Boruto und Mitsuki versuchen in Erfahrung zu bringen, wo Kokuri das Geld von der Mujina-Bande verstaut hat. Da dieser sich weigert seinen Mithäftlingen zu verraten, wo sich das Diebesgut befindet, greifen die Ninjas mit Saradas Hilfe zu einer List. Währenddessen will auch Oberaufseher Benga mehr über Kokuris Geheimnis herausfinden – und schreckt dabei vor Gewalt nicht zurück.
Oberaufseher Benga ordnet einen Lockdown des gesamten Gefängnisses an, bis der Dieb der hölzernen Karte – und damit auch Kokuris Angreifer – gefunden wurde. Boruto und Mitsuki kombinieren, dass sich der Täter mit ihnen in einer Zelle befinden muss und machen sich daran, alles zu durchsuchen. Allerdings ist nicht jeder ihrer Mithäftlinge von dem Plan begeistert und so mancher verhält sich äußert verdächtig …
Nachdem Kokuri von einem mysteriösen Mann angegriffen wurde, wollen Boruto und Mitsuki besser für seine Sicherheit sorgen. Mit Saradas Hilfe versuchen sie, ihren Schützling in die eigene Zelle verlegen zu lassen, doch Oberaufseher Benga stellt sich quer. Boruto möchte deshalb in Erfahrung bringen, wie er gegen ihn vorgehen kann – für diese Information muss er jedoch erst einmal einen gefährlichen Test der Willensstärke bestehen.
Boruto und Mitsuki werden mit einer neuen Mission betraut: Sie sollen im Shinobi-Gefängnis Hozuki einen Gefangenen beschützen, der wichtige Informationen über eine kriminelle Bande besitzt. Die beiden Ninjas geben sich deshalb als Verbrecher aus und werden ebenfalls hinter Gitter gesteckt. Dort müssen sie nicht nur ihre Aufgabe ausführen, sondern bekommen es auch mit ihren Mitgefangenen und fiesen Aufsehern zu tun.
Inojin möchte lernen, sein Jutsu der Geistesübertragung besser einzusetzen, nachdem es ihm in einer gefährlichen Situation misslungen ist. Chocho und seine Eltern Ino und Sai bieten ihm dafür ihre Hilfe an. Als Inojin es während des Übens allerdings wieder nicht schafft, das Jutsu korrekt auszuführen, endet das Training in einer dramatischen Situation …
Enko von Team 40 gelingt es nicht, ihre Wut zu kontrollieren. Immer wieder rastet sie aus und bringt dabei nicht nur sich selbst, sondern auch ihre Freunde Doshu und Tsuru in Gefahr. Die beiden wollen ihr beistehen, müssen aber erst einmal lernen, mit der eigenen Angst vor ihrer Teamkollegin umzugehen. Boruto und seine Freunde wollen sie dabei unterstützen, allerdings wird Enko währenddessen eine neue Aufsichtsperson zugeteilt – und diese ist ein berüchtigter Folterer.
Hiashis Geburtstag steht an und seine Familie möchte eine große Feier für ihn veranstalten. Doch Boruto ist sich unsicher, was er seinem Großvater zu diesem Ehrentag schenken soll. Hilfesuchend wendet er sich an seine Freunde … (
Sumire wird in ein Forschungsteam versetzt, worüber ihre Teamkollegen untröstlich sind. Doch es gibt bereits Ersatz für das Mädchen – eine Samurai aus dem Eisenreich. Ihr Zusammentreffen mit den Shinobi verläuft jedoch nicht gerade rund und es kommt schon bald zu Konflikten.
Nach dem Kampf gegen Urashiki können Boruto und Sasuke endlich wieder in ihre eigene Zeit zurückreisen. Doch zuvor muss die Erinnerung an die beiden erst aus den Gedächtnissen der Dorfbewohner gelöscht werden.
Boruto, Naruto und Jiraiya kämpfen weiterhin gegen Urashiki und stehen kurz vor dem Sieg. Doch dann greift der Otsutsuki plötzlich zu einem unerwarteten Mittel und verwandelt sich in ein noch viel stärkeres Wesen. Zusammen müssen die Ninjas nun all ihre Kräfte aufbringen, um den Feind endgültig zu stoppen.
Boruto, Naruto, Jiraiya und Sasuke stehen Urashiki ein weiteres Mal im Kampf gegenüber. Und sie scheinen dem Otsutsuki weit unterlegen zu sein, denn dieser behauptet, in die Zukunft blicken und so jeden ihrer Schritte vorhersehen zu können. Um dem Bösewicht vorerst zu entkommen, opfert sich Sasuke für sein Team.
Das Vater-Sohn-Training geht weiter und Boruto möchte noch mehr über die Bewohner Konohas erfahren – vor allem darüber, was mit dem Vergangenheits-Sasuke passiert ist. Währenddessen beginnt Jiraiya an der Geschichte von Boruto und Sasuke aus der Zukunft zu zweifeln und stellt den älteren Ninja zur Rede. Gemeinsam überlegen sie sich schließlich einen Schlachtplan für den nächsten Angriff von Urashiki.
Nach Urashikis Angriff beschließt Jiraiya, Boruto und Naruto gemeinsam zu trainieren. Die beiden sollen lernen, ihre Chakras miteinander zu synchronisieren. Doch Boruto hat Angst vor der Macht des Neunschwänzigen.
Die schlechte Ernte und die damit einhergehenden hohen Preise der Azuki-Bohnen rufen Diebe auf den Plan, die sich von der wertvollen Ware einen hohen Gewinn versprechen. Dieses unlautere Vorgehen hat aber zur Folge, dass die Bestellungen der Ladenbesitzer nicht mehr bei ihnen eintreffen. Da Anko und Chouchou nur ungern auf ihre süße Bohnensuppe verzichten, bleibt ihnen nichts anderes übrig, als den Verbrechern das Handwerk zu legen.
Durch das Kätzchen Mikazuki wird Mitsuki auf einen schwer verletzten Mann aufmerksam. Er zögert keine Sekunde, dem Unbekannten in seiner Not zu helfen. Als es diesem wieder besser geht, trennen sich die Wege der beiden und Mitsuki wendet sich einem Auftrag um einen mysteriösen Serienmörder zu. Noch ahnt der Shinobi nicht, dass Samidare bei der Lösung dieses Falles eine bedeutende Rolle spielt …
Ein Schnupperkurs an der Akademie soll Himawari für die Kunst der Shinobi begeistern. Während Eho und Yuina darum wetteifern, die anderen Teilnehmer in den Herausforderungen zu übertrumpfen, ist Narutos Tochter noch nicht vollkommen von diesem Beruf überzeugt. Erst Direktor Iruka kann das Mädchen dazu überreden, dem Ganzen eine Chance zu geben.
Weil die Stärke von Team 15 in den letzten Monaten zu wünschen übriglässt, schlägt Tsubaki einen Konkurrenzkampf vor: Die Mädchen sollen sich miteinander darum messen, wer die Beste ist. Die junge Kriegerin hofft, dass die Teamleistung dadurch gesteigert wird. Als das Ganze allerdings einen gegenteiligen Effekt hat, muss die Samurai lernen, dass Zusammenarbeit manchmal eben doch das Wichtigste ist.
Weil mindestens ein Shinobi aus jeder Gruppe Genin medizinische Ninjutsu beherrschen muss, besucht Sarada ein Seminar dazu. Sie weiß auf dem Papier zwar sehr viel über das Thema, beherrscht die Praxis allerdings weniger sicher. Da tut es der jungen Ninja nicht gerade gut, dass ausgerechnet ihre Mutter den Unterricht leitet und dabei ein wachsames Auge auf sie wirft.
Boruto erreicht Tento gerade noch rechtzeitig und stellt sich dem Kampf gegen Shojoji. Den Anführer der Mujina-Bande zu besiegen ist allerdings eine Herausforderung für den Sohn des siebten Hokage, denn sein Gegner schafft es mit Leichtigkeit, alle Angriffe auf ihn einfach zu kontern. Als dann auch noch das Mal auf Borutos Hand verrücktspielt, sieht es für den Shinobi und seinen Freund nicht gut aus …
Boruto freut sich darüber, dass seinem Team ein wichtiger Auftrag zugeteilt wurde. Kurz vor Missionsbeginn erfährt er jedoch, dass die Mujina-Bande Tento verschleppt hat, um den Daimyou zu erpressen. Schweren Herzens lässt der Shinobi daraufhin seine Freunde allein losziehen, während er sich daran macht, seinem Schützling zu helfen. Die Befreiungsaktion ist jedoch alles andere als ungefährlich …