Auch wenn der Kampf gegen den Otsutsuki-Clan ein glimpfliches Ende genommen hat, hallt er in den Köpfen aller Beteiligten noch immer. Doch es muss weiter gehen und Konohagakure beruft ein Treffen der Kage ein. Es erscheinen auch alle- mit Ausnahme von Tsuchikage! Boruto und sein Team 7, das für die Sicherheit der Konferenz eingeteilt war, begibt sich auf eine neue Mission: Wo ist der Tsuchikage?
Rock Lee hat sich vorgenommen, seinem Sohn Metal endlich das ultimative Taijutsu beizubringen: Die Beherrschung der Acht Inneren Tore! Und es ist ja auch nicht so, als wollte Metal diese Technik nicht lernen, doch seine Nervosität macht ihm einen Strich durch die Rechnung. Da gibt es nur noch einen, der helfen kann. Natürlich der große Held des vierten Shinobi-Weltkrieges: Sensei Guy!
Chocho hat eine Beleidigung von Tomaru kassiert, dennoch lässt sie nicht locker. Sie tarnt sich weiterhin mit ihrem Schmetterlingsmodus, um dem Schönling zu imponieren. Doch dann geschieht das Unglück: Der Ninja mit der Gasmaske erscheint erneut und entführt ihren Tomaru, für den anschließend ein saftiges Lösegeld verlangt wird. Kann Chocho ihren großen Schwarm noch einmal wiedersehen?
Das Filmstudio, dem Team 7 und Team 10 zugewiesen wurden, wird von einem mysteriösen Ninja angegriffen. Trotz der Hilfe der Genin wird die Hauptdarstellerin verwundet. Eine Neubesetzung muss her und Tomaru, der Hauptdarsteller, wählt die erschlankte Chocho als Stellvertreterin!
Eine neue Mission für Team 7 und Team 10! Sie sollen als Bodyguards für die Sicherheit der beiden Schauspieler Tomaru und Ashina sorgen. Da es sich bei Tomaru ausgerechnet um Chochos größten Schwarm handelt, lässt die natürlich keinen Versuch aus, den Schönling um ihren kleinen Finger zu wickeln. Dabei ist ihr nahezu jedes Mittel recht – auch arglistige Täuschung!
Kuu, der sich durch das gestohlene Herz regeneriert hat, hat es auf Mitsuki, Boruto und Sarada abgesehen. Die Lage scheint fast ausweglos. Doch Kuu hat die Rechnung ohne den Oonoki gemacht. Unter Einsatz seines Lebens stellt sich der dritte Tsuchikage dem Anführer der künstlichen Menschen und es kommt zum erbitterten Kampf in Iwagakure. Und auch für Boruto und seine Kameraden gibt es Hoffnung.
Mitsuki hat Kuu verraten und ihn schwer verletzt. Zu keiner Zeit hatte er vor, ihm das Herz zu überlassen. Kuu schwört aber Mitsuki zu töten. Sekiei sieht in ihm nur einen Verräter und greift an. Mit traurigen Konsequenzen. Boruto und Sarada stehen erneut Kirara im Kampf gegenüber. Und Kuu? Der hat sich ein anderes Herz gestohlen und sinnt auf Rache.
Während Boruto und seine Kameraden alles dafür tun, Kuu und seine Gefolgschaft aufzuhalten, leitet dieser bereits die nächsten Schritte ein. Denn er, der erste künstliche Mensche, will auch das erste Herz erhalten. Oonoki hat einen großen Fehler gemacht. Doch können er und die Ninja aus Konoha überhaupt noch etwas tun? Denn Mitsuki ist bereits auf dem Weg zum künstlichen Herz.
In Iwagakure werden Oonoki und die Ninja aus Konoha erstmal festgesetzt. Kuu und seine Gefolgschaft haben das Dorf vollständig eingenommen. Oonoki ist entsetzt, dass Kuu sich nicht an die Abmachung hält. Doch Shikadai ist zur Stelle und gemeinsam mit seinem Team knüpft er sich Kokuyo vor. Währenddessen sehen sich Boruto und Sarada mit der sadistischen Kirara und ihrem Blick konfrontiert.
Oonoki hofft nach wie vor auf Borutos Verständnis. Er hält Mitsuki für den perfekten künstlichen Menschen, wie geschaffen für seine Experimente. Boruto ist hin und her gerissen. Er weiß genau, dass Mitsuki eindeutig einen eigenen Willen besitzt. Er will seinen Freund beschützen. Währenddessen läuft Kuu die Zeit davon. Unter allen Umständen wollen sie ihren Plan in die Tat umsetzen.
Nachdem Boruto sich bei der Suche nach seinem Stein des Willens beweisen konnte, kann er sich nun wieder voll und ganz seiner selbst auferlegten Mission widmen: Was sind Oonokis Pläne mit Mitsuki und wo steckt dieser? Oonoki bringt Boruto an einen ganz besonderen Ort um ihm seine Zukunftsvision zu erklären. Aber ob er mit dieser Geschichte beim aufbrausenden Boruto auf Verständnis stößt?
Um der Sanzu-Ebene endlich zu entkommen, sucht Boruto noch immer verzweifelt nach seinem Stein des Willens. Dann erscheint auch noch Sekki, der an den letzten Chunin-Auswahlprüfungen teilgenommen hatte. Auch er ist gekommen um sein Stein des Willens zu finden. Da aber sowohl Boruto als auch Sekki große Schwierigkeiten mit dieser Aufgabe haben, mischt sich Oonoki schließlich ein.
Boruto und Oonoki haben es beinahe zum Treffpunkt geschafft, als sich ihnen doch noch ein Hindernis in den Weg stellt: die Sanzu-Ebene! Der Trainingsplatz Iwagakures, dem man nur entkommen kann, wenn man seinen ganz persönlichen „Stein des Willens“ findet. Aber was genau ist das? Solange Boruto das nicht herausfindet, sitzen er und Oonoki fest. Mitsuki hingegen trifft endlich auf Meister Kuu.
Was führt Oonoki nur im Schilde? Jedenfalls nichts Gutes, soviel steht fest. Boruto verlangt Antworten vom dritten Tsuchikage. Antworten auf die Fragen zu den jüngsten Vorkommnissen in Konoha und Iwagakure, aber auch in Bezug auf Mitsukis Verbleib. Doch Oonoki ist keine große Hilfe. Stattdessen entbrennt ein Kampf und Boruto und seine Kameraden werden getrennt. Jeder ist nun auf sich gestellt.
Boruto, mittlerweile wieder auf den Beinen, und seine Freunde schreiten weiter voran in Richtung Erdreich. In Iwagakure angekommen, machen sie sich auf die Suche nach Oonoki, dem dritten Tsuchikage. Doch sie treffen zunächst nicht auf ihn, sondern auf dessen Begleiter Akatsuchi, nicht ahnend, dass sie bereits beobachtet werden. Irgendetwas scheint faul zu sein …auch der vierten Tsuchikage fehlt.
Immer noch droht ein Kampf zwischen den beiden Streithähnen, und Sasuke ist der Meinung, dass der wo möglich für beide böse enden könnte. Und so bleibt es immer wieder spannend, zumal auch Madara und seine Gehilfen ihre Finger im Spiel haben. Sasuke wendet sich sogar an ihn, damit er ihm, vor dem alles entschei-denden Kampf mit Naruto, Itachis Auge implantiert. Und Naruto hat plötzlich auch Probleme, denn er wird durch ein mit Gift getränktes Kunai von Sakura im Gesicht verletzt.Naruto hat die Hoffnung immer noch nicht aufgege-ben, mit Sasuke eine richtige Freundschaft zu pflegen. Vor allem baut er auf einen Ausspruch, den Sasuke vor längerer Zeit getan hatte, nämlich, dass ein erstklassi-ger Shinobi die Gedanken eines anderen lesen könne.
Unterdes ahnen Narutos Freunde, dass er ihnen etwas verheimlicht und reagieren wütend auf seinen Vorschlag, sich das nächste Mal ganz alleine Sasuke zu stellen.Nach dem Tod Danzos soll Kakashi zum neuen Hokage ernannt werden. Er selbst zögert, doch die Dorfältesten sind sich einig. Welche Verpflichtungen dieser Posten mit sich bringt, zeigt sich schon darin, dass sein Gesicht auf dem Felsenmonument über der Stadt in Stein gehauen werden soll. Doch bevor es zur Ernennungszeremonie mit dem Feudalherren des Feuerreichs kommt, lädt ihn sein alter Freund und Rivale Guy noch einmal zu einem Wettrennen ein, das quer durch die Stadt führt. Noch einmal soll sich Kakashi unbeschwert messen können, bevor er die große Aufgabe übernimmt. Doch dann kommt es zu einer ungeahnten Wendung.
Mit dem Senjutsu haben Naruto und die anderen Erfolg und können Obito endlich etwas entgegensetzen. Dieser hat jedoch einen Bannkreis errichtet und ist kurz davor Bijukugeln explodieren zu lassen und damit die gesamte Shinobi-Allianz zu vernichten. Durch eine trickreiche Aktion, schafft es Naruto, zusammen mit seinem Vater und den zwei Kyubis, alle aus dem Bannkreis zu retten. Nun will Minato seinem Sohn noch etwas sagen, doch er weiß schon bescheid, da er mit seiner Mutter gesprochen hat.
Alle Versuche Obito anzugreifen schlagen fehl. Er scheint einfach zu stark und zu schnell zu sein. Jutsus selbst wirken bei ihm nicht. Das ist auch der Grund wieso sich Minatos Körper nicht wieder regeneriert. Obtio spottet über Minato und deutet an, wieso er kein Hokage wie sein Lehrer werden wollte. Während Hashirama und Madara einen heftigen Kampf ausfechten, kommt Tobirama eine Idee, wie man Obito doch angreifen kann. Statt Ninjutsu, probieren sie es nun mit Senjutsu.