코고로는 부잣집 사모님에게 거액의 보수를 받기로 하고 의뢰를 받는다.하지만 손쉽게 해결할 거라고 생각한 사건은 어려움에 빠졌고,생각 없이 돈을 흥청망청 써 버려서 코고로는 큰 빚을 질 위기에 처하고 만다.키사키는 남편 대신 사건을 해결하기 위해 의뢰인의 집을 찾아가서 조사한다. 그러던 와중에 코난의 엄마인 유키코가 갑자기 그 집에 나타났는데...
불길을 헤치고 아사미를 구한 란은 정신을 잃고 병원에 실려 간다.그동안 코난은 화재 현장을 살펴보며 범인의 정체를 알아내려 하지만 모든 용의자의 알리바이가 완벽해서 어려움을 겪는다.한편 정신을 차린 란과 소노코가 잠깐 자리를 비운 사이에 잠들어 있었던 아사미가 자취를 감추고 마는데...
그날 밤 아사미가 일찍 잠드는 바람에 그녀의 대학 선배들과 란 일행만 노래방에 갔는데 몇 시간 뒤 아사미 혼자 남은 별장에서 불길이 피어오르는데...그러다 그녀의 생일 파티에 초대된 란 일행은 주말에 별장을 방문한다.신이치네 집에 청소를 하러 간 란과 소노코는 우연히 신이치의 첫사랑이라는 아사미 선배를 만나게 된다.
그는 오늘 친족 모임에서 자신의 딸들이 무슨 짓을 꾸미나 감시해 달라고 한다.그 뒤 코난은 우연히 이치카와의 장녀를 발견하고 뒤따라갔다가 그녀가 와인에 약물을 주입하는 모습을 목격한다.그런데 그 모습을 지켜보던 그때 누군가가 코난을 기절시키고 지하실에 가두는데...코고로 일행은 이치카와 회장의 의뢰를 받고 그의 집을 방문한다.
그런데 유언이 담긴 테이프를 들으려는 순간 어딘가에서 화살이 날아온다.다음 날 유언을 발표하기 위해 변호사가 찾아와서 모두가 한자리에 모인다.코난 덕분에 요시후사는 가까스로 화살을 피했지만 누군가가 그를 노리고 미리 석궁을 설치해 뒀다는 것이 밝혀진다.그때 코난은 소란 속에서 이상한 말을 한 사람을 의심하는데...
유키코는 코난을 데리고 어린 시절 소꿉친구인 히로미의 집을 방문한다.그런데 그날 밤 마당에 있던 우물에서 히로미의 새어머니가 누군가에게 살해된 채 발견되는데...그녀는 지난달에 돌아가신 아버지의 유언 발표를 들으러 브라질에서 온 작은아버지가 본인이 맞는지 조사해 달라고 부탁한다.
그런데 그의 다잉 메시지는 의미를 알 수 없는 숫자와 기호로 되어 있었는데...그러던 중 코난은 모토야스의 카드를 통해 그가 남겨 둔 다잉 메시지를 발견한다.지하실을 살펴보던 코고로는 역시 모토야스가 자살했다고 생각하지만 코난은 수상한 정황을 발견하고 제자 중 범인이 있으리라 추측한다.
세계적인 마술사인 남편 모토야스의 자살을 믿을 수 없었던 그의 부인이 코고로에게 찾아와 진상을 조사해 달라고 의뢰한다.한편 우연히 어릴 때 신이치와 찍었던 사진을 찾은 란은 코난의 정체를 의심하는데...코고로 일행은 그녀의 집에 방문해 모토야스의 세 제자를 만나고 그가 독을 먹고 사망한 채 발견된 지하실로 향한다.
코고로는 술을 마시고 집에 가던 길에 우연히 사치코를 만나 드라이브를 간다.그런데 그 뒤 그녀를 집까지 바래다주다가 칼에 찔린 채 죽은 그녀의 룸메이트를 발견한다.결국 코난은 코고로가 사치코와 만나기 전에 탄 열차를 타 보기로 하는데...경찰은 금품을 노린 강도의 범행으로 추정했지만, 코난은 어쩐지 무언가가 마음에 걸렸다.
그런데 사건을 조사하던 중 유력한 용의자가 사라지고 폭스의 표적인 우시오와 오두막 관리인마저 사라진다.황급히 그곳으로 달려간 그들은 누군가의 칼에 찔려 사망한 여자 등산객의 시신을 발견한다.코고로와 코난이 밖으로 뛰쳐나간 타카나시를 찾아 오두막으로 돌아가고 있을 때 란의 비명을 울려 퍼진다.코고로 일행이 서둘러 그들을 찾아 나선 그때 갑자기 산사태가 일어나는데...
그는 자신이 암에 걸린 줄 알고 그자에게 트래버스를 하는 중에 살해해 달라고 의뢰했다고 한다.그들은 오두막으로 가 경찰에 신고하려 하지만 전화선이 끊겨서 고립되고 마는데...평범한 등산객으로 위장한 코고로 일행은 폭스를 붙잡기 위해 산을 오른다.모리 탐정 사무소에 우시오라는 남자가 찾아와 킬러 폭스의 살인을 말아 달라고 의뢰한다.그런데 오두막을 향해 가던 중 대학생이 누군가에게 살해당한다.
한편 예고장의 의미를 알아낸 코난은 늦은 밤 혼자 그 장소로 향한다.하지만 그는 괴도 1412호가 보낸 예고장의 의미를 알아내지 못하고 엉뚱한 해석만 내놓았다.예고한 장소에 나타난 괴도 키드는 일부러 경찰을 모두 불러 모은 뒤 퀸 세리자베스호에서 진짜 블랙 스타를 가져가겠다는 예고장을 남긴 채 사라지는데...코고로는 소노코의 부탁으로 스즈키 가문의 가보 블랙 스타를 괴도 1412호의 손에서 지키기 위해 박물관을 방문한다.
그런데 사무소에 가 보니 사신 진나이는 없고 총에 맞아 살해된 난죠만 남아 있었다.코고로 일행은 우연히 ‘사신 진나이'란 영화의 주연 배우 난죠의 아내를 만났다가 사신 진나이가 난죠의 목숨을 가지러 가겠다는 예고장을 보냈다는 이야기를 듣는다.그날 밤 예고대로 사신 진나이가 나타나자 코고로 일행은 난죠의 사무소로 향하는 그자의 뒤를 쫓는다.한편 사건 현장을 살펴보던 코난은 뭔가 위화감을 느끼는데...
하지만 그들은 그녀를 구하러 동굴에 들어갔다가 고무보트에 구멍이 나 그곳에 갇히고 마는데...바다에 놀러 간 어린이 탐정단은 모래사장에서 한 쪽지를 발견한다.거기엔 시노부라는 여성이 구조를 요청하는 내용이 적혀 있었다.아이들은 주변을 살펴보다가 만조 때 바닷속으로 사라진다는 동굴 안에 쓰러져 있는 그녀를 발견한다.
그런데 그날 밤 코난 일행은 아야코의 약혼자가 그의 친아버지를 살해하는 장면을 목격한다.소노코네 별장에 놀러 간 코난과 란은 소노코의 언니 아야코의 약혼자를 만난다.용의자가 늘어나자 경찰은 세 사람의 알리바이를 조사하지만 세 사람 다 확실한 알리바이가 없었는데...다음 날 목격 증언을 들은 경찰이 그를 체포하려던 그때 그와 얼굴이 똑같이 생긴 쌍둥이 형제 두 사람이 별장에 나타난다.
코고로 일행은 등산을 가다가 음료를 먹고 쓰러진 사람을 발견한다.결국 그는 사망했는데, 경찰의 조사 결과 그가 마신 음료에 독이 들어 있었다고 한다.하지만 뚜껑을 딴 음료를 피해자에게 먹일 방법을 찾지 못해 난관에 부딪히는데...코고로는 불특정 상대를 노린 무차별 살인이라 생각하지만 코난은 피해자에게 스토킹을 당했던 여성을 의심한다.
경찰의 조사 결과 사망 원인은 청산가리였다.코난과 란은 그가 코고로를 찾자 협박문을 조사해 달라고 의뢰한 극장으로 안내한다.그 이후 범인을 밝혀내기 위해 용의자를 조사하던 코고로는 떨어지는 무대막을 피하다가 다쳐서 병원에 실려 가는데...그런데 극장에서 한창 연습이 진행되던 도중 갑자기 주연 배우가 사망한다.코고로의 스승이자 전설의 명탐정이라 불리는 헤이하치로가 탐정 사무소에 찾아온다.
우연히 길에서 친구를 만난 코고로는 밤마다 집에서 이상한 소리가 난다는 이야기를 듣고 원인을 조사하러 간다.경찰은 그와 함께 술을 마셨던 같은 대학의 친구들을 용의자로 의심한다.한편 코난은 살해 현장의 벽에서 수상한 혈흔을 발견하고 무언가를 눈치채는데...그런데 그날 밤 그가 사는 아파트 앞에서 한 남성이 누군가에게 살해된 채 발견된다.
코고로 일행은 게와 고래가 있는 곳을 찾아다니지만 아무리 찾아도 그런 곳은 보이지 않았는데...코난은 우연히 아이가 유괴되어 협박을 받는 듯한 한 남성을 발견한다.범인에게 의심받지 않도록 몰래 남성에게 접근한 코난는 일행은 그를 돕기로 한다.다음 날 남성은 아이와 잠깐 통화할 수 있었는데 그때 아이가 게가 잔뜩 있고 고래가 물을 내뿜는다는 말을 했다고 한다.
그런데 코난과 란이 도착했을 때 총소리가 울려 퍼지고 전화했던 자가 총에 맞아 사망한다.테라오카는 상대와 실랑이를 벌이다가 총이 잘못 발사됐다고 했지만 코난은 사고가 아니라고 생각하는데...코난 일행은 코고로의 지인 테라오카의 집을 방문하는데 한창 대화를 나누고 있을 때 한 조직폭력배가 테라오카에게 전화해 살인을 고백한다.테라오카와 모리가 그자를 만나러 떠난 뒤 두 사람이 걱정된 코난과 란도 그들을 뒤쫓아 간다.