Sie sind sich ebenbürtig, sie kennen sich und können den nächsten Schritt des Gegners vorab einschätzen. Das macht das Duell im Tal des Endes nicht nur spannend, sondern lebensgefährlich. Nur einer kann das Schlachtfeld lebend verlassen.
Einst waren sie Freunde, nun kann es aber nur einen geben. Dieser Meinung ist Sasuke und gibt daher alles beim finalen Kampf gegen Naruto. Dieser möchte doch eigentlich nur Frieden mit seinem Freund schließen. Doch von der freundschaftlichen Liebe von früher ist bei diesem unerbittlichen Kampf nichts zu spüren – es gibt keine Gnade.
Kaguya sieht in Naruto und Sasuke ihre Söhne Hagoromo und Hamura, die sie, wie sich aus ihren Bemerkungen schließen lässt, nicht besonders gut leiden kann. Um sich die Chance auf Flucht zu ermöglichen, setzt Naruto ein lange im Geheimen trainiertes Jutsu ein, das alle Anwesenden sehr überrascht.
Die Geschichte neigt sich dem Ende zu. Der Schwarze Zetsu berichtet über den Krieg, den die Kinder gegen ihre Mutter führten und wie sie letztendlich gewinnen konnten. Doch auf einmal beginnt er seine Sympathie für Madara zu zeigen.
Die Geschichte geht weiter. Im zweiten Teil erfahren Naruto und Sasuke etwas über die Geschwister des Schwarzen Zetsu, Hagoromo sowie Hamura, und wie sie das jetzige Leben der Shinobi beeinflusst haben.
Die Entstehungsgeschichte der Shinobi ist ein großes Mysterium. Doch nun erfahren Naruto und Sasuke die Hintergründe von einer vertrauenswürdigen Quelle: Der dritte Sohn von Kaguya Ootsutsuki berichtet, was seine Mutter vor mehr als tausend Jahren erlebte.
Madara lässt sich von dem Götterbaum das Chakra der Dorfbewohner abschöpfen, was zu seiner Transformation in die Urmutter der Chakren führt. Natürlich müssen Naruto und Sasuke ihn aufhalten, doch nicht in dieser Welt.
Naruto und Itachi stehen sich gegenüber. Auch Sasukes kleiner Bruder ist dabei. Doch es gibt kein Erbarmen, Itachi beschwört ein Jutsu herauf und kann flüchten. Kann Naruto seinen Plan, das Dorf anzugreifen, vereiteln und gleichzeitig auch seinen alten Freund retten, oder wird das ein Kampf auf Leben und Tod?
Die Akatsuki bekommen ein neues Mitglied: Deidara, der mit Sasori das neue Zweier-Einsatzteam bildet. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach Orochimaru, um ihn herauszufordern. Als sie ihn finden, kommt es zu einem heftigen Kampf.
Juuzou und Itachi haben einen Auftrag: Sie sollen einen Gegner eliminieren. Während sie auf dessen Erscheinen warten, teilt Juuzou Biwa seine Kampf-Weisheiten und Anekdoten mit dem jungen Krieger. Noch zur rechten Zeit, denn bald kann er diese in einem lebensgefährlichen Kampf gebrauchen.
Shusuis Aufnahme in die ANBU endet tragisch: Er stirbt. Sein Tod hat Folgen, denn durch die darauffolgende Beförderung Itachis kommen er und der Uchiha-Clan sich freundschaftlich näher und verschwören sich gegen einen alten Feind.
Itachi ist in tiefer Trauer wegen des Todes seines Freundes und reagiert deshalb heftiger als nötig, als ihn sein Vater für das Sharingan lobt, das er nur durch den emotionalen Stress heraufbeschwören konnte. Um sich abzulenken, macht er sich gleich zu einer Mission auf, die in einer Verfolgungsjagd endet – sie werden den Flüchtigen doch wohl einholen, oder?
Es ist viel Zeit vergangen. Itachi ist mittlerweile seit drei Jahren Genin und will die alte Stärke des Clans wiederaufbauen. Doch der Plan muss warten, denn eine Ninja-Katze treibt ihr Unwesen. Ist Itachi schon stark genug, um sich ihr entgegenzustellen?
Die Dorfbewohner, inklusive Itachi und Sasuke, müssen sich in Sicherheit bringen, denn Obito aktiviert das Kyuubi und es ist auf totale Zerstörung aus. Alle müssen sich in den Schutzbunker retten, doch nicht jeder schafft es.
Es geht den Teams traumhaft: Da Madaras Mugen Tsukuyomi immer noch wirkt, befinden sich alle in einem Traumzustand, der ihre tiefsten Wünsche und Verlangen offenbart. Wer findet aus der Traumwelt heraus, um seine Freunde aus diesem Zustand zu befreien?
Narutos und Sasukes Kampf ist beendet, dennoch sieht Sasuke keinen Grund mit Naruto ins Dorf zurückzukehren. Das führt zu einem erneuten Kampf, wobei sich ihr Schicksal, Feinde zu sein, offenbart – können sie dagegen ankommen und ihre Freundschaft neu aufleben lassen?
Orochimaru ist tot und Sasuke zur anderen Seite übergelaufen. Diese Informationen gibt Tsunade den Kriegern weiter, als langsam wieder Ruhe in das Dorf einkehrt. Die Teams werden aufgeteilt und auf Missionen geschickt, als Team 7 einen überraschenden Zuwachs bekommt.
Einst waren sie Freunde, nun kann es aber nur einen geben. Dieser Meinung ist Sasuke und gibt daher alles beim finalen Kampf gegen Naruto. Dieser möchte doch eigentlich nur Frieden mit seinem Freund schließen. Doch von der freundschaftlichen Liebe von früher ist bei diesem unerbittlichen Kampf nichts zu spüren – es gibt keine Gnade.
Tsunade liegt immer noch im Koma und Lee bringt ihr eine seltene Medizin, um sich dafür zu revanchieren, dass Tsunade vor langer Zeit einmal sehr zu Lees Genesung beigetragen hat. Der Trank soll wahre Wunder vollbringen, denn er wird aus der Jofuku-Blume herstellt, die sehr selten ist und nur am Fuße des Jofuku-Berges wächst. Sakura erinnert sich daran, dass sie zusammen mit Naruto und Ino mal den Auftrag hatte, eine Geheimbotschaft in ein Dorf bei diesem Berg zu bringen und Naruto die Gelegenheit nutzen wollte, um eben diese Blume zu pflücken, damit Guy neue Medizin herstellen konnte. Die Blume jedoch ist ausgesprochen wehrhaft. Wenn man sie pflückt, sucht sie sich im Gedächtnis ihres Gegners das Bild von dessen Erzfeind, verwandelt sich in diesen und greift an. So kommt es, dass Naruto und Co. im „Wald der Verlorenen“ plötzlich Gaara gegenüberstehen…
Der Strauß erzählt seinen Kindern, wie er Naruto kennen gelernt hat. Er wurde als Haustier gehalten, aber da er unbedingt ein Ninja-Strauß werden wollte, hat er sich selbst Nin-Jutsu beigebracht und war in das Gebiet des Trainingsgeländes „Null“ entlaufen. Doch Tsunade schickt Kotetsu, Lee, Naruto und Shino los, um ihn wieder einzufangen – was nicht so leicht ist bei einem Strauß, der Nin-Jutsu beherrscht. Das Team unterschätzt diese Mission völlig und entsprechend gewinnt der Strauß einen Kampf nach dem anderen, zumal er auf die Hilfe eines Känguruhs zählen kann, das besser boxt als Lee, und auf einen Ameisenbären, der Shinos Insekten kurzerhand auffrisst. Jetzt ist guter Rat teuer…