Weil mindestens ein Shinobi aus jeder Gruppe Genin medizinische Ninjutsu beherrschen muss, besucht Sarada ein Seminar dazu. Sie weiß auf dem Papier zwar sehr viel über das Thema, beherrscht die Praxis allerdings weniger sicher. Da tut es der jungen Ninja nicht gerade gut, dass ausgerechnet ihre Mutter den Unterricht leitet und dabei ein wachsames Auge auf sie wirft.
Boruto erreicht Tento gerade noch rechtzeitig und stellt sich dem Kampf gegen Shojoji. Den Anführer der Mujina-Bande zu besiegen ist allerdings eine Herausforderung für den Sohn des siebten Hokage, denn sein Gegner schafft es mit Leichtigkeit, alle Angriffe auf ihn einfach zu kontern. Als dann auch noch das Mal auf Borutos Hand verrücktspielt, sieht es für den Shinobi und seinen Freund nicht gut aus …
Boruto freut sich darüber, dass seinem Team ein wichtiger Auftrag zugeteilt wurde. Kurz vor Missionsbeginn erfährt er jedoch, dass die Mujina-Bande Tento verschleppt hat, um den Daimyou zu erpressen. Schweren Herzens lässt der Shinobi daraufhin seine Freunde allein losziehen, während er sich daran macht, seinem Schützling zu helfen. Die Befreiungsaktion ist jedoch alles andere als ungefährlich …
Boruto muss weiterhin als Leibwächter für Tento arbeiten. Der Junge geht dem Ninja allerdings schon bald gewaltig auf den Geist und bittet ihn darum, ihm Shinobi-Kampftechniken beizubringen. Entnervt willigt Boruto ein und beginnt, Tento zu trainieren. Dabei entdeckt er, dass in seinem Schützling mehr steckt als zunächst gedacht.
In Konoha wird hoher Besuch erwartet: Der Daimyou des Feuerreichs hat sich für ein Treffen mit Naruto angekündigt. Der Feudalherr kommt allerdings nicht allein, sondern in Begleitung seines Sohnes Tento. Nachdem der verwöhnte Junge sich im Dorf bereits mit Iwabee angelegt hat, wird Boruto die Aufgabe zugeteilt, dem arroganten Kind als Leibwächter zu dienen. Der Ninja ist davon alles andere als begeistert …
Boruto, Mitsuki und Sarada gelingt es, zusammen mit Kokuri aus dem Gefängnis auszubrechen. Sie werden jedoch von Tsukiyo eingeholt, der das Team angreift. Um das Leben ihres Freundes zu retten, müssen die Shinobi all ihre Kräfte aufbringen, denn obwohl sie in der Überzahl sind, ist Tsukiyo ein gefährlicher Gegner – mit seinem mächtigen Mondschatten-Jutsu macht er den Ninjas schwer zu schaffen.
Während Boruto, Mitsuki und Kokuri ihren Ausbruchsplan in die Tat umsetzen, werden sie in den Tunneln unter dem Gefängnis von einem gigantischen Monster attackiert. Das ist allerdings nicht das einzige Problem, mit dem die Shinobi zu kämpfen haben, da Oberaufseher Benga ihre Pläne durchschaut hat und ihnen nachsetzt. Sarada kämpft währenddessen in einem überfluteten Teil der Burg um ihr Überleben – und bekommt dabei Hilfe von unerwarteter Seite.
Die Ninjas hecken einen Plan aus, um zusammen mit Kokuri aus dem Gefängnis auszubrechen, bevor ihr Freund in den anderen Zellenblock verlegt wird. Dafür müssen sie jedoch zunächst das Jutsu brechen, das ihr Freund bei seiner Einlieferung ins Schloss erhalten hat – und das stellt sich als gar nicht so einfach heraus. Als dann auch noch Kedama die Ausbruchspläne der Shinobi mitbekommt, wird die Sache noch komplizierter.
Boruto und Mitsuki versuchen in Erfahrung zu bringen, wo Kokuri das Geld von der Mujina-Bande verstaut hat. Da dieser sich weigert seinen Mithäftlingen zu verraten, wo sich das Diebesgut befindet, greifen die Ninjas mit Saradas Hilfe zu einer List. Währenddessen will auch Oberaufseher Benga mehr über Kokuris Geheimnis herausfinden – und schreckt dabei vor Gewalt nicht zurück.
Oberaufseher Benga ordnet einen Lockdown des gesamten Gefängnisses an, bis der Dieb der hölzernen Karte – und damit auch Kokuris Angreifer – gefunden wurde. Boruto und Mitsuki kombinieren, dass sich der Täter mit ihnen in einer Zelle befinden muss und machen sich daran, alles zu durchsuchen. Allerdings ist nicht jeder ihrer Mithäftlinge von dem Plan begeistert und so mancher verhält sich äußert verdächtig …
Nachdem Kokuri von einem mysteriösen Mann angegriffen wurde, wollen Boruto und Mitsuki besser für seine Sicherheit sorgen. Mit Saradas Hilfe versuchen sie, ihren Schützling in die eigene Zelle verlegen zu lassen, doch Oberaufseher Benga stellt sich quer. Boruto möchte deshalb in Erfahrung bringen, wie er gegen ihn vorgehen kann – für diese Information muss er jedoch erst einmal einen gefährlichen Test der Willensstärke bestehen.
Boruto und Mitsuki werden mit einer neuen Mission betraut: Sie sollen im Shinobi-Gefängnis Hozuki einen Gefangenen beschützen, der wichtige Informationen über eine kriminelle Bande besitzt. Die beiden Ninjas geben sich deshalb als Verbrecher aus und werden ebenfalls hinter Gitter gesteckt. Dort müssen sie nicht nur ihre Aufgabe ausführen, sondern bekommen es auch mit ihren Mitgefangenen und fiesen Aufsehern zu tun.
Da Boruto und Sarada keine Niederlage mehr einstecken möchten, beginnen sie ein hartes Training. Während Narutos Sohn sein Rasengan für den nächsten Kampf zu verbessern versucht, ist Sarada unter der Anweisung von Sasuke fleißig dabei, die Technik des Chidori zu erlernen. Derweil versuchen Konohamaru und Mugino in Victors Forschungseinrichtung mehr über dessen Beweggründe herauszufinden.
Im Kampf wurden Boruto und Sarada von Deepa übel zugerichtet. Da ihnen Yubina in dieser Notlage nur bedingt helfen kann, werden sie zur besseren Versorgung nach Konoha gebracht. Trotz ihres verheerenden Scheiterns ist der Siegeswille der beiden nicht gebrochen und sie beschließen, von nun an umso zielstrebiger zu trainieren. Andernorts wird die Lage zwischen Victor und Deepa immer angespannter.
Nach anfänglicher Skepsis bezüglich der Identität des Gegenübers, fallen sich Hiruga und Asaka glücklich in die Arme, doch der fröhliche Moment währt nur kurz. Einige Augenblicke später taucht Deepa auf, der dem fröhlichen Zusammensein ein Ende bereitet. Als wäre das nicht genug, gesellt sich auch Victor zu der Runde und offenbart seine Zusammenarbeit mit Deepa.
Die Ninja aus Konoha sind den letzten beiden Dieben dicht auf den Fersen. Im Bewusstsein dieser Tatsache bleibt Hiruga zurück, um Asaka mit den Hashirama Zellen einen Vorsprung zu verschaffen. Wie seine Brüder scheut auch er nicht davor zurück, sein Leben zu geben, damit ihre Mission gelingt. Es liegt nun an Boruto, Hiruga von diesem Himmelfahrtskommando abzubringen.
Dem Team ist es gelungen, einen der Räuber einzuholen. Die Erfolgsaussichten auf einen schnellen Sieg gegen den Unruhestifter sind gut, denn allein scheint der Shinobi aus dem Dunstreich gegen seine fünf Gegner keine Chance zu haben. Doch Yuga hat ein Ass im Ärmel: das verbotene Jutsu des Todes. Boruto und seine Freunde müssen nun geschickt vorgehen, um das heraufbeschworene Monster zu besiegen.
Gerade als sich Boruto, Mitsuki und Sarada vor ihren Verfolgern sicher fühlen, werden sie aus dem Hinterhalt angegriffen. Es braucht viel Überzeugungsarbeit, um den drei fremden Shinobi klarzumachen, dass jemand anderes für den Diebstahl der Hashirama Zellen verantwortlich ist. Da beide Gruppen sich einig sind, dass die kriminelle Bande aufgehalten werden muss, schließen sie sich zusammen.
Boruto und Konohamaru sind nach dem heimtückischen Mord an Lady Sakuya und dem Diebstahl der Hashirama Zellen auf der Flucht. Da sie nun vom gesamten Dorf verfolgt werden, müssen sie mit Sarada und Mugino einen neuen Plan aushecken. In der Hoffnung, die eigentliche Diebesbande aufzuspüren, trennen sich die Wege der Vier erneut, doch die Gefahr ist groß, selbst entdeckt zu werden.