여행 도중 특훈을 하고 있었던 지우와 개구마르는 그 곳에서 닌자 트레이너 삼평과 개구마르의 진화형인 포켓몬 개굴반장을 만나게 된다. 지우는 삼평과 포켓몬 시합을 하게 되지만 도리어 지고 만다. 하지만 이 시합에서 상대한 개굴반장의 '전광석화'를 개구마르에게 배우게 하고 싶다며 삼평에게 '기술의 비법'을 배우기로 한다. 이렇게 해서 지우와 개구마르는 삼평 개굴반장과 함께 혹독한 수행을 시작하게 된다. 개구마르는 '전광석화'를 배울 수 있을까!?
포켓몬센터에서 휴식을 취하고 있었던 지우와 친구들. 마침 그 자리에 있던 여자아이와 유리카의 가방이 바뀌고 만다. 두 사람은 가방에 각각 유리카는 데덴네 여자아이는 피츄를 넣어 두었다. 지우와 친구들은 여자아이가 머리에 빨간색의 큰 리본을 달고 있었다는 정보만 가지고 데덴네와 피츄의 트레이너를 찾아 보기로 한다. 과연 유리카는 데덴네를 찾을 수 있을까!?
먹보인 도치마론은 세레나가 만든 마카롱을 전부 먹어 버린다. 그런 과식으로 인해 도치마론은 배가 퉁퉁해져 버린다. 지우와 친구들은 식후의 운동을 겸하여 포켓몬 시합을 하게 되는데. 배가 무거워진 도치마론은 움직임이 둔해져서 개구마르에게뿐만 아니라 데덴네에게까지도 지게 된다. 체육관 관장으로서 위기감을 느낀 시트론은 도치마론을 위해 엑서사이즈 기어를 발명하여 도치마론에게 운동을 시키려고 하는데 어느샌가 도치마론이 사라져 버린다. 도치마론은 도대체 어디로 가버린 걸까......?
비행선에서 보라색 액체를 발견한 로드와 이상한 소리를 들은 리코. 둘은 무슨 일인지 알아보다 한밤중에 포트데스와 단단지가 배틀을 벌이고, 그 모습을 다른 포켓몬들이 즐겁게 지켜보는 모습을 보게 된다.
여행을 하고 있는 지우와 친구들은 여행도중 포켓몬 바이어인 데이즈가 여경으로부터 도망가는 장면을 목격하게 된다. 포켓몬 바이어인 데이즈는 주로 비비용을 팔아서 돈을 벌어들이는 악랄한 악당이다. 지우와 친구들은 데이즈를 쫓아가는 여경을 도우려고 그 뒤를 따라가게 되고 그 도중에 데이즈가 떨어트린 포켓몬 분이벌레를 발견하게 된다.
여행을 하고 있는 지우와 친구들이 점심식사를 하려고 하는 도중 그 모습을 보고 있던 두 마리의 판짱이라는 포켓몬이 나타나 지우와 친구들의 식사를 전부 먹어 치운다. 그러는 사이에 로켓단이 나타나 지우와 친구들의 포켓몬을 한꺼번에 잡아 도망가 버리게 된다. 이번이야말로 훌륭하게 작전에 성공한 로켓단이었지만 사소한 싸움을 하는 바람에 기구가 폭발하고 피카츄와 포켓몬들은 모두 뿔뿔이 흩어지게 된다. 어떻게든 피카츄와 포켓몬들은 한곳에 모이게 되지만 나옹은 기구에서 떨어지면서 부란다라는 포켓몬에게 충돌하여 부란다를 화나게 만드는데…
삼채시티로 향하던 지우와 친구들은 플라타느 연구소에 들르게 된다. 한편 플라타느박사와 메가진화에 관한 데이터를 노리고 있던 로켓단은 플라타느박사를 납치하고 플라타느박사를 구하려고 했던 유리카와 세레나도 함께 끌려가게 된다. 기지를 발휘한 세레나는 끌려가는 도중에 마카롱을 떨어뜨리고 그 마카롱을 발견한 먹보 도치마론과 지우와 친구들은 마카롱을 따라 로켓단이 있는 곳으로 가게 된다.
미르시티로 돌아온 지우와 친구들은 시트론과 유리카의 아버지인 리모네를 만나게 된다 그곳에서 지우는 시트론이 미르체육관의 체육관 관장이라는 사실을 알게 되고 동시에 시트론이 발명한 시트로이드에게 미르체육관을 빼앗겼다는 사실을 알게 된다. 지우와 친구들은 시트로이드로부터 체육관을 되찾기 위해 미르체육관에 잠입하여 시트로이드와의 포켓몬 시합에 도전한다.
어떤 마을을 지나가던 지우와 친구들은 세레나의 가이드북에서근처에 카리스마 트리머가 있다는 사실을 알게 된다. 세레나가 카리스마 트리머를 꼭 만나보겠다며 기대에 부풀어 있을 때 우연히 카리스마 트리머의 제자인 제시카와 만나게 되고 제시카의 트리미앙이 제시카를 인정해주지 않아 트리밍을 받아주지 않는다는 고민을 듣게 된다. 그러는 가운데 그곳에 또 한 사람 카리스마 트리머라는 로사리가 나타나 푸호꼬에게 트리밍을 해주겠다고 하고 세레나는 푸호꼬를 맡기게 되지만 로사리 일당의 진짜 정체는......!?
리코는 수상한 사람으로 인해 기억을 잃어버리고, 누룩스시티를 헤매게 된다. 리코가 돌아오지 않자 라이징 볼트태클즈는 리코를 찾아 나서고, 도트는 인기 스트리머인 모야모와의 인터넷 방송을 통해 리코의 행방을 쫓게 되는데…
로드는 날지 못하는 찌리비를 만나게 되고 날 수 있는 방법을 연구하게 된다. 한편, 리코는 머독을 위해 소스를 사러 간 마을에서 길을 헤매는데…
비행선의 문제로 가라르지방으로 출발하려던 일정을 미룬 라이징 볼트태클즈는 피크닉을 가게 된다. 도트가 참여하지 못한 걸 아쉬워하던 리코는 비행선 안에 샌드위치 재료를 준비해 두는데...
리코는 소극적이고 내성적인 소녀. 하지만 한발 내딛기 위해 부모님이 다녔던 관동지방의 석영학교에 입학한다. 그곳에서 첫 번째 포켓몬인 나오하를 만나지만 나오하는 좀처럼 리코를 따르지 않는데…
리코는 프리드와 함께 브레이브 담청호에 도착해서 라이징 볼트태클즈의 멤버들을 만난다. 포켓몬들이 그들과 친밀하게 지내는 모습을 보고 나쁜 사람들 같지 않다고 안심한 것도 잠시 리코의 펜던트를 노린 익스플로러즈가 쫓아오는데…
익스플로러즈에 끌려간 나오하를 되찾기 위해 프리드를 비롯한 라이징 볼트태클즈가 리코를 도우며 거리를 배회하던 중 익스플로러즈의 멤버인 코니아를 발견하고 쫓아간다. 리코와 프리드는 그곳에 기다리고 있던 아메시오를 마주하게 되는데…
비행선을 수리하기 위해 도착한 작은 섬에서 갑자기 사라져 버린 뜨아거. 뜨아거를 찾기 위해 섬으로 향한 리코와 나오하는 화가 난 포켓몬들에게 쫓기게 된다. 한편 섬에 살던 소년 로드는 관동지방에서 볼 수 없던 뜨아거를 마주하게 되는데…
로드는 뜨아거를 다시 만나고 싶다는 마음으로 비행선에 몰래 올라타지만 좀처럼 만나지 못한다. 그러던 중 로드는 비행선 수리에 고민하는 프리드를 할아버지에게 데려가게 되고 그때 익스플로러즈의 잠수함이 브레이브 담청호에 다가오는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
지우와 친구는 여행도중에, 기계장치 페스티벌에 들르기로 한다. 그 곳은 칼로스지방의 기계장치명인들이 제작한 기계장치를 체험할 수 있는 이벤트라 한다. 안으로 들어가자마자 바로 작동하는 기계장치, 그러나 지우일행과 피카츄들은 떨어지고 말았다! 과연 지우들은 무사히 피카츄하고 합류할 수 있을 것인가!?
드디어 팔데아지방에 도착한 라이징 볼트태클즈. 리코는 프리드 로드와 함께 집으로 가지만 아버지 알렉스는 계속 집에 있었으면 좋겠다는 속마음을 내비친다. 이제 막 시작한 리코의 모험은 여기서 끝나게 되는 것일까?!