Michelangelo devient ami avec un alligator mutant déséquilibré qui est en possession d'un étrange outil de technologie appartenant aux Krangs. Mais est-il digne de confiance ?
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Les Krangs testent une nouvelle machine pour envahir la Terre, qui consiste à permuter les cerveaux. Ils pourront ainsi manœuvrer les leaders terriens et parvenir à leurs fins.
Steranko, un obscur marchand d'armes borgne, est à la recherche d'un objet qui viendra compléter sa collection d'armures. Il s'agit du « Kuro Kabuto », le casque de Shredder.
Changement de propriétaire chez Antonio, le roi des pizzas. Le nouveau chef est un mutant, à tête de pizza. Tous les clients qui consomment ses créations sont changés en zombies, destinés à finir roulés en calzone dans l'estomac du mutant.
Shredder confie à Tiger Claw la mission de détruire les tortues. Karai doit leur tendre un piège. Elle réussit à convaincre April qu'elle est du côté des tortues.
Raph trouve que son partenaire Casey n'est pas à la hauteur. De mystérieux justiciers éliminent les Krangs : il s'agit de Slash, l'ex-tortue Spike de Raph et du Tritonateur.
Shredder met sa menace à exécution et fait exploser le collier de mutagène de Baxter Stockman, toujours incapable de lui fournir une armée de mutants digne de ce nom. Stockman mute en mouche et devient Stockman la mouche.
Les quatre frères se passionnent pour un jeu de rôles, et décident de se déguiser pour faire une partie « grandeur nature » dans les égoûts.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Le Roi des Rats a créé un sérum de croissance au mutagène qu'il a injecté à ses rats. Ceux-ci enlèvent des humains, destinés à devenir une armée d'hommes-rats. Casey et Irma, une amie d'April, sont kidnappés et enfermés dans des cages dans les égoûts
Donatello pense avoir réparé et amélioré Tête d'Acier, mais le robot continue d'avoir des bugs.
Les tortues ninja découvrent d'étranges champignons dans les égoûts de New York. Ce sont des champignons mutants, qui ont avalé du mutagène.
Après s'être disputé avec ses frères, Raphael va prendre l'air pour évacuer sa colère.
Pendant leur entraînement quotidien, les tortues et April se sentent observées. Elles poursuivent l'espion jusqu'à sa cachette, afin de le démasquer. Il s'agit d'un dénommé Kurtzman, journaliste de son métier, qui enquête sur la conspiration des Krangs.
Raphael s'agace. Il n'en peut plus d'avoir des frères qui passent leur temps à plaisanter et à jouer, ou à faire des gaffes. Cette fois, l'une des expériences de Donnie tourne mal, et Spike manque d'y laisser sa carapace...
Shredder a eu vent du comportement de Karaï durant son absence et lui ordonne de ne plus s'allier aux Krangs. Mais ces derniers ont fabriqué le successeur des Foot-bots, et Karaï veut absolument se le procurer afin d'éliminer April...
Alors qu'elles tentent de déjouer le plan d'invasion de la Terre par les Krangs, les tortues sont pourchassées par un cafard géant et indestructible.
En s'introduisant dans l'enceinte très surveillée du TCRI, les tortues découvrent les véritables intentions des Krangs.
Les tortues ont un problème avec le Pulvériseur, un adolescent qui se prend pour un héros et qui veut combattre le crime à leurs côtés.
Quand les devoirs d'école d'April attirent l'attention des Krangs, les tortues prennent le lycée d'assaut.
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