Jesse si innamora di un hacker di computer che Eckhart vuole "ingaggiare" per corrompere i canali di notizie del computer pubblico contro i Nuovi Mutanti... e a vantaggio della GSA.
Eckhart cerca un mutante in grado di assorbire energia, con il quale Brennan si lega sentimentalmente.
Un Nuovo Mutante viene rapito dalla sua famiglia, e Mutant X si mette in viaggio per recuperarlo e scoprire l'interesse di Eckhart per lui.
Shalimar si avvicina a un altro feral quando è "lussuria a prima vista", ma le cose si complicano quando il suo nuovo ragazzo cerca di trovare una cura per la sua condizione.
Mutant X viene in aiuto di un'adolescente Nuovo Mutante inseguita dai russi perché possiede il segreto di una nuova arma progettata contro i mutanti.
Brennan viene catturato e cade sotto il controllo di Eckhart, ed è costretto a lavorare contro i Nuovi Mutanti.
Molti dei misteri che circondano Mutant X vengono rivelati quando Lexa e Jesse vengono catturati dal Dominio, e la squadra, insieme ad Adam, va a salvarli.
I sospetti di Lexa portano Mutant X a svelare un campo di morte itinerante, che si presenta come un circo per i rifugiati mutanti e il nemico di Mutant X all'interno del Dominio.
Mentre Brennan e Shalimar indagano su un misterioso incidente aereo, Lexa contempla il suo futuro con la squadra Mutant X.
Brennan e la squadra Mutant X uniscono le forze con un mutante che viaggia nel tempo per disinnescare una bomba che minaccia conseguenze devastanti.
La squadra Mutant X viene a conoscenza del fratello gemello estraniato di Lexa quando diventa l'obiettivo principale di un'operazione sotterranea che raccoglie organi di mutanti.
Un mutante che ha la capacità di interfacciarsi con qualsiasi computer con la sua mente, che viene paralizzato dopo un incontro con la squadra, prende il controllo dei computer di Sanctuary.
La squadra Mutant X si imbarca in una missione per localizzare e catturare un potente super-mutante che possiede poteri divini.
La squadra Mutant X è chiamata a indagare su bizzarre attività che si verificano in un ospedale locale.
Quando Lexa viene inconsapevolmente drogata con una sostanza letale, la squadra deve correre per trovare l'antidoto prima che sia troppo tardi.
La squadra è sulle tracce di un mutante piromane che sta causando il caos, mentre Shalimar è costretta a mettere da parte la sua paura del fuoco per salvare Emma.
Un misterioso tribunale dichiara Adam colpevole di aver cercato di dominare il mondo con i suoi super-mutanti e lo condanna a morte, spingendo il resto della squadra in missione per salvarlo.
La squadra interviene per proteggere un testimone principale dell'accusa la cui vita è stata minacciata prima del processo.
Shalimar viene mandata sotto copertura in un mortale giro di assassinii ad alta tecnologia, per scoprire perché vogliono Adam morto.
Brennan è arrabbiato con Adam, il quale gli dice che gli è stato affidato il compito di mantenere un segreto e se ne va dopo aver parlato con quella persona. L'uomo sta cercando qualcuno ed è disposto ad uccidere chiunque per arrivare a quella persona.