Shredder confie à Tiger Claw la mission de détruire les tortues. Karai doit leur tendre un piège. Elle réussit à convaincre April qu'elle est du côté des tortues.
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Alors que les tortues s'apprêtent à partir chercher le dernier morceau du générateur de trou noir, elles sont happées dans un univers parallèle, celui des tortues ninja du dessin animé de 1987.
Les tortues partent à la recherche du deuxième fragment que les Outromes ont confié aux Dagones Celles-ci vivent dans un royaume sous-marin, dans l'océan cosmique de Varuna.
Sal et Mona tentent de s'allier avec Krang Second pour combattre les Tricératons. Krang Second les jette en prison. Les tortues sont à la recherche des autres fragments du générateur de trou noir.
Les tortues arrivent à s'introduire dans le vaisseau amiral des Tricératons. Mais elles sont faites prisonnières et deviennent des gladiateurs dans l'arène Tricératon.
Le fugitoïde rencontre un informateur nommé Vrax Belebome qui détiendrait les plans du vaisseau amiral des Tricératons. Ce dernier prend l'argent de fugitoïde, mais il refuse de donner les précieuses informations en échange.
Le fugitoïde stationne le vaisseau près d'une planète où les Tricératons pensent tenir le premier fragment du générateur de trou noir. Il a bien l'intention de les prendre de vitesse, mais tout ne se passe pas comme prévu...
Lord Dregg envoie Armaggon, un requin chasseur de primes, traquer les tortues. Celles-ci se réfugient dans une station spatiale abandonnée, dirigée par Omni-Intel, un ordinateur de bord qui entend se débarrasser de tous les êtres vivants.
En visitant la carcasse d'un vaisseau spatial, Casey découvre une boîte mystérieuse et la ramène à bord. Le fugitoïde explique qu'il s'agit d'un hypercube renfermant des créatures de la cinquième dimension.
Les tortues percutent le vaisseau des Salamandres et atterrissent en catastrophe sur une planète recouverte de glace de méthane. Elles doivent de toute urgence récupérer de l'irrilium pour réparer leur vaisseau.
Les tortues ont embarqué pour un voyage sidéral sur le vaisseau du Fugitoïde. Elles partent à la recherche du vaisseau amiral des Tricératons après un bond Tachyonique qui leur a permis de changer d'époque.
Les tortues et tous leurs alliés (Slash et les mutanimaux, Mondo Gecko, Muckman) tentent d'empêcher les Tricératons d'activer le générateur de trou noir et d'aspirer la Terre. En vain. Le capitaine Mozar kidnappe Mikey et l'emmène dans l'espace.
Les tortues rencontrent le mystérieux Bishop, qui signe ses messages d'une pièce d'échecs (le fou, pour Bishop). Il leur apprend que la Terre est doublement menacée par les Krangs qui ont enfin réparé leur Technodrome.
La légende urbaine de l'homme-dinosaure, sur laquelle enquêtait Kurtzman, rattrape Doc Rockwell et Slash dans les égouts de New York. Ces derniers sont mis K.O. par une créature étrange, et Raphaël est appelé à la rescousse pour la neutraliser.
À l'aide des Mascottes de Baxter Stockman, Karaï parvient à attirer les tortues une à une. Elle veut ainsi pousser Splinter à l'affronter en duel. Mais son plan machiavélique ne s'arrête pas là...
Mikey fait l'idiot dans le labo de Donnie, qui travaille sur un nouveau sérum anti-parasite destiné à Karaï. À force de jouer, il fait tomber des flacons d'une étagère au contenu dangereux et renverse le sérum sur Donnie, mais pas seulement.
Donatello teste un nouvel appareil sur April, censé mesurer ses pouvoirs psychiques. Mais par un phénomène étrange, elle se met à voir à travers les yeux d'un volatile mutant géant, mélange de lombric, d'oiseau, et de poisson.
Casey et Donnie croisent un dangereux chauffard sur la route. Ils apprennent aux informations qu'il est activement recherché et décident de le prendre en chasse.
En revenant de l'épicerie locale, Casey et April trouvent les tortues faisant la sieste. Casey s'indigne tandis qu'April s'inquiète car elle n'arrive pas à les réveiller.
Mikey a encore tout saccagé dans le salon en rejouant une scène de Crognard le Barbare. Ses frères lui passent un savon et le forcent à nettoyer, ce qui le pousse à s'enfuir dans la forêt.
Lors d'un grand nettoyage dans la maison de campagne, April et les tortues découvrent un vaisseau Krang caché dans la cave. La mère d'April y était conservée en hibernation.
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