Die Geschichte neigt sich dem Ende zu. Der Schwarze Zetsu berichtet über den Krieg, den die Kinder gegen ihre Mutter führten und wie sie letztendlich gewinnen konnten. Doch auf einmal beginnt er seine Sympathie für Madara zu zeigen.
Die Geschichte geht weiter. Im zweiten Teil erfahren Naruto und Sasuke etwas über die Geschwister des Schwarzen Zetsu, Hagoromo sowie Hamura, und wie sie das jetzige Leben der Shinobi beeinflusst haben.
Die Entstehungsgeschichte der Shinobi ist ein großes Mysterium. Doch nun erfahren Naruto und Sasuke die Hintergründe von einer vertrauenswürdigen Quelle: Der dritte Sohn von Kaguya Ootsutsuki berichtet, was seine Mutter vor mehr als tausend Jahren erlebte.
Madara lässt sich von dem Götterbaum das Chakra der Dorfbewohner abschöpfen, was zu seiner Transformation in die Urmutter der Chakren führt. Natürlich müssen Naruto und Sasuke ihn aufhalten, doch nicht in dieser Welt.
Naruto und Itachi stehen sich gegenüber. Auch Sasukes kleiner Bruder ist dabei. Doch es gibt kein Erbarmen, Itachi beschwört ein Jutsu herauf und kann flüchten. Kann Naruto seinen Plan, das Dorf anzugreifen, vereiteln und gleichzeitig auch seinen alten Freund retten, oder wird das ein Kampf auf Leben und Tod?
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
Shikamaru zermartert sich weiterhin den Kopf über ein passendes Hochzeitsgeschenk für Hinata und Naruto, doch zum Glück naht Hilfe bei der Entscheidung.
Was soll man dem Brautpaar nur schenken? Die Suche nach dem perfekten Geschenk erhitzt die Köpfe der Freunde mehr als gut für sie ist.
Naruto und Hinata werden heiraten. Nach altem Brauch sollen ihre Freunde ein Video für das Brautpaar drehen, in dem sie ihre Glückwünsche für die beiden aussprechen. Doch die richtigen Worte zu finden ist schwieriger als anfangs gedacht.
Jiraiyas und Kakashis Vergangenheit wird ebenfalls beleuchtet: Jiraiya stand Orochimaru schon immer nahe – sie waren Freunde und haben sich gegenseitig unterstützt. Kakashi hatte gleich in seiner Kindheit die Chance auf die Akademie zu wechseln und seine Kräfte von Anfang an perfekt zu nutzen, doch dadurch entstehen auch Gegner.
Der fiese Kandachi hat die Herrschaft über ein Dorf übernommen, das Jiraiya und Naruto besuchen wollen. Um herauszufinden, was dort vor sich geht, verwandelt Naruto sich einen der Dorfbewohner und tut so, als hätte er Jiraiya gefangen genommen. Sie kommen so zwar in das Dorf, aber natürlich fliegen sie auf und müssen gegen Kandachi kämpfen, der allerdings ein sehr schwieriger Gegner ist. Die Dorfbewohner haben Angst und auch Tanishi, ein tapferer Junge des Dorfes, will anfänglich nicht helfen. Doch dann begreift er, dass er sich nicht von seiner Angst leiten lassen darf und hilft Naruto und Jiriaya. So gelingt es ihnen, Kandachi und seine Leute aus dem Dorf zu jagen, in das nun wieder Frieden einkehrt.
Wir befinden uns wieder in der Zeit, in der Naruto noch von Jiraiya trainiert wurde. Jiraiya will ihm beibringen, wie man ein Gen-Jutsu auflöst und erklärt ihm, dass er diese Technik unbedingt beherrschen müsse, sollte er die Absicht haben, Sasuke jemals zurück zu bringen, denn Sasuke ist ein Meister im Erstellen von Gen-Jutsus. Zu Trainingszwecken nimmt Jiraiya Naruto mit in ein Dorf, in dem ein besonderes Magnetfeld besteht, so dass sich das Dorf immer in einem Gen-Jutsu befindet. Jiraiya war schon mal dort und die Dorfbewohner hatten ihn freundlich und nett aufgenommen, doch als sie jetzt dort ankommen, werden sie mit vorgehaltener Waffe gezwungen, umzukehren. Wieso verhalten sich die Bewohner nur so merkwürdig? Naurto und Jiraiya sind fest entschlossen, das Geheimnis zu lüften…
Danzo überbringt Akatsuki die Nachricht, dass Hanzo die Anführer sprechen möchte. Bevor sich Yahiko und Nagato auf den Weg machen, erscheint Obito bei Nagato und will ihn überreden, sich von Yahikos Idealen loszulösen, und sich ihm anzuschließen. Der lehnt dies aber ab und macht sich mit Yahiko auf den Weg zu Hanzo...
Eine Rückblende: der junge Kakashi kommt zu Jiraiya, der sich gerade an leicht frivolen Büchern und Magazinen erfreut, und möchte ihm etwas Wichtiges sagen. Es geht um drei junge Personen aus einem Waisenhaus, nämlich Konan, Yahiko und Nagato, ehemalige Schüler von Jiraiya, die sich vorgenommen haben, etwas zu verändern und das Dorf zu vereinen.
Während Naruto und sein ‚Hunde-Gehilfe‘ Pakkun sich mit Rajjin und Fuujin auseinander setzen müssen, ist zwischen Mizuki und Iruka die Spannung nicht mehr zu überbieten. Iruka ist verwirrt, weil Mizuki sich seit der Jugendzeit sehr verändert hat. Aber die Überheblichkeit Mizukis führt zumindest vorübergehend dazu, dass Iruka die Oberhand gewinnt. Naruto hat mit seinen Gegnern Rajjin und Fuujin auch große Probleme, denn die sind wütend, weil er ihnen ihr Essen ruiniert hat. Als es dann etwas eng für ihn wird, kommen ihm Ino, Shikamaru und Choji zu Hilfe.
Pakkun, Iruka und Naruto haben die Verfolgung der entflohenen Gefangenen Mizuki, Fuujin und Raijin aufgenommen. Pakkun findet ihre Spur, doch als sie sie weiterverfolgen, stoßen sie nur auf Shizune. Die behauptet, Mizuki und Co. haben sie und ihr Team überfallen und ihr Team hätte die Verfolgung aufgenommen. Iruka erscheint das äußerst merkwürdig, denn ein Team würde nicht auf eigene Faust losziehen und seinen Teamführer zurücklassen…
Asuma kämpft verbissen mit Furido. Nachdem er festgestellt hat, dass Furido tatsächlich Kazuma und somit Soras Vater ist, ist er noch empörter darüber, dass der seinem Sohn so etwas antun konnte. Er hat einen Teil des Fuchsgeist-Chakras in Sora versiegelt und es nun freigelassen, damit Sora Konoha vernichtet. Naruto versucht, Sora zu helfen, doch mit der Lösung des Siegels wird auch in ihm zunehmend das Chakra des Fuchses frei. Yamato kann es nicht mehr kontrollieren und so muss Naruto es schaffen, den Fuchsgeist nur mit Willenskraft zurückzudrängen…
In Konoha scheinen die Bedrohungen weniger zu werden. Die Zombies und die Verteidigungsbarriere sind verschwunden, auch wenn sich niemand so recht erklären kann warum. Auch das Limelight Jutsu konnte von den Gegnern nicht umgesetzt werden. Derweil provoziert Furido Sora so dermaßen, dass der sich immer mehr in ein Monster verwandelt…
Naruto und Hinata sind mittlerweile enge Freunde, doch in ihrer Kindheit waren sie getrennt und unterschiedlich wie Tag und Nacht: Naruto hatte nichts und hat selbst in seiner Not noch mit anderen geteilt, Hinata hatte es als Clan-Nachkomme um einiges komfortabler.