe. In einem Wettkampf sollen Lee und Neji daraufhin ihr Teamwork unter Beweis stellen. Als nächstes steht ein Intelligenztest an. Sensei Guy wird allerdings vorher von Orochimaru überwältigt, der seinen Platz als Prüfer einnimmt und Lee und die anderen auf eine harte Probe stellt.