Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
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Les tortues n'ont toujours pas retrouvé Karaï. L'inquiétude atteint son paroxysme lorsque Splinter leur annonce que l'invasion des Krangs est imminente. Dans la ville, April et Irma sont poursuivies par des Footbots.
En voulant trouver une source d'énergie pour sa Tortue Mécha, Donnie ouvre un portail vers la dimension X. Il capte alors un message de Leatherhead, qui est prisonnier des Krangs. Celui-ci l'informe que les Krangs ont perfectionné le mutagène.
Pendant qu'ils cherchent Karaï, les tortues croisent les Dragons Pourpres qui paraissent beaucoup plus forts qu'à l'accoutumée. En effet, un mystérieux esprit sorti d'une dague les a dotés de pouvoirs. L'un maîtrise la foudre l'autre, le tonnerre.
Karai est enfermée dans les prisons de Shredder. Les tortues la font évader et la ramènent au repaire. Splinter lui explique l'histoire de la guerre entre le Clan des Foot et la famille Hamato.
Les Krangs testent une nouvelle machine pour envahir la Terre, qui consiste à permuter les cerveaux. Ils pourront ainsi manœuvrer les leaders terriens et parvenir à leurs fins.
Steranko, un obscur marchand d'armes borgne, est à la recherche d'un objet qui viendra compléter sa collection d'armures. Il s'agit du « Kuro Kabuto », le casque de Shredder.
Changement de propriétaire chez Antonio, le roi des pizzas. Le nouveau chef est un mutant, à tête de pizza. Tous les clients qui consomment ses créations sont changés en zombies, destinés à finir roulés en calzone dans l'estomac du mutant.
Shredder confie à Tiger Claw la mission de détruire les tortues. Karai doit leur tendre un piège. Elle réussit à convaincre April qu'elle est du côté des tortues.
Raph trouve que son partenaire Casey n'est pas à la hauteur. De mystérieux justiciers éliminent les Krangs : il s'agit de Slash, l'ex-tortue Spike de Raph et du Tritonateur.
Shredder met sa menace à exécution et fait exploser le collier de mutagène de Baxter Stockman, toujours incapable de lui fournir une armée de mutants digne de ce nom. Stockman mute en mouche et devient Stockman la mouche.
Les quatre frères se passionnent pour un jeu de rôles, et décident de se déguiser pour faire une partie « grandeur nature » dans les égoûts.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Tandis que les tortues combattent Karaï et les Foot, Leonardo tente de révéler à Karaï la vraie identité de son père, mais en vain. La terre tremble, et elle en profite pour s'éclipser.
Le Roi des Rats a créé un sérum de croissance au mutagène qu'il a injecté à ses rats. Ceux-ci enlèvent des humains, destinés à devenir une armée d'hommes-rats. Casey et Irma, une amie d'April, sont kidnappés et enfermés dans des cages dans les égoûts
Donatello pense avoir réparé et amélioré Tête d'Acier, mais le robot continue d'avoir des bugs.
Les tortues ninja découvrent d'étranges champignons dans les égoûts de New York. Ce sont des champignons mutants, qui ont avalé du mutagène.
Quand Shredder projette de créer une armée de mutants, les tortues demandent l'aide de leur plus grand fan.
Le clan des Foot tente de capturer April, qui doit combattre Karaï si elle veut leur échapper.
Après avoir vu les Krangs à l'œuvre, Karai propose une alliance aux tortues. Mais est-elle digne de confiance ?
Fatigué d'être humilié par Fishface et Dogpound, et de perdre face aux tortues, Baxter Stockman prépare sa vengeance.
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