Eine Terrorbande mit zwei als Geiseln genommenen Präsidentenkinder im Gepäck okkupiert die Ruine von Tschernobyl. Als die Sicherheitskräfte von nur einem einzelnen technisch modifizierten Superkrieger im Alleinganz zurück geschlagen werden, beschließt die Regierung, ihren eigenen verbliebenen Superkrieger zu reaktivieren. Der ist zwar ein älteres Modell, vermag dafür aber besser zu improvisieren.
Die Crew kommt an einem Ort an, welcher zu schön ist, um wahr zu sein, und vielleicht ist er das auch.
Lieutenant Felix Strickland wird vor eine unmögliche Wahl gestellt.
In wenigen Tagen will Chris seiner Freundin Mia das Jawort geben. Als er jedoch auf die junge Violet trifft, kann er sich ihrem Bann nicht entziehen und verliebt sich in das Mädchen. Was Chris nicht ahnt: Violet ist eine Außerirdische, halb Pflanze und halb Mensch und ihr einziges Ziel ist, den Erhalt ihrer Spezies zu sichern.
Arzt Alec und seine Frau Callie, eine Astrophysikerin, reisen mit zwei Kollegen an Bord des Raumschiffes Copernikus ins All. Sie geraten in ein Quantenloch und finden sich in einem unbekannten Universum wieder. Dort existiert offenbar eine rätselhafte Macht, die die Raumfahrer als Eindringlinge betrachtet und attackiert. Einzig Callie scheint es möglich, die fremde Energie zu kontrollieren.
Physikerin Anya folgt der Einladung ihres ehemaligen Liebhabers David. Der will ihr in einer Forschungsanlage etwas ganz Besonderes zeigen. Verblüfft stellt Anya fest, dass dort eine Mutation erforscht wird, die nach dem Super-GAU in Tschernobyl entstanden ist. Die Forscher, die an dem Projekt beteiligt sind, sind sich sicher, dass es sich dabei nur um eine harmlose Masse aus Protoplasma handelt. Aber Anya vermutet mehr dahinter.
Gauner Andy erwirbt von einem sonderbaren Händler einen Geldbeutel, der eine ganz besondere Fähigkeit haben soll: Berührt jemand dieses Portemonnaie, füllt es sich mit dem Geld, das diese Person besitzt. Tatsächlich scheint das geheimnisvolle Portemonnaie bestens zu funktionieren. Bald zeigt sich aber, dass Andy für den schnellen Reichtum selbst einen hohen Preis zahlen muss.
Scorpius verhindert Crichtons Flucht von der Basis Katratzi. Erst danach erfährt Crichton, dass Scorpius kein scarranischer Spion ist, sondern sein Interesse der Vernichtung der Scarraner gilt. Aus diesem Grund sucht er nach einer bestimmten Pflanze, die für die Scarraner lebenswichtig ist und nur auf Katratzi wächst. Crichton will ihm trotzdem nicht helfen, sondern lieber mit Hilfe der Peacekeeper Katratzi verlassen.
Scorpius befindet sich auf der Basis Katratzi in der Gewalt der Scarraner. Um ihn dazu zu bringen, sein Wissen über Wurmlöcher preiszugeben, wird er grausamen Folterungen unterzogen. Crichton und die Moya-Crew können keinesfalls zulassen, dass Scorpius sein Wissen preisgibt. Mit einem waghalsigen Plan wollen sie ihn befreien.
Die Moya-Crew macht Aeryn an einer scarranischen Grenzstation ausfindig. Doch der Frachter, auf dem sie gefangen gehalten wird, soll soeben zur scarranischen Basis aufbrechen. Um zu verhindern, dass das Schiff die Station verlässt, infiziert Noranti Rygel mit einer ansteckenden Krankheit. Prompt wird eine Quarantäne verhängt. Nun hat die Crew genügend Zeit, einen Rettungsplan auszutüfteln.
Aeryn befindet sich noch immer in der Gewalt der Scarraner. Crichton sieht keinen anderen Ausweg und bittet seinen Erzfeind Scorpius um Hilfe. Im Gegenzug verspricht er Scorpius, ihm sein Wissen über die Wurmlochtheorie zu offenbaren. Unterdessen erfahren die Scarraner, dass Aeryn ein Kind von Crichton erwartet. Sie hoffen, durch dessen DNA ebenfalls hinter die Geheimnisse der Wurmlochtheorie zu kommen.
Aeryn wird an einem Ort namens Katratzi gefangen gehalten. Sikozu, die herausgefunden hat, dass dies eine geheime Basis der Scarraner sein soll, kann nirgends einen Hinweise auf deren Existenz finden. Während die Moya-Crew weitere Nachforschungen anstellt, sieht sich Crichton einen TV-Bericht über ihre Landung auf der Erde an. Dadurch kehren einige seiner Erinnerungen zurück: Er glaubt, den Namen Katratzi schon einmal gehört zu haben.
Aeryn entdeckt, dass die Peacekeeperin Grayza sich heimlich mit der scarranischen Kriegsministerin Ahkna trifft. Die beiden scheinen einen Handel abzuschließen, der verheerende Auswirkungen auf den Rest der Galaxie haben könnte. Um das zu verhindern, plant Aeryn, Grayza aus dem Weg zu räumen.
Bray, Lex, Dal und Jack machen sich auf die Suche nach einem Bauernhof, um Batterien gegen frische Nahrungsmittel einzutauschen. Sie geraten an die wuchtige Alice und ihre Freundinnen. Nach anfänglichen Schwierigkeiten können sie dann doch eine Menge eintauschen. Inzwischen funkt es zwischen Sasha und Amber immer heftiger. Aber Amber will sich ihre Gefühle nicht eingestehen, und Sasha packt seine Sachen.
Es soll keine richtige Vorfreude auf Zandras und Lex' Hochzeit aufkommen. Wieder werden Lebensmittel geklaut. Auch Lex tritt ins im Fettnäpfchen, als er Zandra erzählt, dass er von ihr Gehorsam in der Ehe verlange. Sashas Versuche, die Stimmung durch kleine Geschichten aufzuhellen, missglücken, als er bei einer Vorstellung das wenige Frischgemüse zermanscht.
Ein gefährlicher Mörder befindet sich auf freiem Fuß. Die Mistress (Robyn Malcolm) wählt unterdessen einen ungewöhnlichen Weg, um den Sieg zu erlangen. Naya (Medalion Rahimi) tritt ihrem alten Meister gegenüber, während Zed und Talon (Jessica Green) eine Macht entfesseln, der Talon misstraut. Garret (Jake Stormoen) verfolgt derweil ein neues Ziel.
Milus verlässt tief enttäuscht den Outpost. Während der Outpost belagert wird, plant ein notorischster Häftling seine Flucht. Talon (Jessica Green) und Zed stoßen unterdessen auf einen Feind aus Talons Kindheit.
Durch eine technische Fehlfunktion bleiben Captain Garnet und Ian alleine auf der leeren "Ark One" zurück – mit der Aussicht, dort den Rest ihres Lebens festzusitzen.
Ein Schiff der Eastern Federation, eines langjährigen Feindes der Global Space Administration, bedroht die "Ark One". Captain Garnet setzt alles daran, die Konfrontation mit Diplomatie zu meistern.
Physikerin Anya folgt der Einladung ihres ehemaligen Liebhabers David. Der will ihr in einer Forschungsanlage etwas ganz Besonderes zeigen. Verblüfft stellt Anya fest, dass dort eine Mutation erforscht wird, die nach dem Super-GAU in Tschernobyl entstanden ist. Die Forscher, die an dem Projekt beteiligt sind, sind sich sicher, dass es sich dabei nur um eine harmlose Masse aus Protoplasma handelt. Aber Anya vermutet mehr dahinter.