Nach einigen Abenteuern gelingt es den Freunden sich wieder zu finden. Auch Yugis Großvater taucht plötzlich aus dem Nichts auf.
In der Welt der Kapsel-Monster, werden die Freunde getrennt. Daraufhin müssen sich Tristan und Tea einem riesigen Seeungeheuer stellen.
Joey gewinnt für sich und seine Freunde eine Urlaubsreise. Doch das Flugzeug stürzt ab. Yugi und seine Freunde treffen daraufhin auf Alex.
Nachdem Yugi und seine Freunde es geschafft haben, die Welt vor Dartz zu retten, wollen die Freunde ihre Reise nach Hause antreten.
Yugi konnte mit der Hilfe seiner Freunde und der Monster den großen Leviathan Orichalcos besiegen. Jedoch ist die Gefahr noch nicht gebannt.
Kaiba, Seto und Yugi liefern sich einen Kampf mit dem großen Leviathan Orichalcos. Doch trotz der großen Bemühungen, werden die Freunde absorbiert.
Dartz geht als Verlierer aus dem Duell heraus und flieht im Anschluss. Infolgedessen werden die Seelen einiger Freunde wieder frei gelassen.
Kaibas Seele wurde gefangen genommen, woraufhin der Pharao im Duell gegen Dartz auf sich allein gestellt ist.
Das Duell zwischen Kaiba, dem Pharao und Dartz geht in die entscheidende Phase.
Dartz verbannt die Seele von Yugi in einen Spiegelritter. So kämpfen Kaiba und der Pharao nicht gegen Dartz, sondern gegen eine gesteuerte Puppe.
Nach der Enthüllung der dunkelsten Geheimnisse von Dartz, erkennen Kaiba und der Pharao, wie viel wirklich auf dem Spiel steht.
Nachdem die Geheimbasis entdeckt wurde, machen sich Yugi und seine Freunde auf, Dartz endgültig das Handwerk zu legen.
Aus den Tiefen der Dunkelheit, ruft Rafael ein übermächtiges Monster hervor, welches niemals besiegt werden kann.
Obwohl Rafael kurz vor dem Verlust der Kontrolle im Duell gegen den Pharao steht, hat er noch einige Trümpfe im Deck.
Erneut treffen der Pharao und Rafael im Duell aufeinander. Doch in diesem Kampf, kann der Pharao nicht auf die Unterstützung von Yugi hoffen.
Noch völlig aufgelöst und erschöpft von dem Kampf gegen Valon, tritt Joey das Duell gegen die zum Sieg entschlossene Mai an.
Im Duell gegen Valon geht Joey als Sieger hervor. Daraufhin fordert er Mai zu einem Duell heraus. Joey strebt dabei ein Unentschieden an.
Rebecca, Tea, Tristan und Yami-Yugi finden Joey und unterstützen ihn gegen Valon. Bisher konnte Joey nicht die Oberhand zurückgewinnen.
Carly Carmine, who has been thrown off the Arcadia Movement building to her death as a result of her Duel with Sayer, has come back to life as a Dark Signer, seeking revenge. Meanwhile, Misty Tredwell, after sensing that Carly has fully become a Dark Signer, goes to the Arcadia Movement to Duel Akiza Izinski as she desires revenge of her own. With both Dark Signers ready to wreak both havoc and vengeance, the countdown to the extinction of the Psychic Duelists seems to have begun!
In fear of losing all connections with Jack, Carly continues her investigation into the Signers and Dark Signers. This leads her to the Arcadia Movement, unaware that she has a date with Destiny.