미끄래곤의 고향인 습지대에 머무는 지우와 친구들. 지우와 친구들은 습지대에 사는 포켓몬 친구들 간의 싸움에 속상해하면서도, 인간이 포켓몬끼리의 관계에 끼어드는 것에 대해 고민한다. 그날 밤 갑자기 플라제스가 이끄는 군단이 피카츄와 포켓몬들을 납치해 간다! 구출에 나선 지우와 친구들. 혼란 속에 꿈틀거리는 수상한 그림자의 정체는…?
여행 도중 어느 습지대에 들른 지우와 친구들. 그런데 이 습지대는 미끄래곤의 고향이었다!! 미끄래곤은 고향 친구들과 다시 만나 기뻐하지만, 어딘가가 조금 이상한데... 그곳에 습지대의 지배자 플라제스가 이끄는 군단이 공격해온 것이다!? 친구들을 지키기 위해, 고향의 평화를 지키기 위해, 미끄래곤이 나선다!!
플라타느 연구소에 들른 지우와 친구들. 플라타느박사가 발견한 메가스톤이 한카리아스나이트로 밝혀져서 한껏 들떠있었는데... 그런데 갑자기 로켓단이 나타나 키스톤, 메가스톤, 그리고 한카리아스를 빼앗아 간다! 로켓단의 뒤를 쫓는 지우와 친구들. 그런데 로켓단은 한카리아스를 메가진화 시켜 공격하려고 하는데!?
드디어 맞이한 미르체육관 시합. 남자 대 남자의 약속을 지킬 때가 왔다! 지금까지 함께 여행을 계속해온 지우와 시트론. 파트너 포켓몬이나 잘 사용하는 기술 등 서로의 특징을 잘 알고 있는 두 사람은 역시 지금까지 본 적 없는 격렬한 시합을 펼친다. 전력을 다해 싸우는 시합 끝에, 마지막 열쇠를 쥐고 있는 포켓몬은?
미르시티에 돌아온 지우와 친구들은 약속했던 시트론과의 체육관 시합에 도전하려고 하고 있었다. 그런데 갑자기 여경님이 나타나 시트로이드를 체포해 가고 말았다. 아무래도 시트로이드와 똑같이 생긴 로보트가 미르시티에서 여러 가지 나쁜 짓을 하고 있는 것 같았다. 과연 지우와 친구들은 시트로이드의 무죄를 증명할 수 있을까?
검은 레쿠쟈의 단서를 찾기 위해 올리르바의 숲을 찾아갔지만 그 숲은 얼마 전에 일어난 산불로 인해 황폐해져 있었다. 리코 일행은 바싹 마른 우파를 만나 치료해 주려고 하지만 숲의 포켓몬들은 그것을 오해하고 공격해 오는데…
리코와 로드는 라이징 볼트태클즈의 도움을 받아 숲을 살리기 위해 노력한다. 그 모습을 보고 있던 올리르바는 어떤 이변을 일으키고 리코의 펜던트는 다시 빛나기 시작한다. 리코는 펜던트의 비밀을 알기 위해 할머니를 만나기로 결심하고 프리드 일행은 그에 동행하기로 하는데…
프리드가 아메시오의 시선을 끄는 동안 리코와 로드는 익스플로러즈로부터 도망치려 한다. 하지만 함베르가 이끌고 온 지원군과 맞닥뜨리게 되고, 위험천만한 상황에 빠지게 되는데…
리코 일행은 시비꼬의 안내로 무사히 다이애나가 있는 고성에 도착하고, 그동안의 사건들에 관해 이야기를 나누고 있다. 그러던 와중, 신비한 포켓몬 "테라파고스"를 빼앗으려 익스플로러즈가 고성에 침입하는데…
플레어단의 계획을 막기 위해, 시트론들은 개별행동으로 나선다. 한편, 50%폼이 되어 폭주하는 Z2와 대치중인 말랑이를 쫓는 유리카. 하지만, 그곳에도 플레어단의 마수가! Z2에 이어서 말랑이도 플레어단에 의해서 조종되려 하고 있었다. 또한, 플라드리는 지우와 개굴닌자에게 관심을 보이고...?
갑자기 나타난 거대한 식물의 습격으로 인하여, 미르시티는 괴멸상태로 되어버린다. 지우와 친구들은 사건의 진상을 알기 위해 프리즘타워로 향하지만, 플레어단의 기습으로 인해, 지우가 잡혀간다! 그리고, 플라드리는 전세계를 향해 자신의 야망을 선언한다!
격투가 계속되는 지우와 알랭의 칼로스리그 결승전!! 일진일퇴의 배틀은 경기장 전체를 뜨겁게 하고 있다. 그리고, 드디어 결착의 순간, 과연 칼로스리그 우승이라는 영광을 손에 넣는 것은 지우인가? 알랭인가? 한편, 결승전의 뒷편에서는 플레어단이..?
드디어 맞이한 칼로스리그 결승전. 지우의 상대는 지금까지 한번도 이길 수 없었던 알랭. 더구나, 알랭은 리자몽과 메타그로스만으로 결승전까지 진출했다! 전력으로 승부하는 지우와 알랭. 일진일퇴의 공방이 계속되는 가운데, 알랭이 꺼낸 3번째 포켓몬이란!?
칼로스리그로 인해 분위기가 뜨거워진 미르시티. 그러한 도중 사고가 발생! 시트론의 도치마론이 미아가 되어버렸다! 망연자실한 도치마론 앞에 나타난 것은...? 칼로스리그 결승이 시작되기 전 각각의 마음이 교착되어 새로운 만남이 다음의 이야기를 만들어낸다…
오늘은 드디어 세레나가 처음 트라이포카론에 도전하는 날. 세레나는 긴장한 기색이었지만, 사나와 합류해 결의를 새롭게 다지며 준비는 O.K.! 과연 세레나는 사나, 로사 등 라이벌들을 제치고 데뷔전을 승리로 장식할 수 있을까? 드디어 트라이포카론, 비익대회의 막이 열린다…!
오늘은 1년에 한 번 있는 비익시티의 축제날. 이 날 가장 큰 맹세의 나무 아래에서 포켓몬에게 선물을 주면 서로의 유대관계가 깊어진다고 들은 지우와 세레나는, 둘이서 포켓몬들에게 줄 선물을 사러 나간다. 처음으로 피카츄도, 다른 포켓몬도 없이 단 둘이 쇼핑을 하게 되는 지우와 세레나… 어? 이건 설마 데이트!?
드디어 맞이한 비익체육관 시합에서 지우는 비익시티의 체육관 관장이자 풀타입을 사용하는 후쿠지에게 도전한다. 다양한 기술로 지우를 압박하는 후쿠지에게, 지우는 굳이 상성이 나쁜 물타입의 개굴반장으로 맞선다. 과연 지우의 작전은 무엇일까? 그리고 무사히 체육관 배지를 손에 넣을 수 있을까!?
비익시티에 도착한 지우와 친구들. 비익시티의 포켓몬센터에서 혼자가 되어 헤매고 있던 바닐프티를 보호하고 있다는 이야기를 듣고, 서둘러 바닐프티를 만나러 가기로 한다. 하지만 바닐프티는 로켓단에게 유괴되어 버린다. 그렇게 바닐프티의 뒤를 쫓고 있었더니 갑자기 큰 눈이 내리기 시작하는데!?
여행 도중 연못을 발견한 지우와 친구들은 포켓몬들에게 물놀이를 시키기로 한다. 하지만 그 연못은 로켓단이 만든 함정이었다. 뿔뿔이 흩어져 버린 지우와 친구들, 어떻게든 한 데 모이지만 미끄메라가 사라져 버린다. 데덴네가 미끄메라를 뒤쫓아가 찾아내지만, 미끄메라는 그만 로켓단에게 붙잡혀 버렸다!
리코와 로드, 머독은 엔진시티에서 도트가 부탁한 솜사탕을 구하기 위해 배틀카페에 들른다. 그곳에서 그들은 머독의 옛 파티시에 동료인 미첼을 만나게 되는데…