파티가 끝나 갈 즈음 잠시 자리를 비웠던 미츠아키에게 전화가 왔는데 그는 누군가가 자신을 칼로 공격했다고 소리쳤다.코고로 일행은 나가토 그룹 회장의 의뢰로 저택을 방문했다가 그의 생일 파티에 참가한다.코고로 일행은 급히 그가 있는 방으로 달려가지만, 이미 울타리 위로 떨어져 사망한 뒤였다.그 뒤 코고로 일행과 경찰이 저택을 샅샅이 뒤졌지만, 범인을 찾을 수 없었는데...
괴도 키드가 예고한 당일 소노코의 모친 토모코는 괴도 키드에게 맞서기 위해 선상 파티에 참석한 모든 손님에게 모조 진주를 달게 한다.그런데 한창 파티가 무르익었을 때 사람들이 달고 있던 진주가 폭발하여 혼란에 빠지는데..
예고한 장소에 나타난 괴도 키드는 일부러 경찰을 모두 불러 모은 뒤 퀸 세리자베스호에서 진짜 블랙 스타를 가져가겠다는 예고장을 남긴 채 사라지는데...한편 예고장의 의미를 알아낸 코난은 늦은 밤 혼자 그 장소로 향한다.하지만 그는 괴도 1412호가 보낸 예고장의 의미를 알아내지 못하고 엉뚱한 해석만 내놓았다.코고로는 소노코의 부탁으로 스즈키 가문의 가보 블랙 스타를 괴도 1412호의 손에서 지키기 위해 박물관을 방문한다.
그날 밤 예고대로 사신 진나이가 나타나자 코고로 일행은 난죠의 사무소로 향하는 그자의 뒤를 쫓는다.한편 사건 현장을 살펴보던 코난은 뭔가 위화감을 느끼는데...코고로 일행은 우연히 ‘사신 진나이'란 영화의 주연 배우 난죠의 아내를 만났다가 사신 진나이가 난죠의 목숨을 가지러 가겠다는 예고장을 보냈다는 이야기를 듣는다.그런데 사무소에 가 보니 사신 진나이는 없고 총에 맞아 살해된 난죠만 남아 있었다.
하지만 그들은 그녀를 구하러 동굴에 들어갔다가 고무보트에 구멍이 나 그곳에 갇히고 마는데...아이들은 주변을 살펴보다가 만조 때 바닷속으로 사라진다는 동굴 안에 쓰러져 있는 그녀를 발견한다.거기엔 시노부라는 여성이 구조를 요청하는 내용이 적혀 있었다.바다에 놀러 간 어린이 탐정단은 모래사장에서 한 쪽지를 발견한다.
용의자가 늘어나자 경찰은 세 사람의 알리바이를 조사하지만 세 사람 다 확실한 알리바이가 없었는데...다음 날 목격 증언을 들은 경찰이 그를 체포하려던 그때 그와 얼굴이 똑같이 생긴 쌍둥이 형제 두 사람이 별장에 나타난다.그런데 그날 밤 코난 일행은 아야코의 약혼자가 그의 친아버지를 살해하는 장면을 목격한다.소노코네 별장에 놀러 간 코난과 란은 소노코의 언니 아야코의 약혼자를 만난다.
코고로 일행은 등산을 가다가 음료를 먹고 쓰러진 사람을 발견한다.하지만 뚜껑을 딴 음료를 피해자에게 먹일 방법을 찾지 못해 난관에 부딪히는데...코고로는 불특정 상대를 노린 무차별 살인이라 생각하지만 코난은 피해자에게 스토킹을 당했던 여성을 의심한다.결국 그는 사망했는데, 경찰의 조사 결과 그가 마신 음료에 독이 들어 있었다고 한다.
한편 시신을 찾는 아이들을 조용히 뒤쫓는 자가 있었는데...그런데 아이들은 책장을 살펴보다가 책등이 없는 수상한 책들을 발견하고 놀라운 비밀을 알게 된다.독후감을 쓰기 위해 도서관에 간 어린이 탐정단은 직원이 행방불명됐다는 이야기를 듣고 몰래 도서관에 남아 그를 찾기로 한다.
핫토리가 결정적인 증거까지 내밀자 범인으로 지목된 자도 순순히 자신의 범행을 인정한다.코난이 한창 열에 시달리고 있을 때 핫토리는 범인이 사용한 트릭과 범인을 밝혀낸다.그런데 그때 신이치가 나타나 핫토리의 추리가 틀렸다고 반박한다.그리고 신이치는 범인의 진짜 목적과 트릭을 설명하는데...
그때 사무소에 찾아온 여성의 의뢰로 코고로는 의뢰인의 집에 가게 됐는데 핫토리도 동행하기로 한다.그런데 의뢰인의 남편을 만나기 위해 서재로 간 그들은 사망한 그녀의 남편을 발견한다.피해자가 독살됐다는 사실을 눈치챈 코난과 핫토리가 한창 현장을 살펴보고 있을 때 갑자기 코난이 쓰러지고 마는데...쿠도 신이치를 만나겠다면서 갑자기 핫토리 헤이지가 탐정 사무소에 찾아온다.
새로 단장한 스포츠 클럽에 다녀온 코고로 일행은 집에 돌아온 뒤 메구레 경부에게 급한 연락을 받는다.경찰과 코고로는 연습 중 사고로 사망했다고 봤지만 살인 사건이라 확신한 코난은 현장 주변을 더 조사하기로 한다.그곳의 다이빙 선수가 수영장에서 사망한 채 발견됐다는 것이다.그리고 목격자의 집을 방문했다가 결정적인 증거를 발견하는데...
그런데 그때 코난은 시신에서 이상한 점을 발견하는데...이즈미는 알리바이가 확실했기 때문에 경찰은 나머지 두 사람 중 한 명이 범인이라고 의심한다.장의 CCTV를 확인한 결과, 집에 드나든 사람은 증권 회사 직원 이즈미 피해자의 딸 치히로, 최초 발견자 요시오카까지 세 사람이었다.가운 차림에 얼굴에 팩을 붙인 여성이 자택에서 살해된 채 발견된다.
사람들은 폭발이 발생한 이후에 자취를 감춘 둘째 아들을 의심하지만 코난은 뭔가 마음에 걸리는데...그런데 그날 저녁 홋타 회장의 방에서 큰 폭발음이 들리고 홋타 회장이 사망한 채 발견된다.차가 고장 나 난처해하는 홋타 회장을 발견한 코고로 일행은 그를 별장으로 데려다줬다가 생일 파티에 초대받는다.
그가 정신을 차린 곳은 낡은 집의 2층이었데, 그곳에는 코난을 납치한 여자뿐만 아니라 가면을 쓴 남자도 함께 있었다.코난은 검은 조직의 사내들과 한패인 듯한 그녀의 손에서 도망쳤다가 다시 붙잡혀 정신을 잃고 만다.내일 거래 상대를 죽일 거라는 그들의 대화를 들은 코난은 살인을 막기 위해 거래 장소를 알아낼 단서를 모으는데...어느 날 갑자기 코난의 엄마라고 주장하는 사람이 탐정 사무소에 찾아와 코난을 데려간다.
그때 슈코 학원의 투수 카지와 그의 어머니가 서로 자신이 우승기를 찢었다고 주장하는데...코난 일행은 슈코 학원과 베이카 고등학교의 야구 경기를 응원하러 갔는데 경기 도중에 누군가가 이사장실에 있는 우승기를 난도질하는 사건이 발생한다.얼핏 보기에는 외부인의 범행처럼 보였지만, 현장을 살펴보던 코난은 내부인의 범행이란 증거를 찾아낸다.
코고로는 한 남자를 3일 동안 미행하고 거액의 의뢰비를 받아 기뻐했는데 때 뉴스에서 그 남자가 축제의 장작더미에서 시신으로 발견됐다는 소식을 듣는다.한편 코고로가 피해자를 미행하며 찍은 사진을 보던 코난은 무언가 이상한 점을 발견하는데...코고로는 자신에게 미행을 의뢰한 아베를 의심하지만, 그에게는 완벽한 알리바이가 있었다.
탐정 사무소에 노리코라는 여성이 찾아와 어떤 남자를 찾아 달라고 의뢰한다.그런데 일주일 뒤 우연히 상복을 입고 어딘가로 가는 노리코를 발견한다.노리코를 뒤쫓아가던 코난은 그녀의 지인을 만나 자세한 사정을 듣게 되는데...수상한 태도가 마음에 걸렸던 코난은 그녀의 집에 찾아가 이야기를 나눠 보지만, 별다른 수확은 얻지 못한다.
그런데 그날 요코와 같은 아파트 주민이 살해된 채 발견된다.하지만 수상한 낌새를 느낀 코난은 범행 현장 주변을 조사하는데...사와키 치과의 의사 요코는 예약이 다 차서 진료 시간 이후에 아유미의 젖니를 뽑아 주기로 한다.경찰은 최초 발견자였던 요코를 의심하는데 사망 추정 시각에 그녀와 같이 있었다는 아유미의 증언 덕분에 혐의를 벗는다.
그러다 숲에서 삽을 들고 있는 수상한 자들과 마주쳤는데 어째서인지 그들도 비슷하게 생긴 지도를 가지고 있었다.아가사 박사에게 낡은 지도를 받은 어린이 탐정단은 보물을 찾기 위해 길을 나선다.그 이후 수많은 난관을 헤치고 드디어 마지막 장소에 다다른 어린이 탐정단은 마지막 암호에서 벽에 부딪히는데...
그런데 그사이에 카페의 화장실에서 한 여성이 칼에 찔려 살해된 채 발견된다.경찰은 외부인의 범행이라 의심하지만, 코난은 살해 현장을 살펴보고 내부인의 범행이라 확신하는데...그러자 란은 코난을 돌려보내기 위해 케이크를 사러 잠시 자리를 비운다.신이치와 데이트를 한다며 외출하는 란을 수상하게 여긴 코난은 그녀를 따라 카페에 간다.