Pendant que ses frères regardent un dessin animé débile sur une vieille cassette vidéo, Donatello se confie à Timothy, transformé en mutant et conservé dans un tube dans son labo.
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Le Roi des Rats a créé un sérum de croissance au mutagène qu'il a injecté à ses rats. Ceux-ci enlèvent des humains, destinés à devenir une armée d'hommes-rats. Casey et Irma, une amie d'April, sont kidnappés et enfermés dans des cages dans les égoûts
Donatello pense avoir réparé et amélioré Tête d'Acier, mais le robot continue d'avoir des bugs.
Les tortues ninja découvrent d'étranges champignons dans les égoûts de New York. Ce sont des champignons mutants, qui ont avalé du mutagène.
Après s'être disputé avec ses frères, Raphael va prendre l'air pour évacuer sa colère.
Pendant leur entraînement quotidien, les tortues et April se sentent observées. Elles poursuivent l'espion jusqu'à sa cachette, afin de le démasquer. Il s'agit d'un dénommé Kurtzman, journaliste de son métier, qui enquête sur la conspiration des Krangs.
Raphael s'agace. Il n'en peut plus d'avoir des frères qui passent leur temps à plaisanter et à jouer, ou à faire des gaffes. Cette fois, l'une des expériences de Donnie tourne mal, et Spike manque d'y laisser sa carapace...
Shredder a eu vent du comportement de Karaï durant son absence et lui ordonne de ne plus s'allier aux Krangs. Mais ces derniers ont fabriqué le successeur des Foot-bots, et Karaï veut absolument se le procurer afin d'éliminer April...
Un beau matin, Mikey se réveille avec des boutons sur tout le corps, ou presque. Pris de panique, il va voir ses frères qui tentent de le rassurer. En retour, il avoue avoir saupoudré un dérivé de mutagène sur sa peau pour devenir plus cool...
Pendant que ses frères regardent un dessin animé débile sur une vieille cassette vidéo, Donatello se confie à Timothy, transformé en mutant et conservé dans un tube dans son labo.
Tandis qu'elles parcourent la ville à la recherche de tubes de mutagène, les tortues tombent sur un sans-abri au comportement étrange. Il est aux prises avec un écureuil très agressif, qui finit par se faufiler dans son estomac...
Les tortues parcourent la ville à la recherche des tubes de mutagène grâce au détecteur de fluides de Donnie. Karai repère leur manège et décide de leur tendre un piège...
C'est la fête chez les Tortues Ninja, mais malheureusement, ça ne va pas durer longtemps ! Les tortues ont répandu accidentellement une cargaison de tubes de mutagène au-dessus de la ville.
Leonardo a survécu à l'explosion du dernier étage du TCRI, mais n'a pu empêcher le passage du Technodrome par le portail. L'immense vaisseau en forme de sphère sème la terreur sur la ville, en tirant à vue et enlevant des humains...
Les Krangs s'apprêtent à lancer la phase finale de l'invasion de la Terre. Ils préparent l'arrivée du Technodrome depuis la dimension X, qui se fera par le portail.
April reçoit un message codé. Pendant que ses frères dorment, Donatello tente de le déchiffrer. C'est Kirby O'Neil, le père d'April, qui appelle à l'aide...
Les tortues sont obligées de défendre leur repaire dans les égoûts que Bradford veut détruire à l'aide d'un dangereux produit chimique.
April reçoit un message alarmant de la part de son père prisonnier. Les tortues et elles partent en mission pour le sauver et empêcher les Krangs de faire exploser une bombe de mutagène en pleine ville.
Léo pourrait regretter d'avoir fait preuve de clémence, quand Xever prend en otage le propriétaire d'un restaurant de nouilles chinoises.
En enquêtant sur la disparition d'un scientifique, Donatello et April croisent la route d'un singe au comportement bizarre et découvrent un complot.
Las d'utiliser son bô contre la technologie extraterrestre des Krangs, Donatello crée Tête d'Acier, un robot télécommandé, pour se battre à sa place.
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