Sie sind „NEET“ („Not in Education, Employment or Training“) und „Hikikomori“ („Menschen, die sich in ihrem Zimmer einschließen und den Kontakt zur Gesellschaft auf ein Minimum reduzieren“), also junge Menschen, die die Schule bzw. Ausbildung verweigern und sich am Rande der japanischen Gesellschaft befinden…
Um alle etwas aufzuheitern, beauftragt Mrs. Hudson alle ihren Kater zu finden. Sherlock hat eigentlich kein Interesse daran, aber als der freche Kater seine Karten für eine Rakugo-Aufführung stiehlt, muss auch er sich an der Suche beteiligen. Natürlich kombiniert er alle Hinweise richtig und kann Pipe in die Falle locken. Am Ende schlägt Watson vor, dass er bleibt und Sherlocks Assistent wird.
Wir erfahren, dass James Alexandras Bruder ist und sie an dem Tag ermordet wurde, als sie den östlichen Teil des Bezirks besuchen wollte. Sherlock hat anscheinend das Geheimnis um Jack the Ripper gelöst und lässt alle antreten um sein Fazit zu verkünden. Nicht Kyogoku ist Jack, sondern Maki. Sherlock und Watson können sie stellen und sie ihre Maske fällt. Doch da taucht James auf.
Irenes Tod macht Sherlock schwer zu schaffen. Auch Watson kämpft und hat immer wieder Visionen von ihr. Und was hatte James am Tatort zu suchen? Während Watson langsam James verdächtig und ihn damit konfrontiert, geht Sherlock einer anderen Theorie nach. Wieso soll Irenes Leichnam in das Universitätskrankenhaus verlegt werden? Zufällig das Krankenhaus, in dem Watson gearbeitet hat.
Die Kids sehen Sugimoto, den ehemaligen Boss von Kobayashi bei den Yakuza, wie er Schutzgeld eintreibt. Yoshio kann es nicht lassen und klaut ihm seine Beute. Das lässt er nicht auf sich sitzen. Sugimoto und sein Untergebener verprügeln Kobayashi und finden heraus, wo die Kinder sich verstecken. Nun muss Kobayashi alles daran setzen, sich vor dem Mann zu retten.
James hat zwei Freikarten für ein Badehaus, also gehen er, Sherlock und Watson sich entspannen. Nur, dass Watson noch nie in einem Badehaus war und James ihm alles erklären muss. Zu allem Überfluss stoßen sie auch noch auf einen Fall. Eine Band hat sich zerstritten und ihr Sänger ist im Badehaus verschwunden. Zwei Mitglieder der Band gestehen den Mord, doch wer war es wirklich?
Fujiko, die Besitzerin eines Blumenladens soll an einem Vorsingen teilnehmen. Doch am Tag des Vorsingens wird es abgesagt und der Produzent ist nicht der, für den er sich ausgibt. Fujiko beauftragt die Detektive des Reihenhauses herauszufinden, wer sie reingelegt hat und wieso. Sherlock findet schnell raus, dass es Fujikos Aushilfe Saori war, um mit ihrem Partner Goldbarren zu stehlen.
Der junge Arzt Watson hat einen Fall für den Detektiven Sherlock Holmes, im tokioter Bezirk Shinjuku - Rotlichtviertel Kabukicho. Doch da gibt es einen neuen Mord und angeblich ist der Serienmörder Jack the Ripper der Täter. Bevor er sich versieht, gerät Watson in ein Spiel um Leben und Tod. Drei Detektive, darunter Sherlock, sollen den Mordfall lösen. Doch war es wirklich Jack the Ripper?
Der Homra Clan unter Leitung des roten Königs Mikoto Suoh und Scepter 4 unter Leitung des blauen Königs Munakata Reisi treffen in einer Auseinandersetzung aufeinander. Kurz darauf wird Yashiro Isana, genannt Shiro, aus ihm unbekannten Gründen von Homra angegriffen. Kuroh Yatogami rettet ihn, aber beschuldigt ihn plötzlich des Mordes an einem Mann von Homra und der farblose König zu sein.
Wakamatsu leidet an Schlaflosigkeit, weil Yuzuki ihn verrückt macht. Als er Nozaki besucht, bringt ihn eine tolle Singstimme zum Schlafen.
Chiyo trifft Nozakis Redakteur Miyamae, den ehemaligen Nozaki-Redakteur Maeno und den Manga-Zeichner Yukari Miyako durch Nozaki.
Obwohl Mikoshiba ein gut aussehender Junge ist, hat er sehr wenig Chancen eine Freundin zu finden. Er steht auf Charaktere aus Spielen. Nozaki und Chiyo versuchen ihn zu beraten.
Nozaki will in seinem Manga neue Charaktere erschaffen. Chiyo und Mikoshiba stellen ihm ihre Freunde Yuzuki und Kashima als Vorbilder vor.
Nozaki stellt Chiyo Mikoshiba vor, der einer von Nozakis Freunden und sein Manga-Assistent ist. Mikoshiba agiert immer groß, aber Chiyo lernt seine verborgene Persönlichkeit kennen.
Als das Highschool-Mädchen Chiyo Sakura dem Schulkameraden Umetarou Nozaki ihre Liebe gesteht, gibt er ihr eine Autogrammkarte. Chiyo erfährt, dass er als Mädchen-Manga-Zeichner Sakiko Yumeno bekannt ist und er sie als seinen Fan missverstanden hat. Sie bietet ihm an, ihm beim Zeichnen seines Mangas zu helfen.
Angriffe von einem unbekannten Feind! Dieser Feind entpuppt sich als ein extra-dimensionales U-Boot, das unter dem Kommando von Domel steht. Als die Yamato bei einem Torpedoangriff schwer getroffen wird, kollabiert Okita und muss sich einer Notoperation unterziehen. Den Befehlen nicht gehorchend, geht Kodai ein riskantes Unterfangen ein, um die Yamato zu retten.
Der erste Kontakt mit den Gamilas. Die Wahrheit hinter dem, was wirklich passiert ist, hinterlässt zwischen Kodai und Shima böses Blut. Die Wahrheit, die direkt aus den Mündern von Yamazaki und Okita gesprochen wurde, ist... Unterdessen hat Desler auf der Heimatwelt der Gamilas General Domel befohlen, die Yamato zu jagen und zu vernichten.
Es gibt einen Meinungskonflikt darüber, wie man Melda, die Gamilas-Pilotin, die an Bord der Yamato geblieben ist, behandeln soll. Inmitten all dieser Auseinandersetzungen starten Meldas Jäger und ein Cosmo Falcon plötzlich vom Schiff. Wer aber um Himmels willen steuert sie?
Die Yamato befindet sich in einem extra-dimensionalen Riss. Dieser Ort entpuppt sich als ein kosmischer Friedhof, übersät mit Wracks zahlloser außerirdischer Schiffe. Ein Gamilas-Schiff, das ebenfalls in dem Riss gefangen ist, begrüßt die Yamato. Man teilt ihnen mit, dass man zusammenarbeiten müsse, wenn man diesem Riss entkommen möchte. Aber dann...
AU09 wird beauftragt, Alter, den gefangenen mechanischen Soldaten der Gamilas, zu analysieren und aus diesem wertvolle Informationen über den Feind zu extrahieren. Zwischen den beiden Maschinen entwickelt sich eine freundschaftliche Beziehung. Ito, der Chef der Sicherheit, soll Alter zerstören, sobald dieser unerklärliche Verhaltensmuster an den Tag legt.