Kiba und Akamaru sind beim Kampf gegen Ukon und Sakon schwer geschwächt worden. Kiba gelingt es gerade noch, mit Akamaru zu fliehen, indem er sich vom Wasser des Flusses treiben lässt. Auch Shikamaru hat so seine Probleme im Kampf gegen Tayuya. Und Naruto versucht immer noch, Kimimaro zu besiegen und ist ebenfalls nicht sehr erfolgreich dabei…
Yamato und seinem Team ist es gelungen, in Orochimarus Versteck einzudringen und Sai ausfindig zu machen, der ihnen ihre schlimmsten Befürchtungen bestätigt: Tatsächlich will Danzo Orochimaru als Verbündeten haben, um Konoha zu übernehmen. Sakura spricht Sai auf das Bilderbuch an und es stellt sich heraus, dass Sai doch nicht so gefühllos ist, wie er es immer dargestellt hat, denn er erzählt ihr von seinem Bruder…
Orochimaru und Kabuto haben Sai mit in ihr Versteck genommen, wo er Sasuke kennenlernt, der sich nicht die Bohne für ihn interessiert. Auch als Sai Naruto erwähnt, reagiert Sasuke nicht groß darauf, sondern behauptet, sich kaum noch an den erinnern zu können. Derweil versuchen Yamato, Sakura und Naruto in das Versteck zu gelangen, indem Yamato einen Tunnel herstellt, doch an dessen Ende stoßen sie auf eine Felswand…
Nach einem kurzen mentalen Schlagabtausch, gelingt es Ino Choji aus Sayas Jutsu zu befreien. Als dieser Saya angreift stellt sich heraus, dass sie eigentlich nur eine Marionette war. Zur selben Zeit will Jiraiya Naruto beibringen, wie er das Chakra des Kyubi unter Kontrolle bringen kann. Das endet allerdings für beide im Krankenhaus. Als Inos Team noch einmal von Saya und ihren Leuten angegriffen wird, werden sie und Choji vergiftet. Jetzt liegt es an Sakura ihre Teamkameraden zu beschützen und den Feind in die Flucht zu schlagen
Sakura, Ino und Choji glauben mit einem Umweg sind sie in Sicherheit. Sakura schwächelt, weil sie nicht genug Chakra hat. Plötzlich werden die drei von Sayas Team angegriffen. Choji wird von Sayas Puppen-Technik in Besitz genommen. Ino findet dabei heraus, dass Saya keine Puppenspielerin ist, sondern eine Technik anwendet, die ihrer Shintenshin-Technik ähnelt. Sie versucht nun mit allen Mitteln, Saya aus Chojis Kopf zu bekommen. In der Zwischenzeit erinnert sich Sakura an ihre alten Teammitglieder Naruto und Sasuke, die sie stets vor allem beschützt haben.
Auf der Suche nach Wasser begegnen Sakura, Ino und Choji Ameno und ihrem Team. Im folgenden Kampf geht Ino als erste zu Boden. Nur zu zweit, haben Sakura und Choji kaum eine Chance. Doch Ino hat nur geblufft und überrascht alle mit nie zuvor gesehenen Fähigkeiten, die ihr und ihrem Team den Sieg einbringen.
Ameno und ihr Team versorgen noch ein anderes Team aus Suna, danach brechen sie auf. Woanders ziehen Sakura, Ino und Choji durch die Dämonenwüste. Ihr Vorankommen wird durch die Zankerei der beiden Mädchen erschwert. Nach dem Sieg über einen Riesenskorpion, erinnert sich Ino an ihr Training unter ihrem Vater und unter Tsunade, das sie gemeinsam mit Sakura absolviert hat, bis die erkannte, was ihr Platz im Leben ist. Sie raufen sich schließlich zusammen.
Nachdem Tenten und Ajisai in eine alte Ruine gestürzt sind, müssen sie feststellen, dass sie da nicht so leicht wieder rauskommen. An der Oberfläche suchen Suiren und Fuyo inzwischen nach einem Weg in die Ruine. Dabei werden sie allerdings von Komugi und seinem Team überrascht. Nur konnten die nicht damit rechnen, dass sich Lee und Neji auf die Seite der Genin aus Amegakure stellen und hauen lieber ab. In der Ruine werden Tenten und Ajisai mittlerweile von Riesenameisen verfolgt und geraten in eine Sackgasse. Letztlich gelingt es Tenten aber einen Weg ins Freie schaffen.
Asaji und ihr Team können Komugi und die anderen besiegen. Die Shinobi aus Amegakure ziehen weiter. Als Lee Tenten wieder als nützlich bezeichnet, wird diese sauer. Sie erinnert sich an ihr Training mit Sensei Guy. Sie will nicht länger nur als „nützlich“ gelten. Doch die zweite Runde der Chunin-Prüfung geht weiter. Neji, Tenten und Lee treffen auf Asajis Team. Während des Kampfes stürzen Tenten und ihre Gegnerin in den Abgrund einer zerfallenden Ruine.
Burami und sein Team werden von Hinata, Kiba und Shino verfolgt. Doch sie können ihren Geruch verbergen und lauern den Ninjas aus Konoha auf. Während des Kampfes kommt Kiba auf eine Idee. Er erinnert sich an Naruto und an sein Training. Er und die anderen können Burami und sein Team täuschen und letztendlich überraschen. Endlich haben sie beide Schriftrollen in der Hand.
Während Hanabi hart trainiert, um ihrer neuen Stellung gerecht zu werden, wird Hinata bei der Chunin-Prüfung schwer verletzt. Hinatas Worte über Naruto, Nejis Niederlage und seine Versöhnung mit ihrer Schwester bringen Hanabis Haltung zum Schicksal langsam ins Wanken. Die Zeit vergeht und während Hanabis Fortschritte stagnieren, wird Hinata immer stärker. Als Hanabi noch etwas später erfährt, dass Naruto mit Hinatas Hilfe das Dorf gerettet hat, erkennt sie endlich, dass auch sie ihren eigenen Weg gehen muss.
Hanabi ist ganz vernarrt in ihre große Schwester Hinata und möchte unbedingt so werden wie sie. Mit der Zeit macht sie selbst beim Training allerdings so große Fortschritte, dass man sich im Hyuga-Clan fragt, ob sie nicht vielleicht besser für die Nachfolge als Anführer geeignet ist als ihre Schwester. Daher lässt ihr Vater die Beiden im Kampf gegen einander antreten. Da Hanibi diesen Kampf gewinnt, wird sie zur neuen Erbin ernannt. Hinata hingegen verliert dieses Recht und muss von nun an ihren Dienst als Genin antreten
Auch Gaara und die Biju wollen gegen Madara helfen. Son Goku fragt Gaara, ob er ebenfalls ein Freund Narutos ist. So erzählt Gaara, was Naruto für ihn bedeutet. Wie sie sich getroffen haben, wie Naruto ihn besiegt hat und wie sich Gaara veränderte. Naruto wurde zu Gaaras Freund. Zu seinem ersten Freund.
Naruto schafft es, dass sich Obito an die Vergangenheit erinnert und an die Freunde die er hatte. Es gelingt ihm, Obito von seinem Vorhaben abzubringen und so kann die Allianz das böse Chakaa aus ihm herausziehen.Sasuke eilt zu dem geschwächten Obito, um ihn zu töten, doch Kakashi kommt ihm zuvor. Aber auch dieser wird aufgehalten, von Minato. Er erklärt, was an Obitos und Narutos Wegen so unterschiedlich ist. Währenddessen kommt Naruto dem ersten Hokage zu Hilfe, der noch immer gegen Madara kämpft
Obito erinnert sich daran, wie er, Rin und Kakashi die Chunin-Prüfungen absolviert haben. Obwohl er Rückschläge erleiden musste, hat Rin fest an ihn geglaubt und so hat Obito damals nie aufgegeben und schließlich die Prüfung bestanden.Naruto hatte recht und Obito hat diese Erinnerungen nie vergessen. Er hat sich dagegen gewehrt, als er der Junchiriki von Jubi wurde. Nun bietet Naruto ihm an, zurück auf den richtigen Weg der Shinobi zu kommen
Naruto versucht Obito durch ein Gespräch an seine Vergangenheit zu erinnern. An den Obito Uchiha, der er mal war. Er erinnert sich an seine Zeit als Ninja-Schüler. An Rin und an Kakashi. Die beiden konnten sich nicht leiden, doch der junge Obito strengt sich umso mehr an, als Kakashi die Prüfung zum Genin besteht. Er schafft die Prüfung ebenfalls und kommt in ein Team mit Kakashi und Rin, das von Minato geleitet wird.
Obito kann nicht begreifen, wie Naruto für diese Welt kämpfen kann. Doch er gibt nicht auf und bereitet sich mit Sasuke auf den entscheidenen Angriff vor. Auch Narutos Freunde machen sich fertig. Sie erhalten von Naruto je ein Rasengan um Obitos Schild zu durchbrechen. Während Kakashi Obitos Gefühle und Gedanken nachfühlt, versucht die Allianz rund um Naruto die Biju-Energie aus Obito herauszuziehen. Zuletzt kann auch Naruto Obitos Gefühle spüren.
Sämtliche Ninjas der Allianz machen sich unter der Führung der fünf Kage bereit für den finalen Angriff. Sie wollen nicht aufgeben und glauben an die Hoffnung, die Naruto ihnen gegeben hat. Dieser kämpft bereits gemeinsam mit Sasuke gegen Obito. Unterbewusst heilt Naruto sogar den sterbenden Shikamaru. Währenddessen macht sich auch Kakashi wieder bereit für den Kampf.Als Obito Naruto fragt, wieso er für diese Welt weiterkämpfen will, ist Naruto nur noch mehr gefasst, den Gegner zu bezwingen.
Shikamaru liegt im Sterben, da er kaum noch Energie hat. Die meisten Ninja sind auf dem Rückzug, als Orochimaru auftaucht. Hashirama fragt sich, wieso die Knospe noch nicht aufgegangen ist und erfährt, dass der Baum das Chakra der letzten Bijus benötigt, ansonsten dauert es noch. In der Zeit will Madara mit Obito tauschen. Naruto und Sasuke bereiten alles für einen erneuten Angriff vor, während die Shinobi-Allianz von Hashiramas Traum erfährt, alle Ninjas zu vereinen
Naruto und sein Vater können mit den beiden Hälften Kyubis genügen Chakra sammeln und es mit Senjutsu stärken, um Obito anzugreifen. Dieser kann sich jedoch rechtzeitig schützen. Noch bevor sie erneut angreifen können, bereitet Obito das ewige Mondlesen vor und beschwört Jubi in seiner letzten Form, den Gottesbaum. Diese uralte Entität ist der Ursprung des Chakras und will es sich wiederholen. Dazu greift er die Ninjas mit Tentakeln an und saugt ihnen alle Energie aus