코난 일행은 여행을 갔다가 집으로 가는 열차로 갈아타기 위해 하나노마치역에서 내렸는데 그곳에 정차한 다른 열차에서 시신이 발견된다.피해자는 심부전으로 사망한 것처럼 보였으나 그의 팔에 살해된 흔적이 있었다.코난은 어젯밤 그와 싸웠다는 다테를 의심하지만 그는 다른 열차를 타고 있었다는 완벽한 알리바이가 있는데...
그런데 데킬라가 들어간 화장실이 폭발하며 그가 사망하고 만다.코난은 폭발 현장에서 발견된 가방을 보고 살인 사건이라 확신하는데...만텐도의 신작 게임 발표회에 간 코난은 그곳에서 검은 옷을 입은 사내들의 동료 데킬라를 발견한다.드디어 진과 워커의 근거지를 찾을 단서를 잡은 코난은 데킬라의 뒤를 밟는다.
한편 용의자들의 증언을 생각하며 난간의 흠집을 보던 코난은 무언가를 알아차리는데...경찰의 조사 결과 사건 당일 아파트를 드나든 사람이 세 사람뿐이었고 그들에게는 충분한 살해 동기가 있었다.코난 일행은 산책을 하다가 여성의 비명을 듣고 한 아파트로 달려간다.그리고 그 아파트의 베란다에서 누군가에게 살해된 남성을 발견한다.
이른 아침이라 손님은 코고로 일행과 상품 개발부 사람들뿐이었다.하지만 어딘가 석연치 않았던 코난은 현장을 다시 살펴보는데...코고로는 골프 연습을 하기 위해 골프 연습장을 방문한다.그런데 연습 중에 갑자기 큰 폭발이 일어나 상품 개발부의 부장이 그 자리에서 사망한다.경찰은 같은 부서의 직원 중 폭발 당시 현장에 없었던 과장을 범인으로 의심한다.
그런데 아이들은 책장을 살펴보다가 책등이 없는 수상한 책들을 발견하고 놀라운 비밀을 알게 된다.독후감을 쓰기 위해 도서관에 간 어린이 탐정단은 직원이 행방불명됐다는 이야기를 듣고 몰래 도서관에 남아 그를 찾기로 한다.한편 시신을 찾는 아이들을 조용히 뒤쫓는 자가 있었는데...
코고로는 5성 호텔에 사무실을 둔 유명 변호사 타츠미에게 아내의 불륜 조사 의뢰를 받고 그의 사무실을 방문한다.그 뒤 코고로 일행은 그 호텔에서 식사를 하고 귀가했는데 그 사이에 타츠미의 아내가 자택에서 누군가에게 살해된 채 발견된다.경찰은 불륜 상대를 의심하지만, 타츠미 변호사가 수상했던 코난은 그의 사무실이 있는 호텔을 조사하는데...
어째서인지 그의 시신은 땀으로 젖어 있었다.그런데 다음 날 메구레 경부에게 그가 심장 발작으로 죽었다는 연락을 받고 그의 집으로 향한다.이를 이상하게 여긴 코난은 증거를 찾고자 용의자의 집을 방문하는데...오오키다 사장은 자동으로 쾌적한 온도를 유지하는 최첨단 집에 살고 있었는데코난은 우연히 길에서 오오키다 사장의 심장약을 주워 주고 감사 인사를 받는다.
코난 일행은 사카구치 변호사의 집을 지나가다가 비명을 듣고 황급히 그쪽으로 달려간다.코난과 코고로는 사카구치가 전화로 존에게 공격 명령을 내렸을 거라고 의심하지만 증거를 찾지 못하는데...그들은 그곳에서 사망한 타케시를 발견하는데 함께 있었던 친구의 말을 따르면 사카구치 씨의 반려견 존이 갑자기 그를 공격했다고 한다.
란과 같은 반 친구 나오코가 누군가에게 납치된다.납치범은 몸값을 받기 위해 그녀를 거래 현장에 데리고 나왔다가 경찰의 존재를 눈치채고 차를 몰고 도주한다.나오코가 아직 살아 있다고 믿은 부친은 코고로에게 딸을 찾아 달라고 의뢰한다.납치범은 도주 중에 브레이크도 밟지 않은 채 강으로 돌진했는데 강에서 끌어올린 차에서는 범인과 나오코의 시신이 발견되지 않는다.한편 코난은 현장 근처를 조사하다가 수상한 보트를 발견하는데...
그런데 그 호텔 앞에서 정체불명의 남자가 그들을 향해 차를 몰고 돌진하는데...다행히도 코난이 중요한 단서를 알아차린 덕분에 그들은 그녀가 잡은 호텔을 알아낸다.그들은 급히 그 여성을 병원으로 데려갔는데 그녀는 기억을 잃어 자신의 이름만 아는 상태였다.코난 일행이 육교를 올라가고 있을 때 한 여성이 정신을 잃으며 그들 위로 쓰러진다.코고로는 그녀의 기억을 되찾아 주려 하지만, 신원을 파악할 수 있는 소지품이 없어서 어려움을 겪는다.
게다가 코난이 미츠히코를 찾으러 간 사이 겐타마저 모습을 감추고 말았다.그렇게 홀로 남겨진 아유미를 향해 누군가가 다가오는데...어린이 탐정단은 악령이 나온다는 소문이 있는 유령 저택을 탐험하러 간다.그런데 저택을 돌아다니던 도중 화장실에 다녀오겠다던 미츠히코가 비명과 함께 사라진다.
유명 디자이너 아시야 에이코에게 모델 제안을 받은 란은 그녀의 회사를 방문한다.코난은 진상을 밝히기 위해 사장실이 있는 15층을 살펴보다가 수상한 흔적을 발견하는데...현장을 본 코난은 뭔가 위화감을 느끼지만, 코고로는 빌딩 털이범의 소행이라 생각한다.그런데 그 건물의 8층에서 연락이 되지 않던 아시야의 비서가 칼에 질려 살해된 채 발견된다.
그런데 신부 대기실에서 따뜻한 레몬티를 마시던 사유리가 갑자기 피를 토하며 쓰러진다.경찰의 조사 결과 누군가가 레몬티에 독을 탔다고 하는데...란 일행은 중학교 때 담임 선생님이었던 사유리의 결혼식에 참가한다.그들은 신부 대기실에서 비디오 촬영을 하며 사유리의 지인들을 함께 만난다.
다시 돌아가서 사인을 찾긴 했지만, 보안 시스템이 작동하는 바람에 백화점에 갇히고 만다.강도단의 눈을 피해 숨었던 아이들은 결국 그들에게 들키고 마는데...어린이 탐정단은 백화점에 갔다가 돌아가는 길에 야이바의 사인을 두고 왔다는 사실을 알아차린다.문을 열어 달라고 하기 위해 경비실로 간 아이들은 그곳을 장악한 강도단을 목격한다.
집을 나간 고양이를 찾아 달라는 의뢰를 받은 어린이 탐정단은 한 집에서 피투성이가 되어 나오는 고양이를 발견한다.고양이가 나온 욕실을 들여다보니 그곳에는 한 남자가 피투성이가 된 채 쓰러져 있었다.거짓말쟁이로 몰린 어린이 탐정단은 진실을 밝히기 위해 다시 그 집을 찾아가는데...바로 경찰에 신고해 그 집을 조사했는데, 욕실에 있었던 시체가 감쪽같이 사라져 버렸다.
강에서 놀던 어린이 탐정단은 어떤 남자가 건너편 건물에서 억지로 라이플을 쏘는 모습을 목격한다.그들이 그곳으로 갔을 때는 이미 아무도 없었고 숫자가 적힌 계산기만 남아 있었다.그래도 고생 끝에 겨우 저격 장소로 추정되는 곳을 찾아 범인이 나타나기를 기다리는데...코난은 자신에게 남긴 메시지라 생각하고 암호를 해독하려 하지만 어려움을 겪는다.
모리 탐정 사무소에 한 여고생이 찾아와 행방이 묘연한 아버지를 찾아 달라고 의뢰한다.한편 집에 돌아온 란은 사무소를 주시하는 수상한 남자를 발견하는데..경찰은 그가 자살한 것이 아니라 거구의 남자에게 살해됐을 것이라고 한다.우연히 경마장에서 그녀의 아버지를 찾아 의뢰가 잘 해결된 것처럼 보였는데 다음 날 그녀의 아버지가 목을 맨 채 발견된다.
어린이 탐정단은 여아 연쇄 유괴 살인범으로 추정되는 일당의 차에 탄 아유미를 구하러 가는데...그런데 그 차의 트렁크에서 거금의 돈과 톱, 그리고 여자아이의 머리가 발견된다.아유미는 공원 앞에 있었던 차 트렁크에 숨었다가 잠들었다고 한다.탐정 놀이를 하던 어린이 탐정단은 아무리 찾아도 아유미가 보이지 않자 탐정 배지로 그녀에게 연락한다.
촌장이 죽은 자리에는 피로 쓴 악보가 있었는데, 코난은 범인이 남긴 암호라 생각하고 의미를 알아내려 애쓴다.다음 날 경찰이 참고인을 조사하고 있을 때 또다시 월광이 울려 퍼지고 방송실에서 촌장이 살해된 채 발견된다.한편 아소 케이지가 남긴 악보를 찾기 위해 창고에 간 코난 일행은 그곳에서 목을 매 자살한 시신을 발견하는데...
그리고 피해자가 쓰러져 있었던 피아노에서 수상한 악보가 나오는데...한창 그를 기다리고 있을 때, 피아노 방에서 월광이 울려 퍼지더니 촌장 선거 후보자 한 명이 살해된 채 발견된다.일단 코고로는 촌장에게 이야기를 들어 보기 위해 마을 회관에 간다.아소 케이지란 자에게 의뢰를 받은 코고로는 츠키카게섬으로 향한다.그런데 의뢰인은 12년 전 가족을 살해하고 분신자살한 피아니스트라고 한다.