Madara lässt sich von dem Götterbaum das Chakra der Dorfbewohner abschöpfen, was zu seiner Transformation in die Urmutter der Chakren führt. Natürlich müssen Naruto und Sasuke ihn aufhalten, doch nicht in dieser Welt.
Naruto und Itachi stehen sich gegenüber. Auch Sasukes kleiner Bruder ist dabei. Doch es gibt kein Erbarmen, Itachi beschwört ein Jutsu herauf und kann flüchten. Kann Naruto seinen Plan, das Dorf anzugreifen, vereiteln und gleichzeitig auch seinen alten Freund retten, oder wird das ein Kampf auf Leben und Tod?
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
Shusuis Aufnahme in die ANBU endet tragisch: Er stirbt. Sein Tod hat Folgen, denn durch die darauffolgende Beförderung Itachis kommen er und der Uchiha-Clan sich freundschaftlich näher und verschwören sich gegen einen alten Feind.
Itachi ist in tiefer Trauer wegen des Todes seines Freundes und reagiert deshalb heftiger als nötig, als ihn sein Vater für das Sharingan lobt, das er nur durch den emotionalen Stress heraufbeschwören konnte. Um sich abzulenken, macht er sich gleich zu einer Mission auf, die in einer Verfolgungsjagd endet – sie werden den Flüchtigen doch wohl einholen, oder?
Es ist viel Zeit vergangen. Itachi ist mittlerweile seit drei Jahren Genin und will die alte Stärke des Clans wiederaufbauen. Doch der Plan muss warten, denn eine Ninja-Katze treibt ihr Unwesen. Ist Itachi schon stark genug, um sich ihr entgegenzustellen?
Die Dorfbewohner, inklusive Itachi und Sasuke, müssen sich in Sicherheit bringen, denn Obito aktiviert das Kyuubi und es ist auf totale Zerstörung aus. Alle müssen sich in den Schutzbunker retten, doch nicht jeder schafft es.
Es geht den Teams traumhaft: Da Madaras Mugen Tsukuyomi immer noch wirkt, befinden sich alle in einem Traumzustand, der ihre tiefsten Wünsche und Verlangen offenbart. Wer findet aus der Traumwelt heraus, um seine Freunde aus diesem Zustand zu befreien?
Narutos und Sasukes Kampf ist beendet, dennoch sieht Sasuke keinen Grund mit Naruto ins Dorf zurückzukehren. Das führt zu einem erneuten Kampf, wobei sich ihr Schicksal, Feinde zu sein, offenbart – können sie dagegen ankommen und ihre Freundschaft neu aufleben lassen?
Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.
Einst waren sie Freunde, nun kann es aber nur einen geben. Dieser Meinung ist Sasuke und gibt daher alles beim finalen Kampf gegen Naruto. Dieser möchte doch eigentlich nur Frieden mit seinem Freund schließen. Doch von der freundschaftlichen Liebe von früher ist bei diesem unerbittlichen Kampf nichts zu spüren – es gibt keine Gnade.
Tsunade liegt immer noch im Koma und Lee bringt ihr eine seltene Medizin, um sich dafür zu revanchieren, dass Tsunade vor langer Zeit einmal sehr zu Lees Genesung beigetragen hat. Der Trank soll wahre Wunder vollbringen, denn er wird aus der Jofuku-Blume herstellt, die sehr selten ist und nur am Fuße des Jofuku-Berges wächst. Sakura erinnert sich daran, dass sie zusammen mit Naruto und Ino mal den Auftrag hatte, eine Geheimbotschaft in ein Dorf bei diesem Berg zu bringen und Naruto die Gelegenheit nutzen wollte, um eben diese Blume zu pflücken, damit Guy neue Medizin herstellen konnte. Die Blume jedoch ist ausgesprochen wehrhaft. Wenn man sie pflückt, sucht sie sich im Gedächtnis ihres Gegners das Bild von dessen Erzfeind, verwandelt sich in diesen und greift an. So kommt es, dass Naruto und Co. im „Wald der Verlorenen“ plötzlich Gaara gegenüberstehen…
Der Strauß erzählt seinen Kindern, wie er Naruto kennen gelernt hat. Er wurde als Haustier gehalten, aber da er unbedingt ein Ninja-Strauß werden wollte, hat er sich selbst Nin-Jutsu beigebracht und war in das Gebiet des Trainingsgeländes „Null“ entlaufen. Doch Tsunade schickt Kotetsu, Lee, Naruto und Shino los, um ihn wieder einzufangen – was nicht so leicht ist bei einem Strauß, der Nin-Jutsu beherrscht. Das Team unterschätzt diese Mission völlig und entsprechend gewinnt der Strauß einen Kampf nach dem anderen, zumal er auf die Hilfe eines Känguruhs zählen kann, das besser boxt als Lee, und auf einen Ameisenbären, der Shinos Insekten kurzerhand auffrisst. Jetzt ist guter Rat teuer…
Obito trauert um seine geliebte Rin. Er möchte in die Traumwelt flüchten, von der Madara gesprochen hat, in der selbst die Toten noch leben. Deshalb kehrt er zu Madara zurück. Yahiko und Nagato wollen den Krieg mit Toleranz und Frieden bekämpfen und mit Worten statt mit Waffen. Sie werden von Kyusuke und dessen Anhängern angegriffen, die versuchen wollen, das Dorf zu plündern.
Obito wird von Madara in einer Höhle gefangen gehalten und von Zetsu und Guruguru bewacht. Ihm wurde ein Stück des künstlichen Körpers von Hashirama angeheftet und er ist noch sehr schwach. Er will unbedingt raus, aber er darf nicht. Als Kakashi und Rin jedoch von Shinobi umzingelt und in Gefahr sind, leiht Guruguru Obito wider Erwarten seinen Körper...
In Konoha scheint sich die Situation wieder zu normalisieren, Naruto und seine Freunde haben sich erholt und alle beginnen wieder mit dem Training, um für kommende Abenteuer fit zu sein. Was noch niemand weiß, ist, dass sich im Gefängnis etwas zusammebraut. Mizuki, der dort einsitzt, weil er Naruto ehemals angestiftet hatte, die geheime Schriftrolle zu stehlen, überlegt fieberhaft, wie er entkommen kann. Er plant, sich der Brüder Fuujin und Raijin zu bedienen, die eigentlich nur ans essen denken und sonst so ziemlich gar nichts im Kopf haben. Tsunade hat nicht so recht Lust, alte Unterlagen zu sortieren, aber Shizune besteht darauf und bei der Durchsicht fällt Tsunade ein Zettel in die Hand, auf dem eine Art Formel geschrieben steht – und zwar in Orochimarus Handschrift. Sofort trommelt sie die Jo-Nin des Dorfes zusammen und nach einer Beratung schickt sie Asuma und Kurenai in die Hochsicherheitseinrichtung, um Mizuki zu vernehmen. Doch die beiden kommen schon zu spät…
Endlich haben Naruto, Sakura und Sasame deren Cousin Arashi gefunden, doch der ist nicht mehr der Mensch, der er einmal war. Er ist zu einem Monster in Orochimarus Diensten mutiert und Naruto nimmt den Kampf gegen ihn auf. Dabei wird er von Sakura tatkräftig unterstützt. Danach machen sich Jiraiya, Naruto und Sakura auf den Heimweg. Sie haben Sasuke nicht gefunden, aber herausbekommen, dass es ihm gut geht und sie drei Jahre Zeit haben werden, ihn aufzuspüren, da Orochimaru erst dann wieder sein Gefäß wechseln kann. Sakura trifft für sich die Entscheidung, dass sie möglicherweise als Sanitäter bei den Missionen hilfreicher ist und bitte Tsunade, ihre Schülerin werden zu dürfen.
Genma und seine Leute beschließen, sich auf die Suche nach Sakura, Yamato und Asuma zu machen, von denen sie länger nichts gehört haben. Asuma kämpft mit Kitane, der ihn in einen Stromkäfig eingeschlossen hat, doch mit einem sehr anstrengenden Jutsu gelingt es Asuma, sich zu befreien. Yamato und Sakura verfolgen die anderen Ninja Wächter…
Izumo, Kotetsu und ihre Leute kämpfen nach wie vor gegen eine Übermacht von Gegnern. Naruto hat es mal wieder mit Fuka zu tun und da sie viele Elemente beherrscht, sieht es nicht gut für ihn aus. Sora begreift endlich, dass Furidos Ziel, das Dorf zu vernichten, falsch ist, und Shikamaru hat es satt in Tsunades Büro rumzuhängen und Strategien zu besprechen. Er will seine Freunde unterstützen…