Yusei, who got back his Duel Runner and his Deck, continued his Turbo Duel with Trudge. Blister, who is witnessing the Turbo Duel, does not understand why Yusei is so determined to retrieve his "Bonds of Friendship".
In order to get back his Deck and Duel Runner, Yusei meets a man named Blister, but he is soon pursued by Trudge, who still wants to get his revenge on Yusei.
Yusei continues his Duel with Mr. Armstrong, using cards given to him by inmates at the Facility. Despite Armstrong's brutal attack, Yusei refuses to abandon his friends and lose his freedom.
Mr. Armstrong harasses Yusei's friends in front of him and Yusei duels Armstrong with his freedom and the safety of his friends on the line. Armstrong has seized all of Yusei's Decks so Yusei duels him using cards given to him from his friends at the Facility.
The Securities examine Yusei's body for confirmation of his Mark of the Dragon. Meanwhile, Jack has learned of the legend of the Crimson Dragon and forces himself to obey Goodwin and hosts a Turbo Duel between him and Hunter Pace, who wants a rematch with him.
Kaiba ist verdammt wütend, weil Yugi Joey während des Duells zu Hilfe kam. Yugi hingegen überlegt fieberhaft, wie er Kaiba und Marik möglichst schnell aus dem Weg räumt, um im Finale gegen Joey antreten zu können. Kaiba will dafür unbedingt Yugi und Marik schlagen. Sein Plan ist es, zuerst Yugi auszuschalten, um dann Marik zu besiegen. Joey dankt Yugi leise für seine Hilfe. Ihm liegt am meisten daran, Marik fertig zu machen, damit er Mai retten kann. Da versucht Kaiba einen Keil zwischen Yugi und Joey zu treiben, indem er Joey erzählt, Yugi würde ihm nur helfen, weil er genau wüsste, dass Joey – auf sich gestellt – das Duell niemals gewinnen könne. Yugi plane, zunächst mit Joeys Unterstützung Marik und Kaiba zu überwältigen, um dann im Final gegen den schwächeren Joey den sicheren Sieg einstreichen zu können.
Kaiba, Marik, Yugi und Joey betreten den Alcatraz Duel Tower, um sich dem ultimativen Viererduell zu stellen. Dabei gibt es für jeden genug Gründe, um gegen einen der anderen anzutreten. Yugi will unbedingt gegen Marik kämpfen, weil er sein eigentlicher größter Feind ist und er die Welt vor ihm retten will. Aber wegen des Versprechens, das sie sich einst gegeben haben, würde er auch Joey herausfordern wollen. Und Kaiba will er schon lange besiegen, um ihren ganz persönlichen Krieg endlich zu beenden. Sie kämpfen zunächst zu viert, wobei danach sowohl die beiden Gewinner als auch die beiden Verlierer erneut gegeneinander antreten. Im ersten Schritt muss jeder der vier Duellanten eine Karte ziehen. Wer die Karte mit den meisten Lebenspunkten zieht, gewinnt die Vorrunde. So steht die Reihenfolge fest: Erster ist Seto Kaiba, danach folgt Marik Ishtar, dann Yugi Moto und zum Schluss Joey Wheeler. Das Duell kann beginnen, und Kaiba hat den ersten Zug …
Noah, dem plötzlich Leid tut, dass er veranlasst hat, die virtuelle Welt zu zerstören, gibt Yugi und den anderen den Tipp, durch ein Portal im Spielzimmer zu fliehen. Gozaburo kann nichts gegen ihre Flucht tun, denn es ist Noah, der das System beherrscht. Den meisten gelingt die Flucht, aber bevor Yugi ebenfalls verschwinden kann, bittet Noah ihn, Seto zu retten. Als Gozaburo erfährt, was Noah getan hat, verwandelt er sich vor lauter Wut in ein fürchterliches Monster, das droht, Setos Körper zu übernehmen. Aber Seto bleibt ganz ruhig und schlägt seinem Gegenüber vor, ihren Kampf fortzusetzen. Der Gewinner soll wieder in die reale Welt zurückkehren dürfen. Gozaburo stimmt zu, und es beginnt eine schreckliche Schlacht …
Yuma's all set to travel across the stars to save Astral, but an unexpected pest pops by to plunder Yuma's plans!
Shark and Quattro struggle to keep their heads above water as they battle the Barian duelist from the deep, Chironex!
With Vector's patience for failure fading fast, Mr. Heartland begs for a final chance to beat Yuma! Desperate to deliver, Heartland deploys his most dangerous duelist to date, a treacherous Barian armed with toxic tentacles!
Yuma and Trey team up to take down a bugged out Barian who likes to munch on memories! Can Yuma and Trey swat down this winged menace before he swoops in to drain their brains?
Someone's stealing memories, and the Super Secret Numbers Club are going to find out who! But when the hunters become the hunted, Yuma's friends quickly realize that they need help from an exterminator!
The battle between our two heroes and Number 96 comes to a shocking conclusion that leaves only one person standing!
Earth and Astral World are under attack! Yuma and Astral are the only ones who can stop it, but saving their planets may come at the ultimate price…
The battle beneath the ocean reaches new depths of danger when Shark comes face to face with the Number Guardian, Abyss!
It's rough waters ahead for Yuma and his friends when the search for the last two Mythyrian Numbers leads them to an ancient ruin that lies beneath the bottom of the ocean!
After an ancient statue is unearthed, Yuma finds himself between a rock and a furry place when he discovers that there's more to Girag than meets the eye – like a red nose and whiskers!
Kite faces his toughest challenge ever when a powerful Number Guardian threatens to take possession of his Galaxy-Eyes!
The hunt for the Mythyrian Numbers leads our heroes to the peak of a perilous mountain where Kite's skills are put to the test by a dragon-wielding Number Guardian!