코난과 어린이 탐정단은 유령으로 나타난 '오토자와 마미'에 대해 조사하다가 민박집의 주인장, 나가쿠라 이와오가 칼에 찔리는 모습을 목격한다. 나가쿠라를 해치려고 한 중요 참고인으로 품행이 불량한 카와지가 경찰에 연행된다. 한편, 진범이 따로 있다고 생각한 코난은 열흘 전에 나가쿠라의 집과 오토자와의 집을 통째로 바꿔 옮겼다는 얘기를 듣는다. 이에 코난은 현재는 폐가가 된 오토자와의 집으로 향하는데...
코난과 어린이 탐정단은 코고로와 란과 함께 어느 작은 마을에 관광하러 간다. 이 마을은 반년 전부터 어린아이의 유령이 나온다는 소문이 자자한 곳이었다. 코난 일행이 묵는 민박집의 주인 부부와 인사를 나누고 저녁 식사를 한다. 식사 후에 코난은 겐타, 미츠히코, 아유미와 함께 유령의 존재를 확인하기 위해 산책을 나서고, 아유미는 길을 걷다가 또래로 보이는 소녀가 우는 모습을 보고 쫓아가는데...
숫자 ‘5'와 비슷한 마크는 이내 자동차의 엠블럼이라는 것을 알게 된 어린이 탐정단과 사토, 타카기 형사.괴한이 떨어뜨린 소지품은 혈흔이 묻은 자동차 열쇠였다. 곧이어 경찰이 수배를 내려, 알리바이가 없고 자동차 열쇠를 잃어버린 세 명의 용의자가 베이카 경찰서 앞으로 모였다. 아유미는 진하게 선팅된 차 안에서 용의자를 가려 보려 하지만 마음처럼 잘 안 되는데...
비가 오는 하굣길. 아유미는 집에 가는 길에 우비를 모자를 눌러쓰고 우비를 입은 남자와 부딪친다. 그 남자는 아유미와 부딪쳤을 때 떨어뜨린 무언가를 황급히 집어 들고 도망쳤다. 도망친 남자는 놀랍게도 묻지 마 테러를 일으키는 괴한이었다. 아유미는 괴한의 얼굴은 못 봤으나 아유미의 손에 숫자 ‘5'와 비슷한 마크가 찍혀 있었다. 그리고 그 마크는 겐타의 엉덩이에도 찍혀 있었는데...
유령선에서는 신이치로 분장한 이가 정체를 드러내며 사건의 전말이 밝혀지고 항구에서는 코난을 구하기 위해 하이바라가 나타나며 상황은 또다시 새로운 국면을 맞이하게 된다. 베르무트는 하이바라의 정체가 자신이 찾던 셰리임을 알고 총을 겨누고, 하이바라는 자신을 죽이는 대신 모두를 살려 달라고 베르무트에게 청한다. 그때 조디의 자동차에 숨어 있던 누군가가 달려 나와 하이바라를 구하기 위해 몸을 던지는데...
사실 그의 정체는 아라이데로 변장한 베르무트였다.조디는 아버지를 죽인 원수인 베르무트가 남긴 말을 되뇌며 줄곧 그녀를 쫓았다고 한다.조디가 베르무트와 대화를 나누던 도중, 그녀는 베르무트의 동료가 쏜 총에 맞아 쓰러진다.조디는 FBI 동료들을 잠복시킨 항구로 그녀를 유인했다고 생각했지만,계획을 미리 알았던 베르무트가 이미 돌려보낸 뒤였다.결국 조디가 위험에 처하자 하이바라로 변장했던 코난이 정체를 드러내며 상황을 역전시킨다.
돛대에 올라선 투명 인간의 정체는 바로 신이치였다.코고로는 신이치에게 미라로 분장한 스태프가 후쿠우라를 살해한 범인이라고 주장하지만,신이치는 스태프가 죄를 뒤집어썼을 뿐이고 진짜 범인은 따로 있다고 하며 증거를 보여 준다.처음에는 부정하던 범인도 명백한 증거 앞에서 더는 부인하지 못하고 죄를 인정한다.한편 조디를 뒤쫓던 아라이데는 항구에 도착한 뒤 드디어 대화를 나눌 기회를 잡는다.하지만 조디는 상대가 진짜 아라이데가 아니라는 사실을 간파하는데...
코고로와 소노코가 참석한 핼러윈 파티가 한창 무르익어 가던 도중, 갑자기 파티의 주최자가 석궁에 맞아 살해되는 사건이 발생하고 만다.흉기에 악마 카드가 꽂혀 있혀서 악마 카드를 지닌 코고로네 팀 사람들이 유력한 용의자로 떠오른다.한편 하이바라는 아라이데와 함께 병원에 가기로 하고 그를 기다리고 있었다.하지만 그녀를 데리러 온 사람은 아리이데가 아니라 조디였는데...
코고로는 'Vermouth'라는 사람이 보낸 핼러윈 파티 초대장을 받는다.그는 괴물을 무서워하는 란 대신 소노코와 유령선 파티에 참석하기로 한다.신이치 앞으로도 같은 편지가 왔고, 내용을 확인한 코난은 검은 조직의 '베르무트'가 보냈다는 사실과자신들의 정체가 들켰다는 사실을 깨닫는다.하이바라는 파티에 가려는 코난을 말렸지만, 그는 하이바라를 잠재우면서까지 파티에 참석하려 한다.
아야를 위해 사건을 해결하기로 한 란과 소노코.란이 추리에 애먹는 와중에 신이치에게 전화가 온다.란이 신이치에게 사건을 설명하고 자신이 나름대로 생각한 추리를 들려준다.신이치에게 약간의 도움을 받아 당당히 범인을 잡고 아야카를 위기에서 구한 란.그 길로 조디의 집에서 송별회 파티를 즐긴다.취한 조디를 두고 잠시 화장실에 간 란은 거울 뒤 수납장에서 수많은 도촬 사진을 발견하는데...
조디의 퇴직 소식을 들은 란과 소노코는 조디의 집에서 송별회를 열기로 한다.송별회 때 먹을 음식을 사기 위해 란과 소노코의 친구인 아야가 일하는 편의점으로 향한다.편의점에 도착해서 본 것은 점장님에게 호되게 혼이 나고 있는 아야였다.아야가 일할 때만 편의점 상품이 없어진다는 이유에서였다.이에 란과 소노코는 아야를 위해 자신들이 사건을 해결해 보기로 하는데...
디자인 회사 사장이 독살된 이 사건이 검은 조직의 음모라고 생각하는 장미와 코난, 경찰은 피해자가 혹시 외부에서 독을 몸에 묻혀서 들어오지 않았을까 의심하는데... 코난은 화장실 물을 아껴 쓰라는 사장의 잔소리가 심했다는 얘기를 듣고, 화장실 변기 물탱크 안에 무언가 숨겨져 있을 거라 생각한다. 사건을 해결하고 숨겨진 물건을 찾기로 한 코난은 박사님의 목소리를 빌어 추리를 시작한다. 범인은 사무실의 직원인 이 동희. 20년 전 독립했던 자신을 방해한 사장에게 오랫동안 앙심을 품어 왔지만, 우연히 만난 장미 언니의 순수한 얼굴을 보는 순간 나쁜 마음이 사라졌었다. 20년이 지난 다음 다시 독립하겠다고 사장에게 말하자 사장은 다시 이 동희의 기를 꺾었고 화가 난 이 동희는 결국 계획했던 대로 사장을 해치고만 것이다. 사건 해결 후 장미의 언니가 숨긴 물건을 찾아가지고 돌아오는 코난 일행. 그것은 검은 조직에 대한 정보가 아닌 장미의 엄마가 죽기 전에 장미에게 남긴 사랑의 메시지였다.
장미의 감기가 거의 낫자 브라운 박사는 아이들을 데리고 장미의 아버지와 친구 사이인 디자인 회사 사장을 찾아간다. 혹시라도 검은 조직에 대한 정보를 얻을 수 있지 않을까 기대하며 사무실에 도착한 세 사람. 그러나 사장은 이미 30년 전에 연락이 끊어진 친구에 대해 아는 것이 없다. 사무실 직원들은 20년 전 딸과 아내를 데리고 사무실을 방문했던 장미의 아버지를 기억하고 있었다. 그리고 놀라운 사실은 장미의 언니가 얼마 전에 그 사무실에 들러 화장실을 빌려 쓰고 갔다는 것. 장미와 코난은 장미의 언니가 화장실에 무언가를 숨겼을 거라 확신하고 화장실 안을 뒤져보지만 배탈 난 사장님이 문을 두드리는 바람에 중간에 밖으로 나온다. 점심 식사 거리로 사온 햄버거를 다 함께 먹는 사무실 직원들. 그런데 사장이 갑자기 괴로워하며 쓰러진다. 사인은 독살. 골롬보와 경관들이 출동하여 수사를 시작하지만 수수께끼는 좀처럼 풀리지 않는다. 코난과 장미는 검은 조직의 사람들이 사장을 독살하지 않았을까 의심한다.
그런데 그 뒤 그녀를 집까지 바래다주다가 칼에 찔린 채 죽은 그녀의 룸메이트를 발견한다.경찰은 금품을 노린 강도의 범행으로 추정했지만, 코난은 어쩐지 무언가가 마음에 걸렸다.결국 코난은 코고로가 사치코와 만나기 전에 탄 열차를 타 보기로 하는데...코고로는 술을 마시고 집에 가던 길에 우연히 사치코를 만나 드라이브를 간다.
코고로와 코난이 밖으로 뛰쳐나간 타카나시를 찾아 오두막으로 돌아가고 있을 때 란의 비명을 울려 퍼진다.그런데 사건을 조사하던 중 유력한 용의자가 사라지고 폭스의 표적인 우시오와 오두막 관리인마저 사라진다.황급히 그곳으로 달려간 그들은 누군가의 칼에 찔려 사망한 여자 등산객의 시신을 발견한다.코고로 일행이 서둘러 그들을 찾아 나선 그때 갑자기 산사태가 일어나는데...
평범한 등산객으로 위장한 코고로 일행은 폭스를 붙잡기 위해 산을 오른다.그런데 오두막을 향해 가던 중 대학생이 누군가에게 살해당한다.모리 탐정 사무소에 우시오라는 남자가 찾아와 킬러 폭스의 살인을 말아 달라고 의뢰한다.그들은 오두막으로 가 경찰에 신고하려 하지만 전화선이 끊겨서 고립되고 마는데...그는 자신이 암에 걸린 줄 알고 그자에게 트래버스를 하는 중에 살해해 달라고 의뢰했다고 한다.
한편 아버지의 병문안을 왔다가 볼일이 있다면서 금방 떠난 요시오가 어째서인지 심각한 얼굴로 병원에 남아 있는데...어린이 탐정단은 코고로에게 병문안을 갔다가 옆 침대 환자의 아들 요시오가 얼마 전 강도가 든 은행의 직원이라는 사실을 알게 된다.급하게 집을 나서던 코고로는 계단에서 굴러 다리가 부러지는 바람에 병원에 입원한다.
가만히 생각을 정리하던 코난은 무언가를 알아차리는데...하지만 유일하게 사람들 눈을 피해 이동할 수 있었던 연결 복도의 지붕에 발자국이 없어서 그는 혼란에 빠진다.코고로는 수집실의 말뚝을 훔칠 수 있었던 하무라를 범인으로 지목한다.한편 코난은 범인이 흉기로 사용한 말뚝과 시신을 비춘 영사기에 의문을 품는다.
그런데 그날 밤 토라쿠라는 밀실이었던 서재에서 십자가에 매달린 상태로 가슴에 말뚝이 박힌 채 발견된다.코고로 일행은 호러 소설 작가로 유명한 토라쿠라의 의뢰를 받고 드라큘라 성이라 불리는 그의 저택을 방문한다.현장을 조사하던 코고로는 내부인의 범행이라 확신하고 저택에 있었던 용의자들을 조사하는데...
두루미를 보기 위해 홋카이도에 간 코난 일행은 두루미를 돌보던 마츠다와 친해져서 그의 집에 묵게 된다.그때 유산 상속에 불만을 품은 마츠다의 아들딸이 찾아와 소란을 피웠는데 그러고 나서 마츠다는 화살에 맞아 사망한 채 발견된다.마츠다의 아들은 자신이 죽였다고 자백하지만 현장을 살펴보던 코난은 수상한 흔적을 발견하는데...