Hagoromo erzählt eine weitere Geschichte: Die, der Entstehung des Ninshu. Die wiederbelebten Hokage lauschen gespannt. Was hat das Ende der Erzählung für Auswirkungen auf Naruto und Sasuke?
Kaguya sieht in Naruto und Sasuke ihre Söhne Hagoromo und Hamura, die sie, wie sich aus ihren Bemerkungen schließen lässt, nicht besonders gut leiden kann. Um sich die Chance auf Flucht zu ermöglichen, setzt Naruto ein lange im Geheimen trainiertes Jutsu ein, das alle Anwesenden sehr überrascht.
Eine weitere Geschichte aus Konohas Vergangenheit: An der Grenze von Suna-Gakure und Konoha-Gakure kommt es zu Unruhen und beide Dörfer schicken ein Team los, um dort nach dem Rechten zu sehen. Die beiden Dörfer sind erst seit kurzem verbündet und so ist es wichtig für die diplomatischen Beziehungen, dass die Unruhen schnell geschlichtet werden. Gaara aus Suna zieht mit Yaoki und Korobi los, während Konoha Kakashis Team aussendet. Gemeinsam machen sie sich auf den Weg, doch da Suna-Gakure dem eigenen Kameraden Gaara nicht traut, schickt man ihm heimlich Leute hinterher, die ihn bei der erstbesten Gelegenheit festnehmen sollen. Es kommt zum Kampf und Gaara erfährt das erste Mal, was Freundschaft ist, denn Naruto und sein Team stehen absolut hinter Gaara und unterstützen ihn. Es gelingt ihnen, die Abgesandten außer Gefecht zu setzen und dann machen sie sich auf den Weg, um ihre eigentliche Mission zu erfüllen.
Sakura erinnert sich an eine frühere Mission zurück, bei der Naruto mal wieder für ordentlich Schwiergkeiten gesorgt hatte. Damals lernten sie Tsukado kennen, als das Team 7 in einem Dorf ein Nachtquartier suchte. Tsukado war auf „Rachefeldzug“, doch leider ein viel zu netter Mensch, um sich wirklich rächen zu wollen. Er glaubte nur, dass er das für seinen Clan tun müsse. Er forderte einen Typen namens Katazu heraus. Leider hielt sich im Dorf auch eine Bande windiger Gestalten auf und deren Anführer Kanabun versuchte, aus dem Kampf Profit zu schlagen und nahm Wetten auf die Kontrahenten an. Naruto und sein Team schaltete sich ein und gemeinsam gelang es ihnen, Kanabun in die Flucht zu schlagen.
Naruto, Guy, Kakashi und Killerbee stehen weiter Madara gegenüber, und scheinen chancenlos gegen ihn zu sein, egal welche Techniken sie auch anwenden. Jeder scheinbare Treffer gleitet nur durch Madaras Körper hindurch. Das ist ein Problem, denn Madara droht, den Juubi wiedererstehen zu lassen, der die Kraft aller Bijuus in sich vereint.
Sasuke, Suigetsu und Jugo befinden sich in der Höhle mit dem versiegelten Kabuto. Suigetsu ist außer sich, als Sasuke berichtet, dass er Orochimaru wiedererstehen lassen und ihn um einen Gefallen bitten will. Sasuke setzt sich allerdings über ihn hinweg. Orochimaru gibt zu, dass er es auf Sasukes Körper abgesehen hat, aber dazu sei er noch zu schwach.
Sakura kümmert sich um Sasame, der es anscheinend schlecht geht. Jiraiya interessiert sich natürlich für das Mädchen, das vom Fuuma Clan stammt. Bei einem Picknick zeigt sich aber, dass Sasame nicht so hilflos ist, wie es den snschein machte. Plötzlich wird sie aber von den Fuuma-Clan-Mitgliedern Kamikiri Jigumo und Kagero festgehalten. Die drei haben den Clan verraten und arbeiten inzwischen für Orochimaru, der ihnen versprochen hat, ihren Clan beim Wiederaufbau zu unterstützen…
Jiraiya, Naruto und Sakura erreichen mal wieder ein Dorf, in dem so richtig das Leben tobt – was, wie Naruto und Sakura bereits ahnen, prompt dazu führt, dass Jiraiya sich auf den Weg zur ‚Informationsbeschaffung‘ macht. In einer Bar behauptet eine Frau, ihm weiterhelfen zu können, lockt ihn aber dann in einen Hinterhalt…
Danzo, der kurzzeitig verschwunden war, ist von den Anbu gefunden und zurück ins Dorf gebracht worden. Tsunade verhört ihn, weil sie Informationen von ihm haben möchte, doch er verhöhnt sie nur. Außerdem scheint er Koharu und Homura hinter sich zu haben, die Tsunades gemäßigte Politik offenbar auch nicht gutheißen…
Sora ersetzt erstmal Sai, der verletzt ist, und wird so Mitglied des „Teams Kakashi“. Das bedeutet, dass Yamato mit einigen grundlegenden Trainingseinheiten neu anfangen will, weil Sora die ja nicht kennen kann, aber Asuma rät ihm ab. Die Spannungen zwischen Sora und Naruto sind unverkennbar und Asuma schlägt vor, dass die beiden ihr persönliches Training weitermachen, in der Hoffnung, dass sie sich dann zusammenraufen…
Die Entstehungsgeschichte der Shinobi ist ein großes Mysterium. Doch nun erfahren Naruto und Sasuke die Hintergründe von einer vertrauenswürdigen Quelle: Der dritte Sohn von Kaguya Ootsutsuki berichtet, was seine Mutter vor mehr als tausend Jahren erlebte.
Madara lässt sich von dem Götterbaum das Chakra der Dorfbewohner abschöpfen, was zu seiner Transformation in die Urmutter der Chakren führt. Natürlich müssen Naruto und Sasuke ihn aufhalten, doch nicht in dieser Welt.
Naruto und Itachi stehen sich gegenüber. Auch Sasukes kleiner Bruder ist dabei. Doch es gibt kein Erbarmen, Itachi beschwört ein Jutsu herauf und kann flüchten. Kann Naruto seinen Plan, das Dorf anzugreifen, vereiteln und gleichzeitig auch seinen alten Freund retten, oder wird das ein Kampf auf Leben und Tod?
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
In Tsunades Traum ist Sasuke wegen seines großen Erfolgs nun zum Leutnant der Konoha-Polizei befördert worden.
Tsunade befindet sich im Traum nun an der Stelle, an der Sasuke das Chidori von Kakashi erwirbt. Indessen will sich Itachi mit dem Dorf versöhnen.
In Tsunades Traum wird es Tag. Der zweite Teil des Buchs beginnt und die meisten Konoha-Nin sind zurück.
Tsunade liest weiter: Es stellt sich heraus, dass der maskierte Mann kein geringer als Nejis Vater ist.
Tsunade ist in ihrem Traum an der Stelle des Buchs angekommen, an der das Kyuubi aus Narutos Siegel bricht. Jiraiya muss es schnell erneuern.