Yuya and Yuto are struggling in their battle against Ruri and Serena and their Parasite Queen. The Doctor attempts to take control of Yuya using a parasite as well, but that only awakens the rage inside of Yuya once again.
Yuya comes across Ruri, who is still under the control of the Doctor's parasites. Yuya attempts to fight off Ruri, made harder when Serena joins the fight. Yuto decides to take control and face the two girls.
Asuka stays behind to fight Yuri while Sora and the others go on ahead. Yuri uses a different deck and fights Asuka, who tries to reach out a helping hand to Yuri. That's when Yuri reveals the real reason why he does what he does.
Yugi und die anderen sind sauer, weil Noah einfach Mokubas Körper übernommen hat. Doch bevor sie etwas unternehmen können, werden sie plötzlich von Duel Monstern attackiert. Noah plant indessen, den Bereich, in dem Kaiba, Yugi und ihre Freunde sich aufhalten, in die Luft zu sprengen: In dreißig Minuten soll die virtuelle Welt explodieren! Noah selbst will in einem Hubschrauber fliehen, als er urplötzlich seine Meinung ändert …In der Zwischenzeit sucht Seto Kaiba seinen Stiefvater Gozaburo auf, um ihn darum zu bitten, ihn und seine Freunde endlich aus der virtuellen Welt freizulassen. Da schlägt Gozaburo vor, Seto solle gegen ihn antreten, um seine Forderungen durchzusetzen. Er willigt ein, und der Kampf beginnt – doch ihnen bleibt nicht mehr viel Zeit, bis die virtuelle Welt in die Luft fliegt …
Yugi hat den Kampf gegen Noah gewonnen, und alle werden in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt. Auch Seto und Mokuba sind nicht länger versteinert und umarmen sich erleichtert. In einer letzten Anstrengung versucht der wütende Noah, Yugis Körper zu übernehmen, aber die schockierenden Szenen aus Ägypten, die er in Yugis Erinnerung findet, und das Millennium Puzzle, das Yugi beschützt, vereiteln Noahs Versuch. Nun will Noah wissen, wer Yugi wirklich ist. Aber bevor er seinem Widersacher antworten kann, erscheint Gozaburo Kaiba. Er teilt seinem Schützling Noah mit, dass er versagt habe und er darum nun keine Verwendung mehr für Noah habe. Dann erklärt er, dass er Seto nur adoptiert habe, um einen geeigneten Körper für Noah zu besitzen. Seto ist entsetzt …
Der Kampf zwischen Noah und Yugi geht weiter, und Noah sammelt immer mehr Lebenspunkte. Es sieht schlecht auch für Yugi und seine Freunde, denn plötzlich verwandelt Noah Tristan zu Stein und droht Yugi an, für jeden Spielzug, den Yugi macht, einen seiner Freunde zu versteinern. Als nächstes muss Serenity dran glauben, und nach Yugis nächstem Zug, der ihn wieder 300 Lebenspunkte kostet, verwandelt Noah Joey zu Stein. Egal, was Yugi auch anstellt, Noah scheint ihm einfach überlegen zu sein. Und nach einem weiteren wenig erfolgreichen Angriff von Yugi, versteinert Noah auch noch Tea. Schließlich besitzt Yugi nur noch 100 Punkte, während Noah 10.000 Lebenspunkte gewonnen hat.
Tea, Serenity, Joey und Duke drücken ihrem Freund Yugi die Daumen. In einem aussichtslosen Kampf ist er mit 200 Lebenspunkten gegen Noah angetreten. Plötzlich muss er gegen völlig ungewohnte Karten kämpfen: gegen Geistermonster. Als es Yugi gelingt, die Lichtschwerter auszuspielen verschafft er sich für drei Runden einen leichten Vorteil, da Noah ihn nicht mehr angreifen kann. Aber mit einem geschickten Zug gelingt es dem virtuellen Rivalen, Yugi schnell wieder in Bedrängnis zu bringen. Wird Noah es schaffen, auch Yugis restliche Freunde in Stein zu verwandeln?
Nachdem sich Mokuba als Schutzschild vor Noah postiert hat, muss sich Seto entscheiden: Verletzt er Mokuba oder verzichtet er auf den Präsidentenposten bei Kaiba Corporation. Da er seinem Bruder nicht weh tun will, bricht Seto seine Attacke ab. Dadurch ist Noah nun klar im Vorteil. Durch einen geschickten Schachzug gelingt es ihm, viele neue Lebenspunkte zu erlangen. Seto schafft es, in Mokubas Unterbewusstsein vorzudringen und ihn wachzurütteln. Zu spät. Noah gewinnt die Partie und verwandelt die beiden Brüder zu Stein. Yugi findet, dass Noah mit ziemlich unfairen Mitteln zu seinem Sieg gelangt ist und fordert ihn heraus.
Das Duell zwischen Noah und Seto Kaiba geht weiter. Nachdem Noah Shinatos Arche gespielt hat, stehen ihm sämtliche Monster von beiden Kartenfriedhöfen zur Verfügung. In der virtuellen Welt hat er nun absolut das Sagen und lässt dies auch Kaiba spüren. Er versetzt die Partie mit Drachenkarten ins Dinozeitalter und lässt eine Eiszeit folgen. Trotzdem gelingt es Seto, seinen Rivalen langsam in Bedrängnis zu bringen. Als er zum entscheidenden Schlag ausholen will, stellt sich ihm plötzlich Mokuba in den Weg, um Noah zu schützen. Seto muss sich entscheiden: Entweder für Mokuba oder den Präsidentenposten bei Kaiba Corporation.
Tristan hat Angst, dass er nun für immer ein Affe bleiben muss, aber die anderen entdecken sechs Knöpfe auf seinem Rücken, die zeigen, was alles in diesem Affen steckt. Drückt man einen der Knöpfe, bekommt der Affen plötzlich Räder oder einen Propeller. Als Yugi schließlich den roten Knopf drückt, bringt der Affe Yugi und die anderen direkt nach Kaibaland. Hier erfahren sie die traurige Wahrheit über Noah, der einst von einem Auto überfahren wurde und dabei ums Leben kam. Jetzt existiert er nur noch in einer virtuellen Welt im Computer, die Kaiba für ihn entwickelt hat. Zwar ist Seto schockiert, das zu hören, dennoch fordert er Noah zum Duell heraus, denn er hat schon so lange auf diese Gelegenheit gewartet. Ein Kampf beginnt, der Setos Leben verändern soll …
Der Kampf zwischen Yugi, Joey gegen Big Five geht in die dritte Runde. Big Five initiiert ein Ritual, um einen bösen Drachen auferstehen zu lassen. Dazu muss er je ein Monster mit dem Attribut Erde, Wasser, Feuer, Wind und Dunkelheit opfern. So ruft er den ‚Five-God Dragon‘ herbei, ein übermächtiges Monster, das Yugi und Joey schwer in Bedrängnis bringt. Haben sie trotzdem noch eine Chance, den Kampf zu gewinnen?
Kaiba erreicht ein virtuelles Kaibaland-Gebäude, dessen Tür allerdings von einem Schachbrett blockiert wird. Kaiba macht einen Zug, der den Gegner schachmatt setzt und gelangt so in das Haus. Dort sieht er einen Film über Gozaburo und Noah sowie eine Aufzeichnung von Noahs Beerdigung … Währenddessen entwickelt sich der Kampf zwischen Yugi und Joey gegen die Big Five im Körper von Tristan dramatisch. Durch geschicktes Taktieren und Einsetzen der richtigen Karten schaffen Yugi und Joey es, die Lebenspunkte der Big Five von 8000 auf 1200 zu reduzieren. Aber dann zieht Big Five eine Karte und beginnt wie wahnsinnig zu lachen …
Kaiba macht sich auf die Suche nach Mokuba, wobei er Yugi und seine Freunde davor warnt, sich ihm in den Weg zu stellen. Bevor Yugi und die anderen etwas unternehmen können, stellt sich ihnen ein neues Problem. Tristan taucht auf und fordert Yugi zu einem Duell heraus. Tristans Körper wird nämlich von allen der Big Five kontrolliert. Ihre Bedingungen für den Kampf: Gewinnt Yugi, geben sie Tristans Körper frei, verliert er aber, bekommen die Big Five die Körper der Freunde. Yugi akzeptiert, aber Joey wirft ein, dass ein Kampf eins zu fünf unfair sei, weshalb er an der Seite seines Freundes mitkämpfen wolle. Die Big Five akzeptieren, und es beginnt ein unerbittliches Duell. Währenddessen sucht Kaiba nach Mokuba und Noah und entdeckt dabei Kaibaland.
Noah will Seto alles wegnehmen, was ihm teuer und wichtig ist. Darum versucht er, Mokuba auf seine Seite bringen. Weil ihm das nicht gelingt, probiert er es mit einer List und Hypnose. Als Seto dann bei Noah auftaucht, um Mokuba zu holen, will sein kleiner Bruder nichts mehr von ihm wissen. Inzwischen geraten Joey, Serenity und Duke in eine Auseinandersetzung mit den Big Five, die mit Gewalt die Körper der drei übernehmen wollen. Noah tischt Seto eine Geschichte auf, wonach er ein Stiefbruder von Seto und Mokuba sein soll. Eine kleines Detail lässt bei Yugi und Seto aber Zweifel über den Wahrheitsgehalt an Noahs Version aufkommen.
Das Duell zwischen Kaiba und Leichter geht in die nächste Runde. Aber da der Kandidat der Big Five seinen Monstern immer wieder einen Powerschub gibt, stehen die Chance für Kaiba zunehmend schlechter. Durch einen Zufall gelingt es Tristans Geist, den Lautsprecher seines Roboaffen-Körpers anzuschalten und mit Yugi, Joey und deren Freunden Kontakt aufzunehmen. Joey ist skeptisch. Er glaubt, dass dieser Affe nur ein Spion der Big Five ist. Mokuba muss mit anhören, wie Leichter von Setos krummen Geschäften, bei der Übernahme von Kaiba Corporation berichtet. Obwohl Seto damals Mokuba ausgenutzt hat, hält sein kleiner Bruder weiter zu ihm. Mit einer geschickten Strategie gelingt es Kaiba, Leichter am Ende doch zu besiegen.
Die erste Runde des Battle City Finales ist beendet. Yugi, Joey, Kaiba und Marik haben die Runde überstanden und stehen vor den nächsten schweren Aufgaben. Ishizu überlässt Yugi schließlich ihre Millenniumskette, damit er eine Chance gegen die böse Seite von Marik hat.
Ishizu ist fest entschlossen, die gute Seite ihres Bruders Marik zu retten und kämpft wie eine Wilde gegen Kaiba. Obwohl sie mit Hilfe der Millenniumskette in die Zkunft sehen kann, sieht es schlecht aus für Ishizu. Denn Kaiba spürt die Macht des Millenniumsstabes und ändert seine Pläne.
Serenity kümmert sich um Mai, solange sie auf der Krankenstation liegen muss. Währenddessen erfährt Kaiba, wer sein nächster Duellpartner sein wird: Ishizu.
Mai nimmt Yami-Marik die ägyptische Götterkarte ab. Da sie jedoch die ägyptische Inschrift nicht entziffern kann, ist sie nicht in der Lage, seine wahre Macht zu entfalten.
Das Duell zwischen Yami-Marik und Mai geht weiter. Yami-Marik spielt mit harten Bandagen: Für jedes Monster, dass er vernichtet, verliert Mai die Erinnerung an einen Menschen aus ihrem Leben.