I sospetti di Lexa portano Mutant X a svelare un campo di morte itinerante, che si presenta come un circo per i rifugiati mutanti e il nemico di Mutant X all'interno del Dominio.
Mutant X rintraccia uno scienziato disonesto mentre Shalimar si separa dalla squadra per aiutare Adam a salvare lo scienziato - e scoprire il vero cattivo.
Mentre la squadra di Mutant X combatte per recuperare una formula nascosta in una collezione di opere d'arte, Shalimar riceve informazioni vitali da una fonte misteriosa.
Mentre Brennan e Shalimar indagano su un misterioso incidente aereo, Lexa contempla il suo futuro con la squadra Mutant X.
Brennan e la squadra Mutant X uniscono le forze con un mutante che viaggia nel tempo per disinnescare una bomba che minaccia conseguenze devastanti.
Un mutante che ha la capacità di interfacciarsi con qualsiasi computer con la sua mente, che viene paralizzato dopo un incontro con la squadra, prende il controllo dei computer di Sanctuary.
Jesse è costretto a riallacciare i rapporti con la sua ex fidanzata quando la squadra Mutant X viene a sapere che la sua azienda è coinvolta nella manipolazione genetica delle colture.
La squadra Mutant X si imbarca in una missione per localizzare e catturare un potente super-mutante che possiede poteri divini.
La squadra Mutant X è chiamata a indagare su bizzarre attività che si verificano in un ospedale locale.
La squadra lotta per contenere i poteri mutanti fuori controllo di Brennan quando mette in pericolo la missione per proteggere la figlia di un senatore.
La squadra è sulle tracce di un mutante piromane che sta causando il caos, mentre Shalimar è costretta a mettere da parte la sua paura del fuoco per salvare Emma.
La squadra interviene per proteggere un testimone principale dell'accusa la cui vita è stata minacciata prima del processo.
Shalimar viene mandata sotto copertura in un mortale giro di assassinii ad alta tecnologia, per scoprire perché vogliono Adam morto.
La squadra va sotto copertura per indagare sulle morti inspiegabili in una prigione.
Brennan è arrabbiato con Adam, il quale gli dice che gli è stato affidato il compito di mantenere un segreto e se ne va dopo aver parlato con quella persona. L'uomo sta cercando qualcuno ed è disposto ad uccidere chiunque per arrivare a quella persona.
La losca ex-ragazza di Brennan si rivolge a lui per un aiuto quando la sua ultima truffa prende una piega mortale.
Ashlocke torna indietro nel tempo per cercare di rendersi invincibile dando qualcosa al suo io più giovane, spingendo Brennan e Shalimar a seguirlo.
La squadra lotta per disarmare un colonnello militare che ha minacciato di scatenare un olocausto nucleare.
Mutant X incontra una nuova fazione di Nuovi Mutanti chiamata Strand, guidata dal primo e potente mutante Gabriel Ashlocke.
La squadra cerca di impedire a Eckhart di acquisire un elemento raro, ma un ladro lo ottiene. La donna che ha la capacità di far innamorare gli uomini di lei mette gli occhi su Brennan.