코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...
그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.
한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
코난은 진상을 밝히기 위해 사장실이 있는 15층을 살펴보다가 수상한 흔적을 발견하는데...그런데 그 건물의 8층에서 연락이 되지 않던 아시야의 비서가 칼에 질려 살해된 채 발견된다.현장을 본 코난은 뭔가 위화감을 느끼지만, 코고로는 빌딩 털이범의 소행이라 생각한다.유명 디자이너 아시야 에이코에게 모델 제안을 받은 란은 그녀의 회사를 방문한다.
그들은 신부 대기실에서 비디오 촬영을 하며 사유리의 지인들을 함께 만난다.란 일행은 중학교 때 담임 선생님이었던 사유리의 결혼식에 참가한다.경찰의 조사 결과 누군가가 레몬티에 독을 탔다고 하는데...그런데 신부 대기실에서 따뜻한 레몬티를 마시던 사유리가 갑자기 피를 토하며 쓰러진다.
다시 돌아가서 사인을 찾긴 했지만, 보안 시스템이 작동하는 바람에 백화점에 갇히고 만다.문을 열어 달라고 하기 위해 경비실로 간 아이들은 그곳을 장악한 강도단을 목격한다.강도단의 눈을 피해 숨었던 아이들은 결국 그들에게 들키고 마는데...어린이 탐정단은 백화점에 갔다가 돌아가는 길에 야이바의 사인을 두고 왔다는 사실을 알아차린다.
거짓말쟁이로 몰린 어린이 탐정단은 진실을 밝히기 위해 다시 그 집을 찾아가는데...집을 나간 고양이를 찾아 달라는 의뢰를 받은 어린이 탐정단은 한 집에서 피투성이가 되어 나오는 고양이를 발견한다.바로 경찰에 신고해 그 집을 조사했는데, 욕실에 있었던 시체가 감쪽같이 사라져 버렸다.고양이가 나온 욕실을 들여다보니 그곳에는 한 남자가 피투성이가 된 채 쓰러져 있었다.
코난은 자신에게 남긴 메시지라 생각하고 암호를 해독하려 하지만 어려움을 겪는다.그들이 그곳으로 갔을 때는 이미 아무도 없었고 숫자가 적힌 계산기만 남아 있었다.그래도 고생 끝에 겨우 저격 장소로 추정되는 곳을 찾아 범인이 나타나기를 기다리는데...강에서 놀던 어린이 탐정단은 어떤 남자가 건너편 건물에서 억지로 라이플을 쏘는 모습을 목격한다.
우연히 경마장에서 그녀의 아버지를 찾아 의뢰가 잘 해결된 것처럼 보였는데 다음 날 그녀의 아버지가 목을 맨 채 발견된다.경찰은 그가 자살한 것이 아니라 거구의 남자에게 살해됐을 것이라고 한다.모리 탐정 사무소에 한 여고생이 찾아와 행방이 묘연한 아버지를 찾아 달라고 의뢰한다.한편 집에 돌아온 란은 사무소를 주시하는 수상한 남자를 발견하는데..
그런데 그 차의 트렁크에서 거금의 돈과 톱, 그리고 여자아이의 머리가 발견된다.아유미는 공원 앞에 있었던 차 트렁크에 숨었다가 잠들었다고 한다.어린이 탐정단은 여아 연쇄 유괴 살인범으로 추정되는 일당의 차에 탄 아유미를 구하러 가는데...탐정 놀이를 하던 어린이 탐정단은 아무리 찾아도 아유미가 보이지 않자 탐정 배지로 그녀에게 연락한다.
다음 날 경찰이 참고인을 조사하고 있을 때 또다시 월광이 울려 퍼지고 방송실에서 촌장이 살해된 채 발견된다.촌장이 죽은 자리에는 피로 쓴 악보가 있었는데, 코난은 범인이 남긴 암호라 생각하고 의미를 알아내려 애쓴다.한편 아소 케이지가 남긴 악보를 찾기 위해 창고에 간 코난 일행은 그곳에서 목을 매 자살한 시신을 발견하는데...
일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.
모리 탐정 사무소에 신이치의 여자 친구라 주장하는 여학생이 와서 신이치를 찾아 달라고 의뢰한다.무언가 심상치 않은 일이 생겼다는 것을 알아차린 코난은 음성 변조기를 이용해 신이치의 목소리로 그녀에게 전화한다.일단 란과 코난은 그녀의 집에 가 보았는데, 그곳에는 몇 가지 미심쩍은 점을 발견한다.그런데 그때 란이 신이치가 집 안에 있다는 사실을 눈치채는데...
그런데 그곳에서 작품을 관람하던 도중 지옥의 관에서 잔혹하게 살해된 미술관의 오너를 발견한다.CCTV를 확인해 보니 전시되어 있던 갑옷이 움직여 오너를 살해하는 장면과 오너가 죽기 전에 무언가를 종이에 적는 모습이 찍혔다.코난 일행은 밤에 갑옷이 혼자 움직인다는 소문이 도는 미술관을 방문한다.그 종이에는 미술관 직원의 이름이 적혀 있었는데...
오가와 의사는 매달 장난감과 돈을 보내는 사람의 정체를 밝혀 달라고 코고로에게 의뢰한다.한편 코난이 아이답지 않게 행동하는 모습을 본 란은 그가 신이치라고 의심하는데...코고로 일행은 자세한 상황을 파악하기 위해 그가 일하는 병원으로 가서 담당했던 환자의 진료 기록을 확인하기로 한다.
코난은 폭탄이 든 가방을 가지고 있는 사람을 찾기 위해 열차 안을 분주히 뛰어다니는데...하지만 다른 사람이라는 것을 확인한 그때,코난은 그들이 누군가에게 폭탄이 든 가방을 넘겼다는 사실을 알아낸다.코고로의 친구 결혼식에 가기 위해 기차를 탄 코난 일행.그런데 코난은 그곳에서 우연히 검은 조직의 사내들을 발견하고 그들의 뒤를 쫓는다.
한편 수상한 남자들이 보물을 찾는 어린이 탐정단의 뒤를 은밀히 쫓는데...그 종이가 암호로 된 보물 지도라 믿은 아이들은 보물을 찾으러 나선다.미술관에 간 어린이 탐정단은 우연히 수상한 그림이 그려져 있는 종이를 줍는다.하지만 좀처럼 암호가 풀리지 않아 어려움을 겪는다.그러던 그때 암호를 바라보던 코난이 무언가를 알아차린다.
그녀는 최근 누군가에게 감시당하고 있다며 그 일의 조사를 의뢰한다.경찰은 집주인인 요코와 며칠 전까지 여벌 열쇠를 가지고 있었던 매니저를 의심한다.그들은 요코의 집에서 칼에 찔려 죽은 남자의 시신을 발견한다.인기 최고의 아이돌 오키노 요코가 탐정 사무소에 방문한다.한편 코난은 현장에서 누군가의 귀걸이를 발견하는데...코고로 일행은 요코와 함께 그녀의 집으로 향하는데,
검은 옷을 입은 남자가 먹인 약 때문에 정신을 잃었다가 깨어난 신이치는 어째서인지 어린아이가 되어 있었다.신이치는 아가사 박사를 찾아가 자초지종을 설명하는데,그런데 범인을 목격한 집사의 증언이 어딘가 좀 수상한데...그때 갑작스럽게 란과 맞닥트리자 그는 자신을 에도가와 코난이라 소개한다.그 뒤 정보를 얻기 위해 모리 탐정 사무소에 간 코난은 코고로를 따라 딸이 유괴됐다는 집으로 간다.
코난과 란, 소노코가 신이치네 집을 청소하는데 젊은 여자가 쿠도 신이치를 찾는다. 여성의 정체는 바로 우에토 아야. 4년 전, 쿠도 유사쿠의 작품이 드라마로 만들어지면서 첫 주연을 맡아 신이치네 가족에게 인사하러 온 적이 있다고 한다. 아야는 자신과 친한 할머니를 찾으러 베이카가에 왔다가 신이치가 생각났고 그에게 할머니를 찾아 달라는 의뢰를 하러 왔다고 하는데.