In Iwagakure werden Oonoki und die Ninja aus Konoha erstmal festgesetzt. Kuu und seine Gefolgschaft haben das Dorf vollständig eingenommen. Oonoki ist entsetzt, dass Kuu sich nicht an die Abmachung hält. Doch Shikadai ist zur Stelle und gemeinsam mit seinem Team knüpft er sich Kokuyo vor. Währenddessen sehen sich Boruto und Sarada mit der sadistischen Kirara und ihrem Blick konfrontiert.
Oonoki hofft nach wie vor auf Borutos Verständnis. Er hält Mitsuki für den perfekten künstlichen Menschen, wie geschaffen für seine Experimente. Boruto ist hin und her gerissen. Er weiß genau, dass Mitsuki eindeutig einen eigenen Willen besitzt. Er will seinen Freund beschützen. Währenddessen läuft Kuu die Zeit davon. Unter allen Umständen wollen sie ihren Plan in die Tat umsetzen.
Nachdem Boruto sich bei der Suche nach seinem Stein des Willens beweisen konnte, kann er sich nun wieder voll und ganz seiner selbst auferlegten Mission widmen: Was sind Oonokis Pläne mit Mitsuki und wo steckt dieser? Oonoki bringt Boruto an einen ganz besonderen Ort um ihm seine Zukunftsvision zu erklären. Aber ob er mit dieser Geschichte beim aufbrausenden Boruto auf Verständnis stößt?
Um der Sanzu-Ebene endlich zu entkommen, sucht Boruto noch immer verzweifelt nach seinem Stein des Willens. Dann erscheint auch noch Sekki, der an den letzten Chunin-Auswahlprüfungen teilgenommen hatte. Auch er ist gekommen um sein Stein des Willens zu finden. Da aber sowohl Boruto als auch Sekki große Schwierigkeiten mit dieser Aufgabe haben, mischt sich Oonoki schließlich ein.
Boruto und Oonoki haben es beinahe zum Treffpunkt geschafft, als sich ihnen doch noch ein Hindernis in den Weg stellt: die Sanzu-Ebene! Der Trainingsplatz Iwagakures, dem man nur entkommen kann, wenn man seinen ganz persönlichen „Stein des Willens“ findet. Aber was genau ist das? Solange Boruto das nicht herausfindet, sitzen er und Oonoki fest. Mitsuki hingegen trifft endlich auf Meister Kuu.
Was führt Oonoki nur im Schilde? Jedenfalls nichts Gutes, soviel steht fest. Boruto verlangt Antworten vom dritten Tsuchikage. Antworten auf die Fragen zu den jüngsten Vorkommnissen in Konoha und Iwagakure, aber auch in Bezug auf Mitsukis Verbleib. Doch Oonoki ist keine große Hilfe. Stattdessen entbrennt ein Kampf und Boruto und seine Kameraden werden getrennt. Jeder ist nun auf sich gestellt.
Boruto, mittlerweile wieder auf den Beinen, und seine Freunde schreiten weiter voran in Richtung Erdreich. In Iwagakure angekommen, machen sie sich auf die Suche nach Oonoki, dem dritten Tsuchikage. Doch sie treffen zunächst nicht auf ihn, sondern auf dessen Begleiter Akatsuchi, nicht ahnend, dass sie bereits beobachtet werden. Irgendetwas scheint faul zu sein …auch der vierten Tsuchikage fehlt.
Der sichtlich vom letzten Kampf gezeichnete Boruto ist noch immer bewusstlos und Sarada und Shikadai beraten über das weitere Vorgehen. Sollen sie nun nach Konoha zurückkehren? Zweiteres wäre in jedem Fall mit weiteren unvorhersehbaren Gefahren verbunden. Aus diesem Grund begeben sich Inojin und Chocho auf Erkundungsmission und stoßen auf etwas seltsam Vertrautes.
Das erhoffte Wiedersehen mit Mitsuki verläuft anders als geplant. Während der verletzte Boruto noch bewusstlos ist, zieht Mitsuki mit Sekiei und Kokuyo weiter, statt nach Konoha zurückzukehren. Doch dann erkrankt Sekiei auf dem Weg in seine Heimat und Kokuyo macht sich auf, Medizin zu besorgen. Mitsuki kümmert sich um seinen kranken Freund und zeigt ihm auf, was es bedeutet, Mensch zu sein.
Boruto, Sarada und Team Ino-Shika-Cho haben es fast geschafft, Mitsuki und seine Begleiter einzuholen. Doch da bekommen sie es mit Kokuyo zu tun, der alles daran setzt, die Verfolger schnell wieder loszuwerden. Er erweist sich als hartnäckiger Gegner und die Ninja aus Konoha haben mit seinen geschickten Kampfkünsten Probleme. Da bietet sich plötzlich eine kleine Chance.
Durch ihren cleveren Schachzug trifft die Truppe um Boruto nun doch noch auf Hakuja Sennin. Der kann ihnen tatsächlich Auskunft über Mitsuki geben. Dieser ist auf dem Weg ins Erdreich und das ausgerechnet gemeinsam mit Sekiei und Kokuyo, den beiden Attentätern von Konoha! Was hat Mitsuki mit ihnen zu tun und was wollen die drei in der Ferne?
Der Kampf gegen die Schlange Garaga ist in vollem Gange und Boruto und die anderen arbeiten strategisch zusammen, um an die Kinnschuppe zu kommen. Garaga, der nach und nach die respektable Stärke seiner Gegner eingestehen muss, schmiedet aber bereits einen neuen Plan: sie alle in einem Bissen zu verschlingen. Doch da fällt Boruto etwas auf und er schlägt Garaga etwas Interessantes vor.
Die fünf Kage der Großen Reiche sind zusammen gekommen, um eine schwere Entscheidung zu treffen: die Formierung einer alliierten Ninja - Truppe, die die Länder gegen alle Gefahren von außen verteidigen soll. Alles wartet auf das Ergebnis, das am Ende po-sitiv ausfällt. Was aber auch alle fast noch mehr be-wegt ist die Frage, wie es passieren konnte, dass Akatsuki in die ebenso streng geheimen, wie auch streng bewachten Räume in der die Kages tagen, eindringen können. Es gibt also viel Aufklärungsbedarf über die Akatsuki-Organisation.
Nach dem Tod Danzos spitzt sich die Lage zu. Während sich Naruto und seine Gefährten sammeln und Kakashi zum neuen Hokage ausgerufen werden soll, gelingt es Madara durch einen Trick, Killerbeat zu überlisten. Neben dem Neunschwänzigen aus Konoha ist Killerbeat, der den Achtschwänzigen in sich trägt, der einzig verbliebene Biju-Geist. Der weiße Zetsu nimmt die Gestalt Kisames an, stellt sich Killerbeat und seinem Bruder, dem Raikage, zum Kampf und lässt sich als Doppelgänger töten. Daraufhin nimmt Killerbeat Kisames Schwert als Trophäe an sich, nicht wissend, dass sich darin der richtige Kisame versteckt. Als Killerbeat und Raikage ihr Dorf erreichen, nehmen sie somit Kisame mit hinter die eigenen Linien. Dort spricht der Raikage mit dem Feudalherren und unterrichtet ihn, dass der vierten Ninja-Krieg bevorsteht. Es gelingt ihm, den Feudalherrn des Blitz-Reiches zu überzeugen, der Gründung einer Allianz der Alliierten zuzustimmen.
Rock Lee hat sich vorgenommen, seinem Sohn Metal endlich das ultimative Taijutsu beizubringen: Die Beherrschung der Acht Inneren Tore! Und es ist ja auch nicht so, als wollte Metal diese Technik nicht lernen, doch seine Nervosität macht ihm einen Strich durch die Rechnung. Da gibt es nur noch einen, der helfen kann. Natürlich der große Held des vierten Shinobi-Weltkrieges: Sensei Guy!
Chocho hat eine Beleidigung von Tomaru kassiert, dennoch lässt sie nicht locker. Sie tarnt sich weiterhin mit ihrem Schmetterlingsmodus, um dem Schönling zu imponieren. Doch dann geschieht das Unglück: Der Ninja mit der Gasmaske erscheint erneut und entführt ihren Tomaru, für den anschließend ein saftiges Lösegeld verlangt wird. Kann Chocho ihren großen Schwarm noch einmal wiedersehen?
Das Filmstudio, dem Team 7 und Team 10 zugewiesen wurden, wird von einem mysteriösen Ninja angegriffen. Trotz der Hilfe der Genin wird die Hauptdarstellerin verwundet. Eine Neubesetzung muss her und Tomaru, der Hauptdarsteller, wählt die erschlankte Chocho als Stellvertreterin!
Eine neue Mission für Team 7 und Team 10! Sie sollen als Bodyguards für die Sicherheit der beiden Schauspieler Tomaru und Ashina sorgen. Da es sich bei Tomaru ausgerechnet um Chochos größten Schwarm handelt, lässt die natürlich keinen Versuch aus, den Schönling um ihren kleinen Finger zu wickeln. Dabei ist ihr nahezu jedes Mittel recht – auch arglistige Täuschung!
Nachdem der Kampf gegen den Ootsutsuki-Clan ein glimpfliches Ende genommen hat und Naruto zurück ist, kehrt in Konoha endlich wieder Frieden ein. Boruto jedoch findet keine Entspannung. Er muss noch eine wichtige Entscheidung treffen, die seinen gesamten Weg als Ninja betrifft.
Nachdem Momoshiki seinen Partner Kinshiki absorbiert hat, ist er praktisch zu einem unbesiegbaren Monster geworden. Naruto, Sasuke und die Kage geben alles und schaffen es, trotz herber Rückschläge, Momoshiki beinahe zu bezwingen. Doch der bäumt sich erneut auf und der geschwächte Naruto gibt seine Energie an Boruto weiter, um mit dessen Rasengan Momoshikis Leben endlich ein Ende zu setzen.