Die jungen Shinobi sind kurz davor, vernichtet zu werden. Dann ergreift Momoshiki Besitz von Borutos Körper und zeigt enorme Fähigkeiten, mit denen er Boro besiegen kann. Die Freunde kehren nach Hause zurück und warten gespannt auf Narutos Erwachen.
Boro zeigt im Kampf beeindruckende regenerative Fähigkeiten. Nun müssen die jungen Shinobi überlegen, wie sie den Gegner besiegen und gleichzeitig Naruto beschützen können. Kawaki kommt schließlich eine Idee …
Boruto und seine Freunde begeben sich in die andere Dimension, um Naruto aufzuspüren. Dort treffen sie auf Boro, der den Hokage gefangen hält. Das junge Viererteam nimmt den Kampf mit dem mächtigen Gegner auf.
Naruto wurde von Jigen in eine andere Dimension entführt. Bevor Naruto und die anderen diesen Schock verarbeiten können, werden sie von Shikamaru und seinen Leuten umzingelt. Da Shikamaru Kawaki misstraut, errichtet er eine Barriere um das Haus der Uzumakis, um den Verdächtigen vorerst festzuhalten.
Seimei scheint sein Ziel zu erreichen, das Chakra von dem Monster Shukaku aufzunehmen. Gaara hat sich im Verlauf des Kampfes mehr und mehr in Shukaku verwandelt. Aber dann erinnert er sich daran, was Naruto ihm einmal gesagt hat: Man muss für Freunde alles geben! Gaara bietet übermenschliche Kräfte auf, um das Monster in sich zurück zu drängen. Und mit dieser Einstellung gelingt es ihm, Seimei zu besiegen. Alle kehren zurück nach Konoha und dort wartet auf Naruto ein Überraschung…
Gaara ist von den vielen Kämpfen ziemlich ausgelaugt, und darum gelingt es Hoko, ihn in eine Art Käfig zu sperren. Naruto sieht endlich, was mit der „ultimativen Waffe“ gemeint ist, von der Hoko gesprochen hat: Er will Seimei, den Gründer des Handwerkerdorfes wieder zum Leben erwecken, damit dieser sich an den fünf Großmächten für deren Undank rächen kann. Dazu lässt er die Mumie Seimeis erscheinen und stellt ihm seinen Körper zu Verfügung. Als Chakra soll ihm Gaaras inneres Monster dienen, nämlich Shukaku. Der Plan scheint zu gelingen…
Die Suna-Nins haben Probleme in ihren Kämpfen und sind ziemlich froh, dass die Hilfe aus Konoha da ist. Shikamaru hat sein Team in Zweiergruppen aufgeteilt, und mit vereinten Kräften gelingt es ihnen die Himmlischen Vier zu besiegen. Einzig Hoko ist noch auf der Flucht und der wiederum hat Matsuri bei sich. Gaara hat sich ihm an die Fersen geheftet und stellt ihn…
Die Himmlischen Vier haben Matsuri entführt, damit Gaara sie befreit, denn sie wollen ihn zum Kampf fordern. Gaara, Temari und Kankuro nehmen die Verfolgung auf, doch sie haben nun Verbündete, nämlich ein Team aus Konoha – und das ist auch nötig, denn die drei Suna-Nins werden in Einzelkämpfe verstrickt und somit kann Hoko mit Matsuri entkommen und gewinnt einen großen Vorsprung. Außerdem sind „die Vier“ starke Gegner und die Freunde aus Konoha kommen gerade rechtzeitig, um Temari, Kankuro und Gaara in ihren Kämpfen zu unterstützen. Eine gelungene Revanche, denn vor langer Zeit waren es die Suna-Nins, die Kiba und Co. Beistand geleistet haben.
Kakashi ruft Pakkun, seinen vertrauten Geist, weil er eine Information in Bezug auf das Dorf der Handwerker benötigt. In diesem Dorf entwickeln die Handwerker immer neue Waffen für die Shinobi der fünf Großmächte, doch nun gibt es Gerüchte, dass sie eine Superwaffe entwickelt haben, mit der sie planen, selbst einen Angriff auf die großen Shinobi-Gebiete zu starten. Pakkun und seine Freunde suchen das ganze Dorf ab, doch es ist weit und breit niemand zu sehen. Wo sind die Handwerker?
Menma wird bei einem Kampf verletzt und in Nans Haus gebracht, damit der ihn medizinisch versorgen kann. Doch Nan entdeckt ein Zeichen an Menmas Oberarm, das er sofort wiedererkennt: Die Banditen, die das Dorf überfallen haben, trugen ebenfalls diese Male. Nan befürchtet, dass Menma zu den Banditen gehört und weigert sich, ihn zu behandeln, doch Neji und TenTen können ihn doch davon überzeugen, denn man kann niemanden für etwas zur Rechenschaft ziehen, an das er sich nicht erinnern kann und das er vielleicht nicht getan hat?
Naruto und Todoroki ist die Flucht aus Monjus Stahlnetz gelungen, doch der hat inzwischen Akio und Gantetsu in seine Gewalt gebracht. Gerade als Naruto versucht, die Beiden zu befreien, taucht Shura auf, der Anführer der Ninja-Aussteiger, und nimmt Akio mit. Gantetsu, Todoroki, Lee und Naruto nehmen die Verfolgung auf und gelangen in das Hauptquartier der Ninja-Aussteiger…
Todoroki ist es gelungen, Gantetsu gefangen zu nehmen. Plötzlich taucht Monju auf. Er ist einer der Ninja-Aussteiger, er überwältigt Naruto und Todoroki und nimmt Gantetsu mit – nicht ohne Naruto und Todoroki vorher in ein Netz einzuspinnen, das sich bei Sonnenenstrahlung immer weiter zusammenzieht…
Nachdem das Schiff einen Wasserfall hinuntergestürzt ist, sich aber alle rechtzeitig retten konnten, gilt es nun, den richtigen Weg zur Hauptstadt zu finden. Während Sakura und Lee sich auf die Suche nach Naruto machen, und sich im wahrsten Sinne des Wortes durchkämpfen müssen, sind Naruto und Todoroki darum bemüht, den Kriminellen Gantetsu unversehrt abzuliefern. Das ist nicht einfach, denn sie befinden sich mitten im Wald der Täuschungen, den Gantetsu wie seine Westentasche kennt…
Eine neue Mission, diesmal mit Sakura, Lee und Naruto. Ein Gefangener namens Gantetsu soll per Schiff in die Hauptstadt des Landes der Wälder gebracht werden. Er gehörte zu einer Bande von Kriminellen, die vor nichts zurückschreckt. Glücklicherweise konnte man ihn festnehmen. Aber der Transport wird nicht einfach, denn die Gefährten Gantetsus werden sicher versuchen, ihn zu befreien…
Naruto und Kiba sollen eine äußerst wertvolle Tasse in eine andere Stadt zu einer Ausstellung bringen. Begleitet werden sie von einem jungen Mann namens Shinemon, der zufälligerweise auch Auftraggeber dieser Mission ist. Prompt gibt es Probleme, denn die tasse scheint bei Dieben sehr begehrt zu sein. Und das bringt die drei mehrfach in Schwierigkeiten. Obwohl Shimenon das Paket mit der Tasse hütet wie einen Augapfel, zerbricht das wertvolle Porzellangefäss…
Während Naruto versucht, Sensei Kurenai zu helfen, die offensichtlich von Yakumo bedroht wird, weil sie deren Kräfte versiegelt hatte, warten Hinata, Kiba und Shino vor der Tür. Aus Verzweiflung rennt Kiba zu Sensei Guy, und erfährt mehr nebenbei, warum Yakumo für Kurenai eine Gefahr werden könnte: In ihrem Inneren steckt ein Monster, dass aber nach außen kommen und andere bedrohen kann…
Sakura, Hinata, Kiba und die Anderen bringen die verletzte Kurenai und Yakumo zurück nach Konoha, doch dort angekommen, sieht es aus, als hätte eine große Schlacht stattgefunden. Viele Gebäude sind zerstört und es sind keine Menschen auf den Straßen. Sie bringen die beiden Verletzten in das menschenleere Krankenhaus und dort sieht Naruto einen Schatten, den er verfolgt. Es ist Unkai, der ihm erklärt, dass alles, was sie gerade erleben, nicht real ist, sondern sie sich in einem Gen-Jutsu von Yakumo befinden…
Team Acht – Shino, Kiba und Hinata sind inzwischen auch in dem Haus in den Bergen angekommen, in dem Yakumo sich aufhält, allerdings von Mitgliedern ihres eigenen Clans bedroht, die sie entführen wollen. Kurenai gelingt es fürs Erste, den Kurama Clan in die Flucht zu schlagen, doch was hat es damit auf sich, dass Kurenai Yakumos Kräfte einst versiegelt hat? Kurenai behauptet kurzerhand, sie hätte es aus Eifersucht getan und sei es nun auch nicht mehr Wert, das Team Acht zu führen, doch das glaubt ihr kein Wort. Sie werden weiterhin versuchen, die wahren Hintergründe aufzudecken…