Tsunade träumt immer noch und liest weiter Jiraiyas Buch. Naruto und Neji treffen auf den Mann, der für das Verschwinden der Konoha-Jonin verantwortlich ist.
Tsunades Traum geht weiter: Sie liest ein Buch Jiraiyas.
Im Kampf zwischen Team 7 und Hidan wird Naruto verflucht und bekommt einen Schattendoppelgänger.
Einige Jonin sind verschwunden. Die neuen Genin Konohagakures begeben sich auf die Suche.
Tsunade träumt von dem Tag, als Jiraiya in der realen Welt gestorben ist. Dabei hinterlässt er sein neuestes Werk, in dem die Geschichte über Kyuubi erzählt wird.
Karin träumt von ihrer Kindheit.
Die drei Jinchuuriki und die Akatsuki-Mitglieder treffen aufeinander. Itachi nimmt sich vor, Akatsuki zurückzulassen. Als dann Fu auftaucht, verschwinden Sasori und Deidara.
Killer B träumt davon, Gaara zu befreien. Naruto befindet sich ebenfalls in Gefangenschaft.
Tenten hat ihren Platz in der neuen Welt immer noch nicht gefunden. Sie sucht Hilfe bei Kurenai. Doch auch das bringt sie nicht weiter. Kurz darauf lernt sie in einem Teehaus einen fremden Mann kennen, der ihre Situation ausnutzt und sie in eine Falle lockt.
Tenten, die unter dem Einfluss von Madaras aktiviertem Mugen Tsukuyomi steht, wacht plötzlich in ihrem Zimmer auf. Und irgendwie ist alles komplett anders als zuvor…
Als Madara das Mugen Tsukuyomi aktivieren will, kann Oonoki ihm nichts mehr entgegensetzen, da sein Chakra verbraucht ist…
Madara kommt in der Kamui-Dimension an, während Sakura wegen Obito auf dem Schlachtfeld zurückbleibt. Nun ist es Obito, der Madara gegenübersteht.
Nachdem Naruto Gai das Leben gerettet hat, kommt es zwischen Madara und Naruto zum Kampf. Dann kommt noch Sasuke dazu. Wird Madara das Geheimnis um die neuen Kräfte der beiden Jungen lüften?
Konohamaru trainiert angestrengt weiter, um Naruto aufzuholen. Dieser bleibt zwar stärker, ist aber beeindruckt von Konohamarus Fortschritt. So unterrichtet Naruto ihn weiter. Zwischendurch muss Naruto auf Trainingsreise und als das Dorf von Pain angegriffen wird, kommt Konohamarus große Stunde
Nach drei Jahren Training mit Jiraiya, kehrt Naruto endlich nach Konohagakure zurück. Dort wird er auch gleich von Sakura, Moegi, Udon und Konohamaru empfangen. Letzterer war so frei Narutos Bude rechtzeitig auf Vordermann zu bringen und hofft im Gegenzug darauf, dass Naruto ihm ein neues Jutsu beibringt. Naruto zeigt ihm dann auch das Rasengan. Da er aber einige wichtige Missionen zu bestreiten hat, muss Konohamaru zu sehen wie er ohne ihn klarkommt. Mit Hilfe seiner Freunde und des einen oder anderen Sexy Jutsu macht er aber große Fortschritte.
Narutos und Sasukes Kampf ist beendet, dennoch sieht Sasuke keinen Grund mit Naruto ins Dorf zurückzukehren. Das führt zu einem erneuten Kampf, wobei sich ihr Schicksal, Feinde zu sein, offenbart – können sie dagegen ankommen und ihre Freundschaft neu aufleben lassen?
Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.
Sein Interesse, endlich Freunde zu haben, ist aber so groß, dass er das Messer um keinen Preis hergeben will. Nur gut, dass Iruka von Narutos Plänen inzwischen erfahren und sich ebenfalls auf den Weg in die Hügel gemacht hat, um ihm im Notfall zu helfen. Und dasselbe tut wiederum Kakashi, dem Choji erzählt, was da gerade im Gange ist. So gelingt es ihm, Iruka und Naruto aus einer brenzligen Situation zu retten. Derweil schmiedet Akatsuki neue Pläne, da ihr Anführer Pain ja nun nicht mehr da ist und auch Konan nicht zurückkehren wird. Und in Konoha wird eine Konferenz der Jo-Nin einberufen, die auch nichts Gutes verheißt.Naruto ist von der Clique um Hibachi in die Hügel geschickt worden. Dort soll der Körper eines feindlichen Ninjas zurückgelassen worden sein und er soll als eine Art Mutprobe dort hingehen und einen Beweis mitbringen, dass er dort war. Dann würde er in Hibachis Clique aufgenommen und somit hätte er endlich Freunde. Naruto macht sich natürlich sofort auf den Weg. Was er nicht weiß ist, dass sich dort im Wald nach wie vor feindliche Ninjas herumtreiben und denen läuft er prompt in die Arme. Dummerweise nachdem er ein Kunai gefunden hat, dass einen Zettel am Griff hat. Naruto nimmt das Messer an sich, denn es ist der Beweis, dass er in den Hügeln am Kampfplatz war. Die 3 feindlichen Ninjas sind aber hinter dem Messer her, weil auf dem Zettel die Pläne der Sicherheitsvorkehrungen an den Grenzen Konohas stehen, was Naruto nicht weiß.
Die Geschichte erzählt von der Zeit, als Naruto in Konoha noch gemieden wurde, weil alle wussten, dass er den Fuchsgeist in sich trägt. Auch Iruka, der inzwischen Narutos Lehrer ist, kann mit dem Jungen nicht viel anfangen, doch das hat einen spziellen Grund. Als der Fuchsgeist damals das Dorf überfiel, kamen Irukas Eltern ums Leben. Er weiß zwar, dass Naruto nichts dafür kann, aber dennoch hat er ein gespaltenes Verhältnis zu ihm. Das Ganze geht sogar so weit, dass Ikura seinen Traumberuf als Lehrer an der Ninja-Akademie hinschmeißen will. Unterdessen geht Naruto ein paar Jungs auf den Leim, die ihm versprechen, seine Freunde zu werden, wenn er eine gefährliche Mutprobe besteht…
Kabuto ist in Itachis Izanami gefangen. Sazuke nutzt die Zeit, um von seinem Bruder mehr über diese Technik zu erfahren. Sie wurde entwickelt, um die Uchiha Clan-Mitglieder davon abzubringen, Izanagi zu benutzen und endlich aufhören, ihr Schicksal verändern zu wollen. Der einzige Weg, das Izanami zu verlassen, besteht darin, sein Schicksal zu akzeptieren...