포켓몬센터에서 휴식을 취하고 있었던 지우와 친구들. 마침 그 자리에 있던 여자아이와 유리카의 가방이 바뀌고 만다. 두 사람은 가방에 각각 유리카는 데덴네 여자아이는 피츄를 넣어 두었다. 지우와 친구들은 여자아이가 머리에 빨간색의 큰 리본을 달고 있었다는 정보만 가지고 데덴네와 피츄의 트레이너를 찾아 보기로 한다. 과연 유리카는 데덴네를 찾을 수 있을까!?
먹보인 도치마론은 세레나가 만든 마카롱을 전부 먹어 버린다. 그런 과식으로 인해 도치마론은 배가 퉁퉁해져 버린다. 지우와 친구들은 식후의 운동을 겸하여 포켓몬 시합을 하게 되는데. 배가 무거워진 도치마론은 움직임이 둔해져서 개구마르에게뿐만 아니라 데덴네에게까지도 지게 된다. 체육관 관장으로서 위기감을 느낀 시트론은 도치마론을 위해 엑서사이즈 기어를 발명하여 도치마론에게 운동을 시키려고 하는데 어느샌가 도치마론이 사라져 버린다. 도치마론은 도대체 어디로 가버린 걸까......?
여행을 하고 있는 지우와 친구들은 비를 피하려고 한 저택 안으로 들어가게 된다. 그 무렵에 로켓단도 비를 피하려고 같은 저택 안으로 들어가게 된다. 그 저택은 인기척은 없지만 갑자기 불이 켜지거나 문이 저절로 닫혀버리는 이상한 현상이 일어나는 곳이었다. 이 기이한 현상에 무서워하면서도 각각 그 저택 안으로 들어가보는 지우와 친구들 그리고 로켓단. 그런데 거기에는 이상한 그림자가 나타나는데......
지우는 여행을 하는 도중에 포켓몬 트레이너인 프르미에와 포켓몬 시합을 하게 된다. 프르미에는 님피아로 지우는 개구마르로 승부를 걸게 되는데. 프르미에는 “내가 이기면 사귀는 거다”라며 의미심장한 발언을 하고 결과적으로 개구마르는 님피아의 헤롱헤롱 공격에 지게 된다. 지우는 약속대로 프르미에와 사귀기로 하고 프르미에를 따라가게 되는데 그곳은 프르미에가 일하는 유치원이었다. 프르미에는 다양한 포켓몬을 유치원에 데리고 와서 유치원 아이들에게 포켓몬과 만남의 기회를 마련하고자 하는 것이었다. 피카츄와 포켓몬들을 만난 유치원 아이들은 크게 기뻐했다. 하지만 그중에 포켓몬에게 가까이 가려고 하지 않는 한 아이가 있는데 그 아이의 이름은 랜디. 랜디가 포켓몬을 무서워하는 이유는......?
리코 일행은 시비꼬의 안내로 무사히 다이애나가 있는 고성에 도착하고, 그동안의 사건들에 관해 이야기를 나누고 있다. 그러던 와중, 신비한 포켓몬 "테라파고스"를 빼앗으려 익스플로러즈가 고성에 침입하는데…
가라르 파이어의 압도적인 힘 앞에 패배한 리코 일행. 배틀에서 이기는 것만이 다가 아니라는 순무의 조언을 떠올린 리코는 가라르 파이어의 마음을 이해하기 위한 방법을 찾으려 한다.
가라르광산에서 검은 레쿠쟈의 흔적을 쫓던 리코와 로드, 프리드는 익스플로러즈와 마주하게 되고, 설상가상으로 가라르 파이어에게도 공격을 받게 되는데…
가라르광산으로 검은 레쿠쟈를 찾으러 가던 리코 일행은 갑자기 내리는 비를 피하려 오두막으로 들어간다. 그곳에서 기운이 없는 몸지브림을 발견하게 되고, 리코는 치료를 위해 비행선으로 데리고 돌아가게 되는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
미끄래곤과 헤어지기 위해 습지대로 향하는 지우와 친구들. 습지대에서 돌아오는 길, 플레어단 사건으로 맹위를 떨친 폭주하는 덩굴과 만난다. 놀란 지우는 지우개굴닌자의 도움으로 그들을 물리치지만 난데없이 그곳에 크세로시키가 나타난다! 그리고 허를 찔린 시트론이 마인드컨트롤을 당하는데…!?
차근차근 복구가 진행되는 미르시티. 세레나는 플레어단 사건으로 지친 사람들의 마음을 달래주기 위해 트라이포카론의 스페셜 이벤트를 계획한다. 앞으로의 여행에 대해 고민하고 있던 세레나는 자신의 퍼포먼스를 보고 웃음짓는 사람들을 보고, 지우와 포켓몬 배틀을 하게 되면서 결단을 내리게 되는데…
플레어단 사건도 일단락되고, 조금씩 복구되기 시작한 칼로스지방. 시트론도 체육관의 복구와 시트로이드의 수리에 매우 바쁘다. 드디어 미르체육관이 다시 문을 열기 하루 전날, 한 소년이 체육관으로 찾아온다. 그는 이전에 시트로이드와의 배틀에 도전했지만 패하고, 재도전을 위해 찾아 온 것. 그의 도전을 받아들일지 망설이는 시트론인데…
또치를 구하기 위해, 이 세계를 구하기 위해, 지우와 친구들은 압도적인 힘을 자랑하는 거석에 도전한다. 지우의 친구들이 길을 열어주고 지우와 알랭은 거석으로 침입, 또치를 구출한다. 남은 것은 거석을 멈추는 것! 하지만 멈출 기세가 보이지않고... 이 상태로는 칼로스, 이 세계가 위험하다!! 절체절명의 위기에 전설의 포켓몬이 움직인다!
시트론과 유리카의 활약으로 인해서, 폭주를 멈춘 지가르데. 그리고 지우는 드디어 플라드리를 격파한다. 이것으로 사건해결...이라고 생각한 직후, 플라드리 래버러토리에 있던 거석에 이변이! 거석이 변형하여 움직이기 시작한 것이다. 과연 거석이 향하는 곳은? 대위기이던 피카츄들 앞에 나타난 인물은!?
일정 기간 승선하는 조건으로 비행선에 탔던 도트. 그런 도트를 데려가기 위해 도트의 엄마 블랑카가 나타난다. 리코와 로드는 아쉬운 마음에 도트를 찾아가는데…
플레어단의 계획을 막기 위해, 시트론들은 개별행동으로 나선다. 한편, 50%폼이 되어 폭주하는 Z2와 대치중인 말랑이를 쫓는 유리카. 하지만, 그곳에도 플레어단의 마수가! Z2에 이어서 말랑이도 플레어단에 의해서 조종되려 하고 있었다. 또한, 플라드리는 지우와 개굴닌자에게 관심을 보이고...?
갑자기 나타난 거대한 식물의 습격으로 인하여, 미르시티는 괴멸상태로 되어버린다. 지우와 친구들은 사건의 진상을 알기 위해 프리즘타워로 향하지만, 플레어단의 기습으로 인해, 지우가 잡혀간다! 그리고, 플라드리는 전세계를 향해 자신의 야망을 선언한다!
격투가 계속되는 지우와 알랭의 칼로스리그 결승전!! 일진일퇴의 배틀은 경기장 전체를 뜨겁게 하고 있다. 그리고, 드디어 결착의 순간, 과연 칼로스리그 우승이라는 영광을 손에 넣는 것은 지우인가? 알랭인가? 한편, 결승전의 뒷편에서는 플레어단이..?
드디어 맞이한 칼로스리그 결승전. 지우의 상대는 지금까지 한번도 이길 수 없었던 알랭. 더구나, 알랭은 리자몽과 메타그로스만으로 결승전까지 진출했다! 전력으로 승부하는 지우와 알랭. 일진일퇴의 공방이 계속되는 가운데, 알랭이 꺼낸 3번째 포켓몬이란!?
라이징 볼트태클즈 멤버들은 유적 발굴 현장에서 바위를 치워 달라는 의뢰를 받고 사막으로 향한다. 그런데 악비아르 무리가 나타나 훼방을 놔 프리드와 리코, 로드는 조사를 위해 유적 안으로 들어가게 된다.