Un ragazzo che sta sviluppando nuove abilità mutanti è stato rapito e la squadra accetta di trovarlo per sua madre. Più tardi vengono a sapere che è stata lei a far rapire il figlio.
Eckhart cerca un mutante in grado di assorbire energia, con il quale Brennan si lega sentimentalmente.
I sospetti di Lexa portano Mutant X a svelare un campo di morte itinerante, che si presenta come un circo per i rifugiati mutanti e il nemico di Mutant X all'interno del Dominio.
Mutant X deve impedire a uno scienziato di clonare le donne per usarle come schiave nel suo ultra-esclusivo club per uomini.
Quando la vita di Jesse è in bilico, Brennan deve connettersi con lui e condurlo attraverso i ricordi passati che hanno condiviso per salvargli la vita.
Scoprendo che la loro compagna di squadra Lexa è il soggetto di un esperimento segreto che la sta controllando, la squadra Mutant X dà la caccia al medico responsabile.
Mutant X scopre un vecchio esperimento militare che coinvolge un siero che inverte l'età ed è sorpreso di scoprire che il nonno di Jesse è uno dei soggetti del test.
Mutant X rintraccia uno scienziato disonesto mentre Shalimar si separa dalla squadra per aiutare Adam a salvare lo scienziato - e scoprire il vero cattivo.
Mentre la squadra di Mutant X combatte per recuperare una formula nascosta in una collezione di opere d'arte, Shalimar riceve informazioni vitali da una fonte misteriosa.
La squadra Mutant X deve fermare un serial killer che lascia indizi sulle sue prossime vittime sotto forma di puzzle.
La squadra Mutant X viene coinvolta per aiutare una base militare che è stata infettata da una malattia mortale.
La squadra Mutant X deve fermare l'asta di una sostanza altamente letale che un certo numero di famigerati terroristi internazionali sono in lizza per acquisire.
Nell'emozionante apertura di stagione, i membri superstiti di Mutant X emergono da un'esplosione mortale per incontrare Lexa, che li fa iniziare a mettere in discussione i presupposti fondamentali del loro mondo.
La squadra aiuta l'equipaggio di una stazione di ricerca oceanica minacciata da una creatura preistorica precedentemente ritenuta estinta.
Shalimar si mette nei guai quando la squadra incontra un mutante dell'era della guerra fredda con la capacità di alterare la realtà e distruggere la mente delle persone.
La squadra lotta per contenere i poteri mutanti fuori controllo di Brennan quando mette in pericolo la missione per proteggere la figlia di un senatore.
La squadra è sulle tracce di un mutante piromane che sta causando il caos, mentre Shalimar è costretta a mettere da parte la sua paura del fuoco per salvare Emma.
Durante un lavoro, Shalimar viene ferita e viene aiutata da un'altra mutante feral, Nikki, che conosceva ed era stata quasi scelta per la squadra. Mentre Shalimar si riprende, lei si offre di sostituirla.
Un mutante disincarnato si impossessa dei corpi di varie persone e si mette alla ricerca di coloro che gli hanno fatto questo. Uno di loro è un medico che piace a Shalimar.
Tre extraterrestri che rappresentano una grave minaccia per l'umanità prendono di mira Shalimar, così la squadra si mette in viaggio per salvarla dalle loro grinfie malvagie.