Tsunade träumt von dem Tag, als Jiraiya in der realen Welt gestorben ist. Dabei hinterlässt er sein neuestes Werk, in dem die Geschichte über Kyuubi erzählt wird.
Karin träumt von ihrer Kindheit.
Die drei Jinchuuriki und die Akatsuki-Mitglieder treffen aufeinander. Itachi nimmt sich vor, Akatsuki zurückzulassen. Als dann Fu auftaucht, verschwinden Sasori und Deidara.
Killer B träumt davon, Gaara zu befreien. Naruto befindet sich ebenfalls in Gefangenschaft.
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
In Konoha ist nach wie vor alles zerstört. Yamato kann mit seinem Holz-Jutsu das eine oder andere Haus wieder aufbauen, doch schafft er es natürlich nicht, ganz Konoha auf diese Weise wieder zu errichten. Eines Morgens erlebt Naruto eine Überraschung, denn Inari und Tazuna tauchen in Konoha auf. Er und sein Team haben den Beiden vor langer Zeit mal geholfen, deren Land der Wellen von dem fiesen Gato zu befreien. Die Zwei haben von der Zerstörung Konohas gehört und da sie hervorragende Tischler sind, haben sie sich gemeinsam mit ein paar Freunden auf den Weg gemacht, um zu helfen.
Da Tsunade aufgrund der Vorfälle in Konoha im Koma liegt, strebt ihr alter Widersacher Danzo die Ernennung eines neuen Hokage an. Der Feudalherr beruft daraufhin eine Konferenz mit den Ministern und den Jo-Nin ein und obwohl Shikaku versucht, es zu verhindern, gelingt es Danzo durchzusetzen, dass er der Hokage der sechsten Generation wird. Kakashi denkt derweil an die Anfangszeiten zurück, als er das Team mit Naruto und Sasuke übernommen hat. Anfangs gab es große Schwierigkeiten, die Streithähne Naruto, Sasuke und Sakura zu einem Team zu formen.
Es ist geschafft. Das Edo Tensei wurde gelöst. Die Zentrale und alle Kämpfer auf den Schlachtfeldern rätseln, wie es dazu kam, schließlich wurde Kabuto offiziell noch nicht gefunden. Das denken sie zumindest, denn sie wissen nicht, dass Sasuke ihn in seinem Versteck aufgesucht, ihn mit seinem Bruder Itachi bekämpft und schließlich besiegt hat.
Die fünf Kage versuchen weiterhin, gegen Madaras anzukommen. Trotz des großen Kraftunterschiedes gibt Oonoki nicht auf und erinnert die anderen Kage daran, dass sie eine Aufgabe zu erfüllen haben, bei der sie nicht verlieren können. Madara bemerkt, dass er zuerst Oonokis Willen brechen muss. Die Kage gehen erneut in die Offensive, aber Madara setzt sein Susanoo ein.
Sakura beschließt, dass sie sich nun lange genug auf andere verlassen hat und selbst etwas unternehmen will. Sie will sich auf die Suche nach Sasuke machen – was Naruto rausfindet und mit einem Trick aus dem Krankenhaus verschwindet, um sie zu begleiten. Und all das hat Jiraiya geahnt. Er schmiedet mit Tsunade zusammen den Plan, dass er sich mit Naruto und Sakura als Dreier-Team auf den Weg in das Reich der Reisfelder macht, in dem wiederum das Dorf Oto-Gakure liegt, das Hauptquartier von Orochimaru. Nur leider wissen sie nicht, wo es liegt und das bedeutet, dass Jiraiya sich wieder mal auf ‚Informationsbeschaffungstour‘ begibt…
Das Team von Shikamaru, das einst losgezogen war, um Sasuke zurück nach Konoha zu bringen, ist dank Kakashi komplett gefunden worden. Shikamaru ist deprimiert, weil er seine Mission als gescheitert betrachtet: Sie haben Sasuke nicht zurückbringen können und sein Team ist kampfunfähig, doch Shikaku setzt ihm ziemlich zu und erwartet, dass er gefälligst auch die nächste Mission leitet. Er hat das Zeug zum Teamführer, was ihm fehlt, ist die Erfahrung. Naruto ist traurig, weil er sein Versprechen, das er Saskura gegeben hat, nicht halten konnte. Und plötzlich taucht auch noch Jiraiya auf und erklärt ihm, dass er für die nächsten drei Jahre sein Schüler sein wird. Naruto lehnt das ab, denn er ist wild entschlossen, die Verfolgung von Sasuke wieder aufzunehmen…
Tsunade erinnert sich daran, dass Asuma früher auch mal einer der zwölf Tempelwächter gewesen ist, so, wie Sora heute und sie erzählt die Geschichte, wie der Frieden damals zerbrach. Derweil warten Naruto, Sakura und Sora draußen vor ihrem Büro und Sakura schärft Sora ein, Tsunade respektvoll zu begegnen. Der hat aber gar keine Lust, sich zu verstellen…
Sora begegnet einem Fremden, mit dem er kämpft, der ihm allerdings haushoch überlegen ist und – ihn auch noch zu kennen scheint, was Sora beunruhigt. Der Fremde weiß, dass Sora über große Kräfte verfügt, größer, als Sora selbst es ahnt. Derweil kämpft Naruto weiterhin gegen Fuka und hat keine Chance gegen sie. Erst als Sakura, Sai und Yamato auftauchen, wendet sich das Blatt…
Es ist viel Zeit vergangen. Itachi ist mittlerweile seit drei Jahren Genin und will die alte Stärke des Clans wiederaufbauen. Doch der Plan muss warten, denn eine Ninja-Katze treibt ihr Unwesen. Ist Itachi schon stark genug, um sich ihr entgegenzustellen?
Die Dorfbewohner, inklusive Itachi und Sasuke, müssen sich in Sicherheit bringen, denn Obito aktiviert das Kyuubi und es ist auf totale Zerstörung aus. Alle müssen sich in den Schutzbunker retten, doch nicht jeder schafft es.
Es geht den Teams traumhaft: Da Madaras Mugen Tsukuyomi immer noch wirkt, befinden sich alle in einem Traumzustand, der ihre tiefsten Wünsche und Verlangen offenbart. Wer findet aus der Traumwelt heraus, um seine Freunde aus diesem Zustand zu befreien?
Narutos und Sasukes Kampf ist beendet, dennoch sieht Sasuke keinen Grund mit Naruto ins Dorf zurückzukehren. Das führt zu einem erneuten Kampf, wobei sich ihr Schicksal, Feinde zu sein, offenbart – können sie dagegen ankommen und ihre Freundschaft neu aufleben lassen?
Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.