이설시티를 향해 여행을 계속하고 있는 지우와 침구들은 삼평과 개굴닌자를 다시 만났다.삼평은 닌자마을에서 열리는 축제에 초대한다고 했다. 처음으로 방문하는 닌자마을에서 삼평의 형인 일평과 이평, 그리고 닌자마을 사람들을 만난 지우 일행. 그런데 갑자기, 의문의 닌자군단이 닌자마을을 습격하여 닌자마을의 두령이 납치 당하는데…
플라타느박사가 주최하는 ‘포켓몬 서머캠프'에 참가하게 된 지우와 친구들. 이 캠프에서는 팀 대항전으로 주어진 프로그램을 서로 겨뤄서 가장 포인트가 높은 팀이 전당 등록 트레이너로 인정받는다. 거기서 지우와 친구들은 이상해씨 꼬부기 파이리를 파트너로 데리고 있는 사나 티에르노 트로바 3총사를 만난다. 시합도 있고! 웃음도 있고! 눈물도 있는! 서머캠프의 막이 지금 열린다!!
코르니와의 체육관 시합을 앞두고 시트론을 상대로 더블배틀에 도전하는 개구마르와 루차불. 하지만 둘은 호흡이 전혀 맞지 않고 시합 도중에 싸움까지 하고 만다. 지켜보던 지우는 둘의 유대관계를 높이기 위하여 ‘슈퍼플라잉풀베기'라는 합체 기술의 특별 훈련을 제안한다. 당연히 순조롭게 진행될 리가 없었지만 지우는 둘을 격려하면서 특별훈련에 열을 쏟는다. 그 때 무언가가 갑자기 지우를 숲 속으로 끌고 가 버리는데! 개구마르와 루차불은 힘을 모아 지우를 구해낼 수 있을까!?
여행 도중 ‘비춤의 동굴'에 들른 지우와 친구들은 거울처럼 자신들의 모습을 비추는 이 동굴에서 기묘한 사건에 휘말린다. 바로 거울에 비친 또 한 명의 지우가 피카츄를 빼앗아 가 버린 것! 지우는 피카츄를 되찾기 위해 무심코 거울 벽으로 뛰어 들어가고 설마 했던 다른 차원의 세계로 가게 되는데!? 그 곳에는 지기 싫어하는 성격의 세레나 발이 빠른 시트론 조신한 성격의 유리카 등 평소와는 전혀 다른 모습의 동료들이 있었다. 과연 지우는 피카츄를 되찾을 수 있을까? 그리고 원래 세계로 되돌아올 수 있을까!?
여행을 하던 도중 칼로스캐니언을 방문한 지우와 친구들. 그 곳에서 지우는 하늘을 날며 포켓몬 시합을 하는 ‘스카이배틀'을 펼치는 스카이 트레이너 나미와 파이어로를 만나게 되고 루차불과 함께 스카이배틀에 도전하게 된다. 나미는 루차불이 파이어로를 이긴다면 화살꼬빈도 파이어로에게 스카이배틀 도전을 할 수 있다고 말한다. 과연 스카이배틀의 승부는 어떻게 될까!?
여행을 하던 도중 다른 포켓몬들을 괴롭히고 있는 링곰을 저지하려 했던 지우와 친구들. 그 때 그곳에 “레슬링포켓몬” 루차불이 나타났다. 멋지게 기술을 쓰는 것이 ‘싸움의 미학'인 루차불의 모습에 지우는 감동을 받는다. 루차불의 트레이드 마크 ‘플라잉프레스'를 함께 완성 시키기 위해 지우와 루차불은 특별 훈련을 실시하지만 그곳에 흉악포켓몬들이 슬그머니 다가오는데•••!
익스플로러즈에 끌려간 나오하를 되찾기 위해 프리드를 비롯한 라이징 볼트태클즈가 리코를 도우며 거리를 배회하던 중 익스플로러즈의 멤버인 코니아를 발견하고 쫓아간다. 리코와 프리드는 그곳에 기다리고 있던 아메시오를 마주하게 되는데…
비행선을 수리하기 위해 도착한 작은 섬에서 갑자기 사라져 버린 뜨아거. 뜨아거를 찾기 위해 섬으로 향한 리코와 나오하는 화가 난 포켓몬들에게 쫓기게 된다. 한편 섬에 살던 소년 로드는 관동지방에서 볼 수 없던 뜨아거를 마주하게 되는데…
로드는 뜨아거를 다시 만나고 싶다는 마음으로 비행선에 몰래 올라타지만 좀처럼 만나지 못한다. 그러던 중 로드는 비행선 수리에 고민하는 프리드를 할아버지에게 데려가게 되고 그때 익스플로러즈의 잠수함이 브레이브 담청호에 다가오는데…
제르네아스, 이벨타르 그리고 지가르데… 칼로스지방 전설의 포켓몬. 이번에는 칼로스 신화로 전해지는 시대, 전설의 포켓몬의 수수께끼에 다가가는 특별편. 플라타느와 팬지는 칼로스지방에서 최근에 발견된 유적을 방문한다. 유적에서 발견된 석상은 전설의 포켓몬과 얽힌 신화의 수수께끼를 풀 열쇠가 될지도 모른다고 하는데…
드디어 찾아온 작별의 날, 지우와 친구들은 공항에서 언젠가 반드시 재회할 것을 맹세한다. 그러던중 비행기 탑승시간이 다가오고, 데덴네가 도망치고 만다. 아직 어린 데덴네는 모두와 헤어지는 것이 싫은 듯한데… 그런 데덴네에게 유리카가 해준 말은?
미끄래곤과 헤어지기 위해 습지대로 향하는 지우와 친구들. 습지대에서 돌아오는 길, 플레어단 사건으로 맹위를 떨친 폭주하는 덩굴과 만난다. 놀란 지우는 지우개굴닌자의 도움으로 그들을 물리치지만 난데없이 그곳에 크세로시키가 나타난다! 그리고 허를 찔린 시트론이 마인드컨트롤을 당하는데…!?
어느 마을에 다다른 지우와 친구들은 갑자기 여경에게 연행되어 버린다. 여경에 따르면 지우 세레나 유리카의 이름을 도용하는 3인조가 피카츄 데덴네를 데리고 무전취식을 하는 사건이 여러 번 발생하고 있다는데. 그에 관해 전혀 몰랐던 지우와 친구들은 범인을 찾아보기로 한다. 과연 가짜 지우 일행을 잡아낼 수 있을까!?
어느 도시를 방문한 지우와 친구들은 이 도시에서 열리는 포켓몬 시합의 엑시비션 매치에 칼로스지방 최강의 포켓몬 트레이너인 챔피언 카르네가 등장한다는 사실을 알게 된다. 그런데 시합장에서 카르네에게 시합을 신청하려 하자 만날 수 없다는 소리를 듣는다. 그 때 우연히도 카르네에게 메가진화의 연구협력을 부탁하러 온 플라타느박사의 주선으로 카르네를 만나게 된 지우. 그리고 바라던 대로 지우 VS 카르네의 포켓몬 시합이 실현된다! 과연 승부의 결과는 어떻게 될까!? 그리고 카르네의 가디안은 메가진화 하는 걸까!?
여행을 하는 도중 세레나가 유리카의 머리에 예쁜 꽃 모양의 장식을 달아 주자 그 곳에 플라베베라는 포켓몬이 자신의 꽃이라고 착각해 매달려 왔다. 이 플라베베는 무언가 사정이 있어서 자신의 꽃을 잃어버린 듯 했다. 지우와 친구들은 이 플라베베가 가지고 있던 ‘요정의 꽃'을 찾아 보기로 했다. 하지만 꽃이 피는 계절은 점점 끝나가고 있었다. 과연 ‘요정의 꽃'을 무사히 찾을 수 있을까!?
여행 도중 세레나는 푸호꼬와 피카츄 들에게 손수 포켓몬용 과자 ‘포플레'를 대접했다. 그런데 갑자기 그 곳에 “휩포켓몬” 나루림과 나루림의 트레이너 밀피유가 나타나서는 처음 만나는 세레나에게 손수 만든 포플레를 두고 별로라며 얕보기 시작한다. 당연히 두 사람 사이에서는 뜨거운 불꽃이 튀게 되고 그 결판을 이 마을에서 열리는 ‘포플레콘테스트'에서 짓기로 하는데.
삼채시티에 도착하여 드디어 삼채체육관에서 자크로와의 체육관 시합에 도전하는 지우. 자크로의 롱스톤에 대항해 지우는 개구마르로 맞선다. 배틀샤토에서 본 롱스톤의 ‘암석봉인'에 맞서기 위한 대책을 마련하기 위해 힘을 쏟아온 지우와 개구마르. 과연 둘의 작전은 자크로에게 통할 것인가! 그리고 피카츄 대 티고라스의 승부! 지우는 체육관 배지를 얻을 수 있을까!?
검은 레쿠쟈의 단서를 찾기 위해 올리르바의 숲을 찾아갔지만 그 숲은 얼마 전에 일어난 산불로 인해 황폐해져 있었다. 리코 일행은 바싹 마른 우파를 만나 치료해 주려고 하지만 숲의 포켓몬들은 그것을 오해하고 공격해 오는데…
리코와 로드는 라이징 볼트태클즈의 도움을 받아 숲을 살리기 위해 노력한다. 그 모습을 보고 있던 올리르바는 어떤 이변을 일으키고 리코의 펜던트는 다시 빛나기 시작한다. 리코는 펜던트의 비밀을 알기 위해 할머니를 만나기로 결심하고 프리드 일행은 그에 동행하기로 하는데…
프리드가 아메시오의 시선을 끄는 동안 리코와 로드는 익스플로러즈로부터 도망치려 한다. 하지만 함베르가 이끌고 온 지원군과 맞닥뜨리게 되고, 위험천만한 상황에 빠지게 되는데…