Durante un lavoro, Shalimar viene ferita e viene aiutata da un'altra mutante feral, Nikki, che conosceva ed era stata quasi scelta per la squadra. Mentre Shalimar si riprende, lei si offre di sostituirla.
Tre extraterrestri che rappresentano una grave minaccia per l'umanità prendono di mira Shalimar, così la squadra si mette in viaggio per salvarla dalle loro grinfie malvagie.
La squadra parte per salvare Brennan, che è rimasto intrappolato in una città invisibile e rischia l'esecuzione per un crimine che non ha commesso.
Un aereo militare viene abbattuto dietro le linee nemiche, spingendo la squadra a fare un tentativo disperato di recuperare l'arma segreta del governo nascosta a bordo.
Ashlocke è alla disperata ricerca di una cura per la sua condizione mortale e si infiltra nel Santuario per ricattare Adam affinché si impossessi dell'antidoto.
Ashlocke torna indietro nel tempo per cercare di rendersi invincibile dando qualcosa al suo io più giovane, spingendo Brennan e Shalimar a seguirlo.
La squadra lotta per disarmare un colonnello militare che ha minacciato di scatenare un olocausto nucleare.
La squadra incontra un mutante che uccide altri mutanti prosciugando la loro energia e può anche tornare in vita dopo essere stato ucciso.
Una giovane Nuova Mutante dal passato di Adam si presenta, cercando vendetta per la morte di suo padre.
Jesse viene coinvolto in una missione mortale sotto copertura dal suo padre estraniato, che lavora contro Eckhart.
Un vecchio amico di Brennan attira lui ed Emma in una trappola. Emma finisce per dividersi in due entità separate, una buona e una cattiva.
La squadra incontra alcune persone che cercano di introdursi in un laboratorio Genomex e scoprono che sono feral.
Un ragazzo che sta sviluppando nuove abilità mutanti è stato rapito e la squadra accetta di trovarlo per sua madre. Più tardi vengono a sapere che è stata lei a far rapire il figlio.
Jesse si innamora di un hacker di computer che Eckhart vuole "ingaggiare" per corrompere i canali di notizie del computer pubblico contro i Nuovi Mutanti... e a vantaggio della GSA.
Eckhart cerca un mutante in grado di assorbire energia, con il quale Brennan si lega sentimentalmente.
I sospetti di Lexa portano Mutant X a svelare un campo di morte itinerante, che si presenta come un circo per i rifugiati mutanti e il nemico di Mutant X all'interno del Dominio.
Brennan combatte con un Guardiano della Profezia per fermare il piano del defunto mutante Ashlocke dall'oltretomba di dominare il mondo.
Mutant X deve impedire a uno scienziato di clonare le donne per usarle come schiave nel suo ultra-esclusivo club per uomini.
Quando la vita di Jesse è in bilico, Brennan deve connettersi con lui e condurlo attraverso i ricordi passati che hanno condiviso per salvargli la vita.
Mutant X scopre un vecchio esperimento militare che coinvolge un siero che inverte l'età ed è sorpreso di scoprire che il nonno di Jesse è uno dei soggetti del test.