그 뒤 코난이 함께 병실에 남은 날 또 같은 현상이 발생해 맞은편 병실로 가니 그곳에는 누군가에서 살해된 시신이 있었는데...그런데 어느 날 밤부터 그는 맞은편 병실에서 살인이 벌어지는 장면을 목격한다.하지만 그곳으로 가 보면 아무것도 없었기 때문에 의사와 주위 사람들은 그가 환각을 본다고 의심한다.범인을 체포하다가 다리를 다친 코고로는 한동안 병원에 입원하게 된다.
그리고 다음 날, 병원에 자취를 감췄던 남성이 누군가에게 살해된 채 발견되고.그 집에는 피해자와 똑같이 생긴 남성의 사진이 있었지만 부인은 남편이 1년 전에 눈사태에 휩쓸려 죽었다고 하는데..어린이 탐정단은 공터에서 놀다가 기억을 잃은 남성을 발견해 병원으로 데려간다.아이들은 사건의 진상을 알아내기 위해 남성이 그린 그림 속의 집을 찾아낸다.
출동한 경찰은 단순한 강도 사건이라 생각하지만, 코난은 뭔가 이상한 점을 발견하는데...강도가 방심한 틈을 타서 한 은행원이 강도의 뒤로 다가가 공격을 시도하지만 휴대폰이 울려 들키는 바람에 총에 맞고 만다.코난 일행이 잠깐 들른 은행에 총을 든 강도가 침입한다.그때 또 다른 은행원이 강도에게 달려들었는데 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사되어 강도가 사망한다.
경찰은 그를 범인으로 확신하고 수사를 마무리하려 했지만 코난과 핫토리는 유서에서 이상한 점을 눈치채고 저택을 조사한다.그 이후 두 사람은 범인과 사건의 진상은 알아내지만, 증거를 확보하지 못하는데...연못에서 나가토 회장의 아들 히데오미가 자살한 채 발견되는데 그의 주머니에서 자신이 저지른 죗값을 치르기 위해 죽음을 선택했다는 유서가 나온다.
코고로 일행은 나가토 그룹 회장의 의뢰로 저택을 방문했다가 그의 생일 파티에 참가한다.그 뒤 코고로 일행과 경찰이 저택을 샅샅이 뒤졌지만, 범인을 찾을 수 없었는데...코고로 일행은 급히 그가 있는 방으로 달려가지만, 이미 울타리 위로 떨어져 사망한 뒤였다.파티가 끝나 갈 즈음 잠시 자리를 비웠던 미츠아키에게 전화가 왔는데 그는 누군가가 자신을 칼로 공격했다고 소리쳤다.
그런데 한창 파티가 무르익었을 때 사람들이 달고 있던 진주가 폭발하여 혼란에 빠지는데..괴도 키드가 예고한 당일 소노코의 모친 토모코는 괴도 키드에게 맞서기 위해 선상 파티에 참석한 모든 손님에게 모조 진주를 달게 한다.
한편 예고장의 의미를 알아낸 코난은 늦은 밤 혼자 그 장소로 향한다.하지만 그는 괴도 1412호가 보낸 예고장의 의미를 알아내지 못하고 엉뚱한 해석만 내놓았다.예고한 장소에 나타난 괴도 키드는 일부러 경찰을 모두 불러 모은 뒤 퀸 세리자베스호에서 진짜 블랙 스타를 가져가겠다는 예고장을 남긴 채 사라지는데...코고로는 소노코의 부탁으로 스즈키 가문의 가보 블랙 스타를 괴도 1412호의 손에서 지키기 위해 박물관을 방문한다.
그날 밤 예고대로 사신 진나이가 나타나자 코고로 일행은 난죠의 사무소로 향하는 그자의 뒤를 쫓는다.한편 사건 현장을 살펴보던 코난은 뭔가 위화감을 느끼는데...코고로 일행은 우연히 ‘사신 진나이'란 영화의 주연 배우 난죠의 아내를 만났다가 사신 진나이가 난죠의 목숨을 가지러 가겠다는 예고장을 보냈다는 이야기를 듣는다.그런데 사무소에 가 보니 사신 진나이는 없고 총에 맞아 살해된 난죠만 남아 있었다.
하지만 그들은 그녀를 구하러 동굴에 들어갔다가 고무보트에 구멍이 나 그곳에 갇히고 마는데...거기엔 시노부라는 여성이 구조를 요청하는 내용이 적혀 있었다.바다에 놀러 간 어린이 탐정단은 모래사장에서 한 쪽지를 발견한다.아이들은 주변을 살펴보다가 만조 때 바닷속으로 사라진다는 동굴 안에 쓰러져 있는 그녀를 발견한다.
용의자가 늘어나자 경찰은 세 사람의 알리바이를 조사하지만 세 사람 다 확실한 알리바이가 없었는데...다음 날 목격 증언을 들은 경찰이 그를 체포하려던 그때 그와 얼굴이 똑같이 생긴 쌍둥이 형제 두 사람이 별장에 나타난다.그런데 그날 밤 코난 일행은 아야코의 약혼자가 그의 친아버지를 살해하는 장면을 목격한다.소노코네 별장에 놀러 간 코난과 란은 소노코의 언니 아야코의 약혼자를 만난다.
결국 그는 사망했는데, 경찰의 조사 결과 그가 마신 음료에 독이 들어 있었다고 한다.하지만 뚜껑을 딴 음료를 피해자에게 먹일 방법을 찾지 못해 난관에 부딪히는데...코고로는 불특정 상대를 노린 무차별 살인이라 생각하지만 코난은 피해자에게 스토킹을 당했던 여성을 의심한다.코고로 일행은 등산을 가다가 음료를 먹고 쓰러진 사람을 발견한다.
코난과 란은 그가 코고로를 찾자 협박문을 조사해 달라고 의뢰한 극장으로 안내한다.경찰의 조사 결과 사망 원인은 청산가리였다.그런데 극장에서 한창 연습이 진행되던 도중 갑자기 주연 배우가 사망한다.그 이후 범인을 밝혀내기 위해 용의자를 조사하던 코고로는 떨어지는 무대막을 피하다가 다쳐서 병원에 실려 가는데...코고로의 스승이자 전설의 명탐정이라 불리는 헤이하치로가 탐정 사무소에 찾아온다.
그리고 목격자의 집을 방문했다가 결정적인 증거를 발견하는데...새로 단장한 스포츠 클럽에 다녀온 코고로 일행은 집에 돌아온 뒤 메구레 경부에게 급한 연락을 받는다.그곳의 다이빙 선수가 수영장에서 사망한 채 발견됐다는 것이다.경찰과 코고로는 연습 중 사고로 사망했다고 봤지만 살인 사건이라 확신한 코난은 현장 주변을 더 조사하기로 한다.
장의 CCTV를 확인한 결과, 집에 드나든 사람은 증권 회사 직원 이즈미 피해자의 딸 치히로, 최초 발견자 요시오카까지 세 사람이었다.이즈미는 알리바이가 확실했기 때문에 경찰은 나머지 두 사람 중 한 명이 범인이라고 의심한다.그런데 그때 코난은 시신에서 이상한 점을 발견하는데...가운 차림에 얼굴에 팩을 붙인 여성이 자택에서 살해된 채 발견된다.
그런데 그날 저녁 홋타 회장의 방에서 큰 폭발음이 들리고 홋타 회장이 사망한 채 발견된다.차가 고장 나 난처해하는 홋타 회장을 발견한 코고로 일행은 그를 별장으로 데려다줬다가 생일 파티에 초대받는다.사람들은 폭발이 발생한 이후에 자취를 감춘 둘째 아들을 의심하지만 코난은 뭔가 마음에 걸리는데...
코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.
얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...
한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
수상한 태도가 마음에 걸렸던 코난은 그녀의 집에 찾아가 이야기를 나눠 보지만, 별다른 수확은 얻지 못한다.노리코를 뒤쫓아가던 코난은 그녀의 지인을 만나 자세한 사정을 듣게 되는데...그런데 일주일 뒤 우연히 상복을 입고 어딘가로 가는 노리코를 발견한다.탐정 사무소에 노리코라는 여성이 찾아와 어떤 남자를 찾아 달라고 의뢰한다.
하지만 수상한 낌새를 느낀 코난은 범행 현장 주변을 조사하는데...경찰은 최초 발견자였던 요코를 의심하는데 사망 추정 시각에 그녀와 같이 있었다는 아유미의 증언 덕분에 혐의를 벗는다.사와키 치과의 의사 요코는 예약이 다 차서 진료 시간 이후에 아유미의 젖니를 뽑아 주기로 한다.그런데 그날 요코와 같은 아파트 주민이 살해된 채 발견된다.