어느 도시를 방문한 지우와 친구들은 이 도시에서 열리는 포켓몬 시합의 엑시비션 매치에 칼로스지방 최강의 포켓몬 트레이너인 챔피언 카르네가 등장한다는 사실을 알게 된다. 그런데 시합장에서 카르네에게 시합을 신청하려 하자 만날 수 없다는 소리를 듣는다. 그 때 우연히도 카르네에게 메가진화의 연구협력을 부탁하러 온 플라타느박사의 주선으로 카르네를 만나게 된 지우. 그리고 바라던 대로 지우 VS 카르네의 포켓몬 시합이 실현된다! 과연 승부의 결과는 어떻게 될까!? 그리고 카르네의 가디안은 메가진화 하는 걸까!?
여행을 하는 도중 세레나가 유리카의 머리에 예쁜 꽃 모양의 장식을 달아 주자 그 곳에 플라베베라는 포켓몬이 자신의 꽃이라고 착각해 매달려 왔다. 이 플라베베는 무언가 사정이 있어서 자신의 꽃을 잃어버린 듯 했다. 지우와 친구들은 이 플라베베가 가지고 있던 ‘요정의 꽃'을 찾아 보기로 했다. 하지만 꽃이 피는 계절은 점점 끝나가고 있었다. 과연 ‘요정의 꽃'을 무사히 찾을 수 있을까!?
검은 레쿠쟈에 대한 정보를 얻기 위해 예술가인 콜사를 찾아온 리코와 로드. 두 사람은 그곳에서 챔피언 랭크 트레이너 네모와 만나게 된다. 네모와 함께 콜사를 방문하지만 콜사는 슬럼프에 빠져 체육관도 폐쇄 중인 상태였는데…
검은 레쿠쟈의 단서를 찾기 위해 올리르바의 숲을 찾아갔지만 그 숲은 얼마 전에 일어난 산불로 인해 황폐해져 있었다. 리코 일행은 바싹 마른 우파를 만나 치료해 주려고 하지만 숲의 포켓몬들은 그것을 오해하고 공격해 오는데…
리코와 로드는 라이징 볼트태클즈의 도움을 받아 숲을 살리기 위해 노력한다. 그 모습을 보고 있던 올리르바는 어떤 이변을 일으키고 리코의 펜던트는 다시 빛나기 시작한다. 리코는 펜던트의 비밀을 알기 위해 할머니를 만나기로 결심하고 프리드 일행은 그에 동행하기로 하는데…
프리드가 아메시오의 시선을 끄는 동안 리코와 로드는 익스플로러즈로부터 도망치려 한다. 하지만 함베르가 이끌고 온 지원군과 맞닥뜨리게 되고, 위험천만한 상황에 빠지게 되는데…
가라르광산으로 검은 레쿠쟈를 찾으러 가던 리코 일행은 갑자기 내리는 비를 피하려 오두막으로 들어간다. 그곳에서 기운이 없는 몸지브림을 발견하게 되고, 리코는 치료를 위해 비행선으로 데리고 돌아가게 되는데…
검은 레쿠쟈에 대한 정보를 얻기 위해 엔진스타디움에 간 리코와 로드는 체육관 트레이너 연습생 연두의 안내로 관장인 순무를 만나게 된다. 순무는 대답 대신 레쿠쟈를 잡으려면 배틀 실력을 향상시켜야 한다며 트레이닝을 시키기 시작하는데…
리코와 로드, 머독은 엔진시티에서 도트가 부탁한 솜사탕을 구하기 위해 배틀카페에 들른다. 그곳에서 그들은 머독의 옛 파티시에 동료인 미첼을 만나게 되는데…
배틀 도중에 하늘을 나는 캡의 모습을 본 리코와 로드는 캡에 대해 궁금해하고 프리드에게 직접 물어보게 된다. 끈질긴 요구에 프리드는 캡과의 만남과 라이징 볼트태클즈를 결성하게 된 비화를 알려주는데…
티격태격하는 뜨아거와 찌리비 때문에 고민하던 로드는 배틀을 통해 둘의 사이를 개선하려고 한다. 그러던 와중, 난기류를 통해 찌리비의 새로운 기술에 대해 알게 되면서 찌리비, 뜨아거와 함께 캡에게 대항할 특훈을 시작하게 되는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
플레어단의 습격을 겨우 물리친 지우와 친구들. 유리카는 배틀 도중에 행방불명이 된 “아이”에 대한 걱정으로 안절부절인 듯한데… 다 함께 끝의 동굴 주변을 찾아보지만, 실수로 독개굴을 화나게 하여, 파르빗이 부상을 당했다! 게다가 파르빗의 부상을 자신의 잘못이라 생각한 유리카가 보여준 행동은!?
이설시티로 향하는 도중, 끝의 동굴에 들르게 된 지우와 친구들. 동굴로 들어가서보니 말랑이가 어디론가 사라져버렸다! 당황하여 말랑이를 찾는 지우와 친구들. 동굴 내부에서 말랑이를 찾아다녔지만, 말랑이를 아예 잃어버린 것 같다!! 그때 갑자기, 플레어단이 나타나 말랑이가 사라진 주변을 공격하기 시작하는데…
세레나가 또다시 트라이포카론에 도전한다! 이번 무대부터는 이브이도 참가하여, 연기실력도 늘었는데! 하지만 정작 주인공인 이브이는 첫 무대를 앞두고 조금은 긴장한 듯한 모습. 세레나는 테르나, 판짱과 함께 이브이를 격려해주어, 팀원들의 결속력은 한 층 더 단단해지는데... 그리고 무대에 오르는 날, 이브이는 과연 첫 무대에서 첫 승리를 할 수 있을까!?
납치된 두령을 구하기 위해 의문의 닌자군단을 쫓는 지우와 삼평 일행. 적의 보스인 영우는 삼평의 형인 일평과 일대일 승부를 하고자 지우 일행 앞에 자객을 보내온다. 치열한 배틀을 하던 중, 지우의 개굴반장에게 변화가… 그리고 지우의 몸에도 신기한 현상이…!!
이설시티를 향해 여행을 계속하고 있는 지우와 침구들은 삼평과 개굴닌자를 다시 만났다.삼평은 닌자마을에서 열리는 축제에 초대한다고 했다. 처음으로 방문하는 닌자마을에서 삼평의 형인 일평과 이평, 그리고 닌자마을 사람들을 만난 지우 일행. 그런데 갑자기, 의문의 닌자군단이 닌자마을을 습격하여 닌자마을의 두령이 납치 당하는데…
지우와 친구들은 포켓몬 시합의 사교장이기도 한 ‘배틀샤토'에서 백단체육관의 체육관 관장인 비올라를 다시 만난다. 그 곳에는 또 한 사람 지우의 다음 목적지 삼채체육관의 체육관 관장 자크로도 있었다. 배틀샤토에서 함께 승점을 쌓아 온 비올라와 자크로. 이 두 사람이 드디어 격돌한다! 체육관 관장 사이의 시합. 과연 승부의 결말은!?
피카츄 포획 작전을 짜던 로켓단 앞에 나타난 수수께끼의 인물 마담X와 칼라마네로. 갑자기 칼라마네로에게서 뿜어져 나온 빛 때문에 로사와 로이가 세뇌 당해 버린다. 간신히 도망친 나옹은 지우와 친구들에게 도움을 요청한다. 그러던 중 칼라마네로가 다시 나타나고 피카츄 마저 세뇌를 시켜 버린다. 계속해서 세뇌되어 가는 친구들. 과연 지우는 이 위기를 극복할 수 있을까!? 그리고 마담X와 칼라마네로의 목적은 과연 무엇일까!?
고목내마을에 들른 지우와 친구들은 코를 심하게 골며 자고 있는 잠만보를 발견한다. 이 잠만보를 깨울 방법은 단 한 가지 침울한 왕이 부는 '포켓몬피리'가 필요한 듯 하다. 하지만 그 피리는 파르팽 궁전의 제멋대로인 성격의 공주에게 빼앗겨 버렸다고 한다. 지우와 친구들은 그 피리를 되찾기 위해 파르팽 궁전의 공주가 있는 곳으로 향한다. 피리를 돌려 달라고 부탁하자 공주가 피리를 돌려주기 위해 제시한 놀라운 조건은 과연…?