용의자가 늘어나자 경찰은 세 사람의 알리바이를 조사하지만 세 사람 다 확실한 알리바이가 없었는데...다음 날 목격 증언을 들은 경찰이 그를 체포하려던 그때 그와 얼굴이 똑같이 생긴 쌍둥이 형제 두 사람이 별장에 나타난다.그런데 그날 밤 코난 일행은 아야코의 약혼자가 그의 친아버지를 살해하는 장면을 목격한다.소노코네 별장에 놀러 간 코난과 란은 소노코의 언니 아야코의 약혼자를 만난다.
결국 그는 사망했는데, 경찰의 조사 결과 그가 마신 음료에 독이 들어 있었다고 한다.하지만 뚜껑을 딴 음료를 피해자에게 먹일 방법을 찾지 못해 난관에 부딪히는데...코고로는 불특정 상대를 노린 무차별 살인이라 생각하지만 코난은 피해자에게 스토킹을 당했던 여성을 의심한다.코고로 일행은 등산을 가다가 음료를 먹고 쓰러진 사람을 발견한다.
코난과 란은 그가 코고로를 찾자 협박문을 조사해 달라고 의뢰한 극장으로 안내한다.경찰의 조사 결과 사망 원인은 청산가리였다.그런데 극장에서 한창 연습이 진행되던 도중 갑자기 주연 배우가 사망한다.그 이후 범인을 밝혀내기 위해 용의자를 조사하던 코고로는 떨어지는 무대막을 피하다가 다쳐서 병원에 실려 가는데...코고로의 스승이자 전설의 명탐정이라 불리는 헤이하치로가 탐정 사무소에 찾아온다.
그리고 목격자의 집을 방문했다가 결정적인 증거를 발견하는데...새로 단장한 스포츠 클럽에 다녀온 코고로 일행은 집에 돌아온 뒤 메구레 경부에게 급한 연락을 받는다.그곳의 다이빙 선수가 수영장에서 사망한 채 발견됐다는 것이다.경찰과 코고로는 연습 중 사고로 사망했다고 봤지만 살인 사건이라 확신한 코난은 현장 주변을 더 조사하기로 한다.
장의 CCTV를 확인한 결과, 집에 드나든 사람은 증권 회사 직원 이즈미 피해자의 딸 치히로, 최초 발견자 요시오카까지 세 사람이었다.이즈미는 알리바이가 확실했기 때문에 경찰은 나머지 두 사람 중 한 명이 범인이라고 의심한다.그런데 그때 코난은 시신에서 이상한 점을 발견하는데...가운 차림에 얼굴에 팩을 붙인 여성이 자택에서 살해된 채 발견된다.
그런데 그날 저녁 홋타 회장의 방에서 큰 폭발음이 들리고 홋타 회장이 사망한 채 발견된다.차가 고장 나 난처해하는 홋타 회장을 발견한 코고로 일행은 그를 별장으로 데려다줬다가 생일 파티에 초대받는다.사람들은 폭발이 발생한 이후에 자취를 감춘 둘째 아들을 의심하지만 코난은 뭔가 마음에 걸리는데...
코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.
얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...
한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
수상한 태도가 마음에 걸렸던 코난은 그녀의 집에 찾아가 이야기를 나눠 보지만, 별다른 수확은 얻지 못한다.노리코를 뒤쫓아가던 코난은 그녀의 지인을 만나 자세한 사정을 듣게 되는데...그런데 일주일 뒤 우연히 상복을 입고 어딘가로 가는 노리코를 발견한다.탐정 사무소에 노리코라는 여성이 찾아와 어떤 남자를 찾아 달라고 의뢰한다.
하지만 수상한 낌새를 느낀 코난은 범행 현장 주변을 조사하는데...경찰은 최초 발견자였던 요코를 의심하는데 사망 추정 시각에 그녀와 같이 있었다는 아유미의 증언 덕분에 혐의를 벗는다.사와키 치과의 의사 요코는 예약이 다 차서 진료 시간 이후에 아유미의 젖니를 뽑아 주기로 한다.그런데 그날 요코와 같은 아파트 주민이 살해된 채 발견된다.
그 이후 수많은 난관을 헤치고 드디어 마지막 장소에 다다른 어린이 탐정단은 마지막 암호에서 벽에 부딪히는데...그러다 숲에서 삽을 들고 있는 수상한 자들과 마주쳤는데 어째서인지 그들도 비슷하게 생긴 지도를 가지고 있었다.아가사 박사에게 낡은 지도를 받은 어린이 탐정단은 보물을 찾기 위해 길을 나선다.
신이치와 데이트를 한다며 외출하는 란을 수상하게 여긴 코난은 그녀를 따라 카페에 간다.그런데 그사이에 카페의 화장실에서 한 여성이 칼에 찔려 살해된 채 발견된다.경찰은 외부인의 범행이라 의심하지만, 코난은 살해 현장을 살펴보고 내부인의 범행이라 확신하는데...그러자 란은 코난을 돌려보내기 위해 케이크를 사러 잠시 자리를 비운다.
코난은 생방송을 진행하던 사회자를 의심하지만 그에게는 스튜디오에서 범행 현장까지 왕복할 시간이 없었다.코난은 미로 같은 방송국을 돌아다니며 범행이 가능한 경로를 조사하는데...코고로는 한 생방송에 출연하는데, 생방송이 진행되던 시각에 방송국에서 살인 사건이 발생한다.방송국의 프로듀서가 회의실에서 총을 맞아 사망한 채 발견된 것이다.
코고로는 5성 호텔에 사무실을 둔 유명 변호사 타츠미에게 아내의 불륜 조사 의뢰를 받고 그의 사무실을 방문한다.그 뒤 코고로 일행은 그 호텔에서 식사를 하고 귀가했는데 그 사이에 타츠미의 아내가 자택에서 누군가에게 살해된 채 발견된다.경찰은 불륜 상대를 의심하지만, 타츠미 변호사가 수상했던 코난은 그의 사무실이 있는 호텔을 조사하는데...
그런데 다음 날 메구레 경부에게 그가 심장 발작으로 죽었다는 연락을 받고 그의 집으로 향한다.어째서인지 그의 시신은 땀으로 젖어 있었다.이를 이상하게 여긴 코난은 증거를 찾고자 용의자의 집을 방문하는데...코난은 우연히 길에서 오오키다 사장의 심장약을 주워 주고 감사 인사를 받는다.오오키다 사장은 자동으로 쾌적한 온도를 유지하는 최첨단 집에 살고 있었는데
그들은 그곳에서 사망한 타케시를 발견하는데 함께 있었던 친구의 말을 따르면 사카구치 씨의 반려견 존이 갑자기 그를 공격했다고 한다.코난과 코고로는 사카구치가 전화로 존에게 공격 명령을 내렸을 거라고 의심하지만 증거를 찾지 못하는데...코난 일행은 사카구치 변호사의 집을 지나가다가 비명을 듣고 황급히 그쪽으로 달려간다.
나오코가 아직 살아 있다고 믿은 부친은 코고로에게 딸을 찾아 달라고 의뢰한다.한편 코난은 현장 근처를 조사하다가 수상한 보트를 발견하는데...란과 같은 반 친구 나오코가 누군가에게 납치된다.납치범은 몸값을 받기 위해 그녀를 거래 현장에 데리고 나왔다가 경찰의 존재를 눈치채고 차를 몰고 도주한다.납치범은 도주 중에 브레이크도 밟지 않은 채 강으로 돌진했는데 강에서 끌어올린 차에서는 범인과 나오코의 시신이 발견되지 않는다.
코난은 폭탄이 든 가방을 가지고 있는 사람을 찾기 위해 열차 안을 분주히 뛰어다니는데...하지만 다른 사람이라는 것을 확인한 그때,코난은 그들이 누군가에게 폭탄이 든 가방을 넘겼다는 사실을 알아낸다.그런데 코난은 그곳에서 우연히 검은 조직의 사내들을 발견하고 그들의 뒤를 쫓는다.코고로의 친구 결혼식에 가기 위해 기차를 탄 코난 일행.
그러던 그때 암호를 바라보던 코난이 무언가를 알아차린다.하지만 좀처럼 암호가 풀리지 않아 어려움을 겪는다.한편 수상한 남자들이 보물을 찾는 어린이 탐정단의 뒤를 은밀히 쫓는데...그 종이가 암호로 된 보물 지도라 믿은 아이들은 보물을 찾으러 나선다.미술관에 간 어린이 탐정단은 우연히 수상한 그림이 그려져 있는 종이를 줍는다.