지우와 친구들은 포켓몬 시합의 사교장이기도 한 ‘배틀샤토'에서 백단체육관의 체육관 관장인 비올라를 다시 만난다. 그 곳에는 또 한 사람 지우의 다음 목적지 삼채체육관의 체육관 관장 자크로도 있었다. 배틀샤토에서 함께 승점을 쌓아 온 비올라와 자크로. 이 두 사람이 드디어 격돌한다! 체육관 관장 사이의 시합. 과연 승부의 결말은!?
피카츄 포획 작전을 짜던 로켓단 앞에 나타난 수수께끼의 인물 마담X와 칼라마네로. 갑자기 칼라마네로에게서 뿜어져 나온 빛 때문에 로사와 로이가 세뇌 당해 버린다. 간신히 도망친 나옹은 지우와 친구들에게 도움을 요청한다. 그러던 중 칼라마네로가 다시 나타나고 피카츄 마저 세뇌를 시켜 버린다. 계속해서 세뇌되어 가는 친구들. 과연 지우는 이 위기를 극복할 수 있을까!? 그리고 마담X와 칼라마네로의 목적은 과연 무엇일까!?
고목내마을에 들른 지우와 친구들은 코를 심하게 골며 자고 있는 잠만보를 발견한다. 이 잠만보를 깨울 방법은 단 한 가지 침울한 왕이 부는 '포켓몬피리'가 필요한 듯 하다. 하지만 그 피리는 파르팽 궁전의 제멋대로인 성격의 공주에게 빼앗겨 버렸다고 한다. 지우와 친구들은 그 피리를 되찾기 위해 파르팽 궁전의 공주가 있는 곳으로 향한다. 피리를 돌려 달라고 부탁하자 공주가 피리를 돌려주기 위해 제시한 놀라운 조건은 과연…?
여행 도중 특훈을 하고 있었던 지우와 개구마르는 그 곳에서 닌자 트레이너 삼평과 개구마르의 진화형인 포켓몬 개굴반장을 만나게 된다. 지우는 삼평과 포켓몬 시합을 하게 되지만 도리어 지고 만다. 하지만 이 시합에서 상대한 개굴반장의 '전광석화'를 개구마르에게 배우게 하고 싶다며 삼평에게 '기술의 비법'을 배우기로 한다. 이렇게 해서 지우와 개구마르는 삼평 개굴반장과 함께 혹독한 수행을 시작하게 된다. 개구마르는 '전광석화'를 배울 수 있을까!?
포켓몬센터에서 휴식을 취하고 있었던 지우와 친구들. 마침 그 자리에 있던 여자아이와 유리카의 가방이 바뀌고 만다. 두 사람은 가방에 각각 유리카는 데덴네 여자아이는 피츄를 넣어 두었다. 지우와 친구들은 여자아이가 머리에 빨간색의 큰 리본을 달고 있었다는 정보만 가지고 데덴네와 피츄의 트레이너를 찾아 보기로 한다. 과연 유리카는 데덴네를 찾을 수 있을까!?
리코의 잃어버린 펜던트를 되찾기 위해 항구를 수색하던 도트는 꾸왁스를 따라 화물선에 올라타고, 익스플로러즈의 멤버인 스피넬의 공격을 받는다. 리코와 로드, 그리고 도트는 힘을 합쳐 스피넬에게 맞서는데...
비행선을 수리하기 위해 도착한 작은 섬에서 갑자기 사라져 버린 뜨아거. 뜨아거를 찾기 위해 섬으로 향한 리코와 나오하는 화가 난 포켓몬들에게 쫓기게 된다. 한편 섬에 살던 소년 로드는 관동지방에서 볼 수 없던 뜨아거를 마주하게 되는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
미르시티에서 열린 낚시 대회에 참가한 시트론과 유리카는 그곳에서 포켓몬소믈리에 여행자 덴트와 만난다. 프리즘타워에 가고 싶어하는 덴트를 안내하게 된 시트론과 친구들은 덴트의 희망으로 지하철로 이동한다. 그런데 그곳에서 사건이 발생! 무인 시험차량이 유리카를 태운 채로 달려버린다! 시트론&덴트는 과연 어떻게 할지!?
제르네아스, 이벨타르 그리고 지가르데… 칼로스지방 전설의 포켓몬. 이번에는 칼로스 신화로 전해지는 시대, 전설의 포켓몬의 수수께끼에 다가가는 특별편. 플라타느와 팬지는 칼로스지방에서 최근에 발견된 유적을 방문한다. 유적에서 발견된 석상은 전설의 포켓몬과 얽힌 신화의 수수께끼를 풀 열쇠가 될지도 모른다고 하는데…
드디어 찾아온 작별의 날, 지우와 친구들은 공항에서 언젠가 반드시 재회할 것을 맹세한다. 그러던중 비행기 탑승시간이 다가오고, 데덴네가 도망치고 만다. 아직 어린 데덴네는 모두와 헤어지는 것이 싫은 듯한데… 그런 데덴네에게 유리카가 해준 말은?
미끄래곤과 헤어지기 위해 습지대로 향하는 지우와 친구들. 습지대에서 돌아오는 길, 플레어단 사건으로 맹위를 떨친 폭주하는 덩굴과 만난다. 놀란 지우는 지우개굴닌자의 도움으로 그들을 물리치지만 난데없이 그곳에 크세로시키가 나타난다! 그리고 허를 찔린 시트론이 마인드컨트롤을 당하는데…!?
삼채시티로 향하던 지우와 친구들은 플라타느 연구소에 들르게 된다. 한편 플라타느박사와 메가진화에 관한 데이터를 노리고 있던 로켓단은 플라타느박사를 납치하고 플라타느박사를 구하려고 했던 유리카와 세레나도 함께 끌려가게 된다. 기지를 발휘한 세레나는 끌려가는 도중에 마카롱을 떨어뜨리고 그 마카롱을 발견한 먹보 도치마론과 지우와 친구들은 마카롱을 따라 로켓단이 있는 곳으로 가게 된다.
미르시티로 돌아온 지우와 친구들은 시트론과 유리카의 아버지인 리모네를 만나게 된다 그곳에서 지우는 시트론이 미르체육관의 체육관 관장이라는 사실을 알게 되고 동시에 시트론이 발명한 시트로이드에게 미르체육관을 빼앗겼다는 사실을 알게 된다. 지우와 친구들은 시트로이드로부터 체육관을 되찾기 위해 미르체육관에 잠입하여 시트로이드와의 포켓몬 시합에 도전한다.
어떤 마을을 지나가던 지우와 친구들은 세레나의 가이드북에서근처에 카리스마 트리머가 있다는 사실을 알게 된다. 세레나가 카리스마 트리머를 꼭 만나보겠다며 기대에 부풀어 있을 때 우연히 카리스마 트리머의 제자인 제시카와 만나게 되고 제시카의 트리미앙이 제시카를 인정해주지 않아 트리밍을 받아주지 않는다는 고민을 듣게 된다. 그러는 가운데 그곳에 또 한 사람 카리스마 트리머라는 로사리가 나타나 푸호꼬에게 트리밍을 해주겠다고 하고 세레나는 푸호꼬를 맡기게 되지만 로사리 일당의 진짜 정체는......!?
칼로스지방의 친숙한 스포츠인 뿔카노레이스의 경기장이 있는 스미르마을에 도착한 지우와 친구들은 여경으로부터 뿔카노레이스에 참가할 수 있는 것을 전해 듣고 지우도 뿔카노레이스에 참가할 것을 결심하게 된다. 뿔카노레이서인 엄마에게 뿔카노레이스를 배운 세레나는 지우의 코치를 하게 된다. 뿔카노를 타는 방법을 터득한 지우는 드디어 뿔카노레이스에 도전하지만 도중에 로켓단이 설치한 함정 때문에 레이스가 엉망이 되어 버린다.
비올라와의 체육관 시합에서 패한 지우는 재도전을 위해 팬지의 도움을 받아 비올라와의 시합을 위해 특훈을 받게 되고 지우는 다시 체육관 시합에 도전하게 된다. 고전을 면치 못했던 비비용과의 시합에 다시 도전하는 지우와 피카츄의 전략은?
로드는 뜨아거를 다시 만나고 싶다는 마음으로 비행선에 몰래 올라타지만 좀처럼 만나지 못한다. 그러던 중 로드는 비행선 수리에 고민하는 프리드를 할아버지에게 데려가게 되고 그때 익스플로러즈의 잠수함이 브레이브 담청호에 다가오는데…
리코와 로드가 힘을 합쳐 아메시오의 습격을 막아내려 하지만 파라블레이즈에게 대항하기는 역부족이다. 위기의 찰나 리코의 펜던트가 다시 빛나고 로드가 가진 '고대의 몬스터볼'에도 이변이 일어나게 되는데…
리코와 로드는 강해지기로 결심하고 프리드에게 특훈을 해달라고 부탁한다. 그러자 캡이 직접 나오하와 뜨아거를 특훈 해주고 압도적인 실력 앞에 나오하와 뜨아거는 전혀 버티지 못한다. 그 과정에서 리코는 무언가를 깨닫게 되는데…