Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.
Naruto hat sich in Pains zweiten Mond in das Kyuubi verwandelt, das Amok läuft. Dank Narutos Siegel kann es dennoch keinen großen Schaden anrichten, aber es muss unbedingt beruhigt werden. Wer kann nah genug an Narutos Inneres herantreten, um das Feuerungeheuer zu zähmen, und was hat Narutos Geburt mit dem Monster zu tun?
Shikamaru und die anderen Ausreißer finden Naruto bewusstlos auf der Turmspitze, der letzte Angriff war zu viel für ihn. Doch ihnen bleibt nicht lange Zeit, um sich die Wunden zu lecken: Sasuke ist wieder verschwunden. Zeitgleich müssen Minato und die anderen Dorfbewohner ihr Zuhause vor Angreifern beschützen, doch sind sie stark genug, um alle zu retten?
Neji ist zurückgeblieben und kämpft gegen die ANBU-Ne, um den anderen den Vorsprung zu sichern. Es sind nur noch zwei Angreifer übrig, doch die werden seine größte Herausforderung in diesem Kampf. Naruto arbeitet sich unterdessen weiter durch Orochimarus Turm, als er unerwartet von einem ANBU angegriffen wird.
Der Kampf gegen die ANBU-Ne ist in vollem Gange, als Naruto die Intention hinter dem Angriff versteht: Die Gegner wollen verhindern, Sasuke von der Begegnung mit Orochimaru abzuhalten. Können sie ihrem Freund nach dieser Erkenntnis noch zu Hilfe eilen, oder ist es schon zu spät?
Sasuke macht sich trotz des Verbots auf den Weg zu Orochimaru. Seine Freunde und sein Mentor versuchen ihn abzuhalten, doch vergebens. Naruto und die anderen haben kurz darauf ein Krisengespräch – sollen sie Sasuke auf seiner gefährlichen Reise folgen?
Sasukes und Narutos Plan wird von Kaguya und Zetsu vereitelt. Die Shinobi werden voneinander getrennt und müssen sich alleine ihren Gegnern stellen. Können sie sich in der Eisdimension wiederfinden?
Neji und TenTen machen sich auf den Weg zu Iou, dem genialen Erfinder von Ninja-Waffen. Er steht in Konohas Diensten, hat sein Labor jedoch außerhalb des Dorfes, weil es ihm hin und wieder mal um die Ohren fliegt. TenTen erinnert sich daran, wie sie vor zwei Jahren schon mal bei ihm waren, um seine neuen Erfindungen in Augenschein zu nehmen. Leider war sie sehr enttäuscht, denn alles, was Iou entwickelt hatte, war kompletter Schrott. Dann allerdings waren Iou und sein Assistent Shoseki verschwunden und das Team entdeckte eine Geheimtür, die zu einem ebenso geheimen Trakt des Labores führte. In diesem experimentierte Iou mit den wirklich wahren ultimativen Waffen, doch bevor sie sich weiter darüber informieren konnten, tauchten zwei Typen auf und machen Ärger…
Sakura wundert sich, wie unbeschwert Naruto trotz der Zerstörung Konohas doch ist und erinnert sich dabei an eine Begebenheit von früher. Vor einiger Zeit bestand mal der Verdacht, dass das Chakra-Virus im Dorf umgehen würde. Es sorgt dafür, dass das Chakra sich in Fieber umwandelt und das würde bedeuten, dass kein Shinobi mehr die Kraft hätte, Jutsus anzuwenden und zu kämpfen. Da Naruto auffällig geniest hat und außerdem bei seiner letzten Mission in einem Dorf war, in dem das Chakra-Virus gerade grassierte, glaubt Tsunade, dass er ein Virusträger ist und lässt das Dorf evakuieren. Außerdem setzt sie Leute auf Naruto an, die ihn einfangen sollen, damit er nicht noch mehr Leute ansteckt, denn Sakura geht es sauch schon schlecht. Doch Naruto einzufangen erweist sich als besonders schwierig und Einer nach dem Anderen scheitert an diesem Vorhaben…
Zur Verwunderung aller tun sich Madara und der demaskierte Obito zusammen, um gegen die fünf Kage zu kämpfen und können dabei Erfolge verbuchen, aber endgültig schlagen können sie sie nicht. Tsunade kann Katsuyu im letzten Moment beschwören, das Leben der fünf Kage zu retten. Zwischen Obito und Madara gilt es einige Geheimnisse zu lüften.
Kakashi zermürbt sich den Kopf, wer wohl hinter der Maske von Madara steckt. Währenddessen kämpft sein Schüler Naruto, auf den er stolz sein kann, mit Killerbee und der Kraft Kuramas, gegen Madara und ist mit seinen Doppelgängern leicht im Vorteil. Guy hat Mühe, Kakashi daran zu erinnern, gegen wen sie kämpfen müssen.
Naruto und Sakura haben Orochimarus Machtzentrale erreicht, aber anstatt auf ihn, treffen sie auf Kabuto, der Naruto in einen Kampf verwickelt. Er spinnt einen Chakra-Faden, der direkt aus seinem Herzen kommt und wickelt Naruto darin ein. Das bedeutet, dass ihre Herzen binnen weniger Minuten synchron schlagen werden. Naruto ist also an den Herzschlag von Kabuto ‚angeschlossen‘… Der Chakra Faden ist so stark, dass es Sakura nicht gelingt, ihn mit ihrem Kunai zu durchtrennen, doch dann taucht Sasame auf und gibt ihr eine Geheimbotschaft auf einem Zettel, den sie um das Messer wickeln soll. Damit gelingt es plötzlich, den Faden zu durchtrennen.
Sasame verrät Jiraiya, Sakura und Naruto, wo Orochimarus Versteck ist, wo sich vermutlich auch Sasuke aufhält. Das ist ein Teil der Strafe, die sie für die ‚Betäubungstropfen‘ erhält. Außerdem soll sie in das Gasthaus gehen, in dem Hanzaki sich aufhält. Die Drei wollen das Versteck betreten, aber sie wissen nicht, welcher der richtige Eingang ist. Nun wendet Jiraiya ein Jutsu an, und der Frosch Gamakichi erscheint. Er soll die Möglichkeiten auskundschaften. Jiraya beschließt bald, dass man getrennte Wege geht. Nachdem das geschieht, steht Sakura plötzlich allein vor Kabuto, der sie wegen ihrer Art mit ihrem Team umzugehen, verhöhnt. Auf einmal erscheint auch Orochimaru und fordert sie heraus. Sakura will nun beweisen, dass sie aus den Fehlern in der Vergangenheit gelernt hat und stellt sich.
Asuma begreift langsam, dass die vier Särge von Kitane, Seito, Too und Nauma gestohlen wurden, um sie mit dem Jutsu der Wiedererweckung zurück zu holen, damit sie den vor Jahren gescheiterten Putsch nun endlich zum Erfolg führen können. Die Vier hören nur auf die Befehle desjenigen, der sie „erweckt“ hat, doch bisher weiß niemand, um wen es sich handelt…
Es ist soweit, Konoha wird von Furido und seinen Leuten angeriffen, indem sie erst einmal eine Verteidigungsbarriere um das Dorf ziehen, so dass die Bewachungstruppen von Konoha, die von Tsunade an den Toren stationiert worden waren, vom Dorf abgeschnitten sind. Ebisu versucht im Dorf derweil die Bewohner zu evakuieren und Sakura hat als Medizin-Ninja alle Hände voll zu tun…
Auf ihrer Reise kommen Ashura, Taizou und Kanna in das Dorf, das von der Fruchtbarkeit des Shinju profitiert. Doch was zunächst positiv erscheint, stellt sich als tödlich heraus und fordert eine ethische Entscheidung von Ashura.
Indora muss seinen Bruder festnehmen, als dieser eine Straftat begeht. Klar, dass das nicht förderlich für deren Beziehung ist – das erkennt auch ihr Vater. Daraufhin schickt er seine Söhne auf eine Reise, die letztendlich über seinen Erben entscheiden wird.
Ashura und Indora sind Brüder und die Kinder von Hagoromo Otsutsuki. Doch trotz der gemeinsamen Gene ist Ashura kämpferisch nicht annähernd so talentiert wie sein älterer Bruder Indora. Das führt zu einem Zwiespalt zwischen den Brüdern, der noch immer Auswirkungen zeigt
Hagoromo erzählt eine weitere Geschichte: Die, der Entstehung des Ninshu. Die wiederbelebten Hokage lauschen gespannt. Was hat das Ende der Erzählung für Auswirkungen auf Naruto und Sasuke?
Kaguya sieht in Naruto und Sasuke ihre Söhne Hagoromo und Hamura, die sie, wie sich aus ihren Bemerkungen schließen lässt, nicht besonders gut leiden kann. Um sich die Chance auf Flucht zu ermöglichen, setzt Naruto ein lange im Geheimen trainiertes Jutsu ein, das alle Anwesenden sehr überrascht.