Yami-Yugi und Kaiba gelangen zum Hauptsitz der Kaiba Cooporation, welche von Dartz eingenommen wurde. Yami-Yugi fordert Dartz zu einem Duell heraus.
Das führerlose Flugzeug steht kurz vor der Kollision mit einem Berg. Alister zieht seine übermächtige Luft Arsenal Air Fortress Ziggurat.
Kaiba und Mokuba wurden von Alister in ein Flugzeug gelockt. Hunderte Meilen über den Boden fordert Alister Kaiba zu einem Duell heraus.
Valon, der das Ziel verfolgt, die Welt zu beherrschen, fordert Rebecca und Duke zu einem Duell heraus. Valon kann er die Oberhand gewinnen.
Im Duell gegen einen Feind aus längst vergangenen Tagen, versetzen Visionen den Pharao in eine Zeit, in der die Schlacht um Atlantis gefochten wurde.
Die Eisenbahn, in welcher sich Tea und Yami-Yugi befinden, entgleist. Als sie wieder aufwachen, befinden sie sich im Zelt von Chris und Eisenherz.
Die Duelle gehen weiter. Yugi kann das Ruder noch mal herumreißen. Auch Joey gelingt es die Oberhand im Duell zurückzuerobern.
Weevil verwandelt im Kampf gegen Yugi alle Monster auf dem Feld in Insekten. Währenddessen ist Rex Raptor im Duell gegen Joey deutlich überlegen.
Joey, Tea, Tristan und Yami-Yugi suchen nach Dartz. Als sie in einen Zug eingestiegen sind, sind die restlichen Fahrgäste verschwunden.
Wegen der Niederlage gegen Rafael geht die Seele des Pharaos über in den Besitz von Dartz. Joey, seine Freunde und der Professor suchen nach Dartz.
Die dritte Runde im Duell von Yami-Yugi und Rafael steht an. Infolge des Spielens des Siegels von Orichalcos, verändert Yami-Yugi sein Wesen.
Im Duell gegen Yami-Yugi spielt Rafael die Karte Austausch. Daraufhin kann er seinen Kontrahenten das Siegel von Orichalcos andrehen.
Yami-Yugi wird von Rafael herausgefordert. Falls Rafael gewinnt, will er die Welt retten indem er die Seele des Pharaos nutzt.
Yami-Yugi schlägt Yami-Marik mit seiner Zauberkarte Ragnarok, sodass dieser nur noch einen Lebenspunkt besitzt. Das Gute in ihm übernimmt wieder die Kontrolle, und um seine dunkle Seite zu vernichten, gibt Marik das Duell auf. Damit hat Yugi gewonnen. Er ist jetzt in Besitz von allen drei Götterkarten und erhält obendrein auch noch den Millenniumsstab und den Millenniumsring. Alle ins Reich der Schatten Verbannten kehren wieder wohlbehalten zurück. Kaiba will den Duell Turm mitsamt der Insel in die Luft jagen. An Bord des Luftschiffes stellt sich heraus, dass die Triebwerke nicht arbeiten. Der Countdown läuft
Im Duell gegen Yami-Yugi gelingt es Yami-Marik, sich selbst und alle seine Monster mit dem Geflügelten Drachen des Ra zu verschmelzen. Mit der Zauberkarte Ragnarok hat Yugi die Möglichkeit jedes Monster auf der Seite seines Gegners zu vernichten, das heißt den Geflügelten Drachen des Ra und mit ihm auch Yami-Marik. Aber ob er das schaffen wird? Odion taucht auf, um seinen Master Marik vor den Schatten zu bewahren …
Yami-Yugi greift mit Obelisk dem Peiniger an, doch Yami-Marik schafft mit einem Schleimmonster ein Ebenbild von Obelisk. Es gelingt ihm mit einigen Tricks, seine Lebenspunkte absolut unangreifbar zu machen. Die gute Seite von Marik verabschiedet sich von Odion, bevor sie für immer im Reich der Schatten versinkt. Da erwacht Odion aus seinem Koma.
Marik kontrolliert das Duell dank seiner ägyptischen Götterkarte, der Geflügelte Drache des Ra. Yami-Yugi vertraut Kaiba und scheint damit alte Energien freizusetzen. Blind zieht er die Karte, die Kaiba ihm gegeben hat und mit ihrer Hilfe kann er Obelisk den Peiniger aufrufen. Ist Yami-Marik jetzt am Ende? Fortsetzung folgt.
Das Finale beginnt. Yami-Marik kämpft gegen Yami-Yugi. Wenn Yami-Yugi verliert, werden Mai und Yugi im Reich der Schatten versinken. Wenn Yami-Marik verliert, wird Marik in die Finsternis verdammt. Ein teuflisch genialer Plan von Yami-Marik. Es gelingt Yami-Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber gleich darauf ruft Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra auf. Und zwar in seinem unverwundbaren Phoenixmodus.
Joey schlägt sich wacker gegen Kaiba, verliert aber letztendlich doch das Duell. Kurz bevor das Finale losgeht, entschließt sich Kaiba, Yugi die einzige Karte zu geben, mit der er den Geflügelten Drachen des Ra schlagen kann. Allerdings muss er sie auf eine ganz besondere Art spielen, sonst hat er das Duell verloren.
Nachdem Joey nur noch mittelstarke Monster auf seiner Hand und in seinem Deck hat, gewinnt Kaiba immer weiter die Oberhand. Als er den Weißen Drachen mit Eiskaltem Blick aufruft, scheint das Spiel für Joey verloren. Doch es gelingt ihm, Kaiba seinen Weißen abzuknöpfen. Rasend vor Zorn ruft Kaiba einen zweiten Weißen Drachen auf's Feld und lässt beide gegeneinander kämpfen. Nachdem beide vernichtet sind, belebt Kaiba mit Monster Reborn seinen Drachen wieder neu.