삼채시티로 향하던 지우와 친구들은 플라타느 연구소에 들르게 된다. 한편 플라타느박사와 메가진화에 관한 데이터를 노리고 있던 로켓단은 플라타느박사를 납치하고 플라타느박사를 구하려고 했던 유리카와 세레나도 함께 끌려가게 된다. 기지를 발휘한 세레나는 끌려가는 도중에 마카롱을 떨어뜨리고 그 마카롱을 발견한 먹보 도치마론과 지우와 친구들은 마카롱을 따라 로켓단이 있는 곳으로 가게 된다.
미르시티로 돌아온 지우와 친구들은 시트론과 유리카의 아버지인 리모네를 만나게 된다 그곳에서 지우는 시트론이 미르체육관의 체육관 관장이라는 사실을 알게 되고 동시에 시트론이 발명한 시트로이드에게 미르체육관을 빼앗겼다는 사실을 알게 된다. 지우와 친구들은 시트로이드로부터 체육관을 되찾기 위해 미르체육관에 잠입하여 시트로이드와의 포켓몬 시합에 도전한다.
리코는 프리드와 함께 브레이브 담청호에 도착해서 라이징 볼트태클즈의 멤버들을 만난다. 포켓몬들이 그들과 친밀하게 지내는 모습을 보고 나쁜 사람들 같지 않다고 안심한 것도 잠시 리코의 펜던트를 노린 익스플로러즈가 쫓아오는데…
익스플로러즈에 끌려간 나오하를 되찾기 위해 프리드를 비롯한 라이징 볼트태클즈가 리코를 도우며 거리를 배회하던 중 익스플로러즈의 멤버인 코니아를 발견하고 쫓아간다. 리코와 프리드는 그곳에 기다리고 있던 아메시오를 마주하게 되는데…
비행선을 수리하기 위해 도착한 작은 섬에서 갑자기 사라져 버린 뜨아거. 뜨아거를 찾기 위해 섬으로 향한 리코와 나오하는 화가 난 포켓몬들에게 쫓기게 된다. 한편 섬에 살던 소년 로드는 관동지방에서 볼 수 없던 뜨아거를 마주하게 되는데…
로드는 뜨아거를 다시 만나고 싶다는 마음으로 비행선에 몰래 올라타지만 좀처럼 만나지 못한다. 그러던 중 로드는 비행선 수리에 고민하는 프리드를 할아버지에게 데려가게 되고 그때 익스플로러즈의 잠수함이 브레이브 담청호에 다가오는데…
리코와 로드가 힘을 합쳐 아메시오의 습격을 막아내려 하지만 파라블레이즈에게 대항하기는 역부족이다. 위기의 찰나 리코의 펜던트가 다시 빛나고 로드가 가진 '고대의 몬스터볼'에도 이변이 일어나게 되는데…
리코와 로드는 강해지기로 결심하고 프리드에게 특훈을 해달라고 부탁한다. 그러자 캡이 직접 나오하와 뜨아거를 특훈 해주고 압도적인 실력 앞에 나오하와 뜨아거는 전혀 버티지 못한다. 그 과정에서 리코는 무언가를 깨닫게 되는데…
라이징 볼트태클즈는 식재료 구매를 위해 어느 섬에 도착하게 된다. 동료들이 장을 보러 간 사이 비행선에 남은 리코는 도트에게 도시락을 주러 갔다가 타르링 방송의 배경 음악을 듣고 타르링을 좋아한다는 공통점을 발견하게 되는데..
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
지우와 친구는 여행도중에, 기계장치 페스티벌에 들르기로 한다. 그 곳은 칼로스지방의 기계장치명인들이 제작한 기계장치를 체험할 수 있는 이벤트라 한다. 안으로 들어가자마자 바로 작동하는 기계장치, 그러나 지우일행과 피카츄들은 떨어지고 말았다! 과연 지우들은 무사히 피카츄하고 합류할 수 있을 것인가!?
미르시티로 향하는 도중, 미끄래곤이 사는 습지대에 들르게 된 지우와 친구들. 재회에 기뻐하는 지우와 친구들.., 하지만 그 곳에 갑작스런 사건이! 한마리의 멜리시가 습지대에서 날뛰고 있었던 것이다! 바로 지우와 친구들은 미끄래곤과 습지대의 포켓몬들하고 같이 멜리시를 말리려고 하지만, 그곳에 로켓단이 나타나고...
검은 레쿠쟈의 단서를 찾기 위해 올리르바의 숲을 찾아갔지만 그 숲은 얼마 전에 일어난 산불로 인해 황폐해져 있었다. 리코 일행은 바싹 마른 우파를 만나 치료해 주려고 하지만 숲의 포켓몬들은 그것을 오해하고 공격해 오는데…
리코와 로드는 라이징 볼트태클즈의 도움을 받아 숲을 살리기 위해 노력한다. 그 모습을 보고 있던 올리르바는 어떤 이변을 일으키고 리코의 펜던트는 다시 빛나기 시작한다. 리코는 펜던트의 비밀을 알기 위해 할머니를 만나기로 결심하고 프리드 일행은 그에 동행하기로 하는데…
메타몽 프로젝트를 기념하여 공식 한국어 버전「메타몽 송」공개! 후렴구가 계속 귓가에 맴도는 메타몽 송, 다함께 불러볼까요?
마지막의 체육관배지를 얻기위해, 이설시티로 향하는 지우와 친구들은 포켓몬센터에서 승태하고 재회한다. 지우를 존경하는 승태는 지우를 쫓아가는 마음으로 노력하여, 이미 모든 배지를 모았다고 한다. 지우는 승태의 성장을 확인하기 위해, 3대3 포켓몬대결을 하게 되는데...
마지막 배지를 얻기위해, 이설시티로 향하는 지우와 친구들. 그런 지우와 친구들 앞에 나타난 한 대의 헬리콥터! 안에서 내린 것은 다름아닌 칼로스지방의 챔피언 카르네! 가까운미래 칼로스지방에 위기가 다가온다는 예언을 들은 카르네는 사건의 열쇠가 된다는 지우와 친구들을 만나러 왔다고 하는데...
하늘에서 포켓몬이 떨어졌다!? 지우와 친구들 앞에 하늘에서 하얀 나목령이 떨어진 것이다. 아무래도 이 나목령은 길을 잃은 것 같은데… 지우와 친구들은 이 나목령을 친구들이 있는 곳으로 데려다주기로 한다. 그런데 이 나목령은 사는 곳에서 밖으로 한 번도 나와 본 적이 없는 것 같았다. 보는 것, 만나는 포켓몬들 모두에 이상하게 크게 놀라는 것이었다. 무사히 친구들과 합류할 수 있을 거라고 생각했는데…?
지우와 개굴닌자에게 일어난 이상한 현상을 밝히기 위해 포켓몬센터에서 배틀을 하면서 시트론의 메카로 분석을 하기로 한다. 그런데 거기에 다시 알랭과 만나게 된다! 강적과의 재회에 두근거리는 지우는 그 자리에서 알랭에게 배틀을 제안한다. 개굴닌자와 리자몽의 작렬하는 배틀이 계속되는 가운데, 지우의 몸에 이상한 변화가 일어나는데!?
지우가 감기에 걸리고 말았다. 세레나가 간병을 하고 시트론과 유리카가 약을 사러 가기로 한다. 그런데 세레나 앞에 한 명의 트레이너가 나타난다. 이 트레이너는 피카츄를 아주 좋아하여 최강의 피카츄 트레이너를 목표로 여행을 하고 있다고 한다. 아픈 지우에게 부담을 주지 않기 위해서 세레나는 과연 어떤 행동을!?