Un mutante con abilità telepatiche che può far provare alle persone, mentalmente, tutto ciò che vuole, riesce ad entrare nella mente dei Mutanti X. Ora gli sta facendo provare le loro peggiori paure.
Adam viene incastrato per omicidio da un Nuovo Mutante con la capacità di rubare i ricordi delle persone.
Emma si riunisce con un vecchio amico che possiede poteri di teletrasporto. La riunione diventa però pericolosa quando Michelle cerca di consegnare Emma alla GSA.
Eckhart cerca un mutante in grado di assorbire energia, con il quale Brennan si lega sentimentalmente.
Quando una piaga che colpisce solo i mutanti imperversa, Adam e Eckhart accettano di lavorare insieme per trovare una cura.
Shalimar si avvicina a un altro feral quando è "lussuria a prima vista", ma le cose si complicano quando il suo nuovo ragazzo cerca di trovare una cura per la sua condizione.
Mutant X viene in aiuto di un'adolescente Nuovo Mutante inseguita dai russi perché possiede il segreto di una nuova arma progettata contro i mutanti.
Brennan viene catturato e cade sotto il controllo di Eckhart, ed è costretto a lavorare contro i Nuovi Mutanti.
Un mutante psionico in fuga da misteriosi agenti governativi viene salvato da una squadra di compagni "Nuovi Mutanti", il gruppo noto come Mutant X.
I sospetti di Lexa portano Mutant X a svelare un campo di morte itinerante, che si presenta come un circo per i rifugiati mutanti e il nemico di Mutant X all'interno del Dominio.
Mutant X rintraccia uno scienziato disonesto mentre Shalimar si separa dalla squadra per aiutare Adam a salvare lo scienziato - e scoprire il vero cattivo.
Mentre la squadra di Mutant X combatte per recuperare una formula nascosta in una collezione di opere d'arte, Shalimar riceve informazioni vitali da una fonte misteriosa.
Mentre Brennan e Shalimar indagano su un misterioso incidente aereo, Lexa contempla il suo futuro con la squadra Mutant X.
La squadra Mutant X viene a conoscenza del fratello gemello estraniato di Lexa quando diventa l'obiettivo principale di un'operazione sotterranea che raccoglie organi di mutanti.
Un mutante che ha la capacità di interfacciarsi con qualsiasi computer con la sua mente, che viene paralizzato dopo un incontro con la squadra, prende il controllo dei computer di Sanctuary.
Jesse è costretto a riallacciare i rapporti con la sua ex fidanzata quando la squadra Mutant X viene a sapere che la sua azienda è coinvolta nella manipolazione genetica delle colture.
La squadra Mutant X si imbarca in una missione per localizzare e catturare un potente super-mutante che possiede poteri divini.
Quando Lexa viene inconsapevolmente drogata con una sostanza letale, la squadra deve correre per trovare l'antidoto prima che sia troppo tardi.
La squadra lotta per contenere i poteri mutanti fuori controllo di Brennan quando mette in pericolo la missione per proteggere la figlia di un senatore.
Un misterioso tribunale dichiara Adam colpevole di aver cercato di dominare il mondo con i suoi super-mutanti e lo condanna a morte, spingendo il resto della squadra in missione per salvarlo.