Soku wird in die Leichenhalle gebracht, von wo aus sie anschließend verschwindet. Doch sie ist nicht die Einzige, die fälschlicherweise für tot gehalten wird.
Die Shinobi aus Konohagakure treffen auf einen weiteren Clan. Es kommt zum Kampf und Soku kennt kein Erbarmen – bei ihren eigenen Leuten.
Eine neue Mission aus der Vergangenheit: Teamführer Hayame, der etwas behäbige Tekune, der alte Kosuke und Naruto sollen die Grenze gegen Angreifer schützen. Besonders Kosuke fällt aus dem üblichen Ninja-Rahmen: Er ist seit 50 Jahren Ge-Nin! Während Naruto und Tekune ihn skeptisch in Augenschein nehmen, ist Teamführer Hayama davon überzeugt, dass die Erfahrung des alten Kämpfers sehr von Nutzen sein kann. Und so kommt es auch. Nachdem lange Zeit alles wie am Schnürchen läuft, müssen sich die Vier plötzlich mit einer großen Anzahl von feindlichen Ninjas auseinandersetzen. Und hier zeigt sich, was Kosuke in den 50 Jahren alles gelernt hat.
Die Katzenoma erinnert sich daran, dass Itachi sich früher für Sasuke mal das Spiel ausgedacht hat, besonders schnelle und geschickte Katzen zu fangen, um einen Pfotenabdruck von ihnen zu nehmen. Sasuke war Feuer und Flamme für das Spiel und so kamen jede Menge Abdrücke zusammen, die die Katzenoma in einer Pfoten-Enzyklopädie zusammen gefasst hat. Um sie zu komplettieren, fehlt nur noch der Abdruck von Nekomata, dem Katzenboss und so bittet sie Sasuke, Naruto und Sakura, die Mission zu starten, einen Abdruck von ihm zu besorgen. Das Problem ist, dass Nekomata in einer schwer bewachten Festung lebt, zu der Menschen keinen Zutritt haben…
Minato sorgt sich um den Frieden und holt sich Unterstützung bei den ANBU.Konohagakure wird von falschen Iwagakure Shinobi angegriffen, offenbar mit dem Sinn, einen Keil zwischen Konoha und Iwa zu treiben. Kakashi, der den Angriff mitbekommen hat, macht sich allein auf den Weg, und tötet die Angreifer.
Zwischen den Fünf Reichen soll ein Friedensvertrag geschlossen werden, um die Gefechte beizulegen, doch damit sind nicht alle einverstanden. Die Uneinigkeit geht sogar so weit, dass der Dritte Hokage sein Amt niederlegt und ein neuer bestimmt werden muss. Zum Erstaunen vieler wird es der noch so junge Minato.
Iruka hat bei seinem Kampf nicht allzuviel abbekommen und macht sich gemeinsam mit Naruto und Pakkun auf, um Mizuki zu verfolgen. Doch sie sind nicht zur zu Dritt, denn sie haben inzwischen auch Tsubaki kennen gelernt, die Verlobte von Mizuki, die sie angefleht hat, sie mitzunehmen. Sie hofft, dass sie Mizuki von weiteren Verbrechen abhalten kann. Derweil halten Shikamaru und Ino die beiden Bbrüder in Schach und Mizuki ist auf dem Weg zu einer Höhle, wo er eine spezielle Rezeptur herstellt, die ihm Orochimarus Kräfte zugänglich macht. Er verwandelt sich…
Die neue Formation Ino, Shikamaru und Choji muss sich mit den Brüdern Fuujin und Rajiin auseinandersetzen, und das gelingt nur schwer, obwohl sie sich die drei abwechseln und mit immer neuen Jutsus versuchen, ihr Ziel zu erreichen. Mizuki führt währenddessen Iruka ein ums andere Mal an der Nase herum, und es gelingt ihm schließlich, ihn in ein Gebäude zu locken, das mehr wie ein Gefängnis wirkt. Immer wieder muss Iruka sich gegen unsichtbare ‚Geister‘ wehren, und in dem Moment, als Naruto und Pakkun endlich vor dem Gebäude stehen, das sie die ganze Zeit gesucht haben, gibt es eine Explosion.
Tsunade bekommt mal wieder Ärger mit Homura und Koharu. Sie behaupten, dass sie bei der letzten Krise nicht entschlussfreudig genug war. Naruto und Sai liegen im Krankenhaus und müssen sich ausruhen. Naruto möchte aber endlich wieder trainieren. Doch Kakashi verordnet ihm Ruhe. Asuma möchte mit Kakashi etwas besprechen, rückt aber nicht mit der Sprache raus. Kakashi hat Informationen eingeholt und kommt mit den beunruhigenden Neuigkeiten zurück. Yugito Nii kämpft gegen die beiden Akatsuki-Mitglieder Hidan und Kakuzu, hat jedoch keine Chance gegen sie…
Naruto versucht nach wie vor verzweifelt, Soras Bewusstsein zu erreichen, doch der Fuchsgeist scheint inzwischen endgültig die Oberhand gewonnen zu haben. Naruto dringt nicht zu Sora durch. Asuma hingegen kämpft erfolgreich gegen Furido, der tatsächlich Kazuma ist…
Sasuke muss das Tal der Hölle aufsuchen, um endlich an seine Informationen zu gelangen. Dort trifft er auf Chino, ein Mädchen, das ihn mit ihrer Geschichte schwer beeindruckt.
Die explosive Stimmung im Publikum unterbricht den Kampf, wodurch Orochimarus Treffen mit En Oyashiro anders verläuft als geplant, doch die Informationen über Fushin, auf die er es abgesehen hatte, wird er dennoch bekommen, oder nicht?
Sasuke erweist den verstorbenen Dorfbewohnern die letzte Ehre, bevor er sich mit den anderen Shinobi auf den Rückweg zu Orochimaru begibt. Auf dem Weg treffen sie auf eine kleine Gruppe, deren Ziel eine kleine Insel mit einem Kolosseum ist, in dem Kämpfe ausgetragen werden. Wer wird im Ring landen?
Herr Tadaichi trifft auf seinem Weg, zu seinem Unglück, auf einen fremden Jungen. Kurz darauf explodiert er, und er ist nicht der Einzige: Im ganzen Dorf werden Menschen in die Luft gesprengt. Naruto und die anderen müssen eingreifen, aber vorsichtig.
Jiraiyas und Kakashis Vergangenheit wird ebenfalls beleuchtet: Jiraiya stand Orochimaru schon immer nahe – sie waren Freunde und haben sich gegenseitig unterstützt. Kakashi hatte gleich in seiner Kindheit die Chance auf die Akademie zu wechseln und seine Kräfte von Anfang an perfekt zu nutzen, doch dadurch entstehen auch Gegner.
Auf ihrer Reise kommen Ashura, Taizou und Kanna in das Dorf, das von der Fruchtbarkeit des Shinju profitiert. Doch was zunächst positiv erscheint, stellt sich als tödlich heraus und fordert eine ethische Entscheidung von Ashura.
Indora muss seinen Bruder festnehmen, als dieser eine Straftat begeht. Klar, dass das nicht förderlich für deren Beziehung ist – das erkennt auch ihr Vater. Daraufhin schickt er seine Söhne auf eine Reise, die letztendlich über seinen Erben entscheiden wird.
Ashura und Indora sind Brüder und die Kinder von Hagoromo Otsutsuki. Doch trotz der gemeinsamen Gene ist Ashura kämpferisch nicht annähernd so talentiert wie sein älterer Bruder Indora. Das führt zu einem Zwiespalt zwischen den Brüdern, der noch immer Auswirkungen zeigt
Hagoromo erzählt eine weitere Geschichte: Die, der Entstehung des Ninshu. Die wiederbelebten Hokage lauschen gespannt. Was hat das Ende der Erzählung für Auswirkungen auf Naruto und Sasuke?
Kaguya sieht in Naruto und Sasuke ihre Söhne Hagoromo und Hamura, die sie, wie sich aus ihren Bemerkungen schließen lässt, nicht besonders gut leiden kann. Um sich die Chance auf Flucht zu ermöglichen, setzt Naruto ein lange im Geheimen trainiertes Jutsu ein, das alle Anwesenden sehr überrascht.