L'Andromeda scopre la sua nave sorella, la Pax Magellanic. L'equipaggio a bordo della Pax ha 300 anni... ma non è invecchiato di un giorno.
Beka viene a sapere che l'ex socio in affari di suo padre è coinvolto nello spaccio di una droga che da forte dipendenza chiamata Flash.
I Castaliani salgono a bordo dell'Andromeda per ultimare la costituzione del Nuovo Commonwealth. Quando il loro leader viene trovato morto, tutti i sospetti ricadono su Tyr.
Dylan protegge l'Andromeda dai mercenari mentre Beka comincia a chiedersi se stanno combattendo la fazione sbagliata.
Dopo essere stato abbandonato vicino ad un buco nero, il capitano Dylan Hunt viene ritrovata da una nave di salvataggio mercenaria e scopre di essere rimasto ibernato per 300 anni.
Nell'ultimo episodio della serie, la battaglia finale per salvare il Nuovo Commonwealth del Sistema ha inizio.
Dylan, Rhade e Beka uniscono le forze per salvare Trance da Methus-2 e Harper dal Generale Burma.
Un capo militare convince i suoi seguaci che l'imminente distruzione dei pianeti esterni è un complotto per saccheggiare il loro pianeta.
Rommie viene ricostruita per aiutare a evacuare il sistema Seefra.
Dopo essere stato gravemente ferito in un'esplosione in laboratorio, Dylan viaggia attraverso una serie di realtà alternative.
Viene fatto un tentativo per riparare il sole lampeggiante di Seefra, ma Trance viene sostituito da un alter ego.
Flavin ritorna, scatenando una guerra tra gang, e aiuta Dylan a svilupparsi come Paradine.
Uno scienziato del vecchio Commonwealth fa la sua apparizione dopo essere rimasto intrappolato in un loop temporale.
Doyle è in realtà un androide costruito da Harper per contenere la programmazione di base di Rommie.
Ancora su Seefra, Dylan ritrova Harper, che si è adattato alla vita lì.
Beka viene scaricata su Seefra dopo che l'Andromeda è stata rubata. Dylan deve dimostrare che la nave gli appartiene.
Dylan finisce a Seefra, popolato da persone superstiziose prive di tecnologia.
Andromeda salva una nave di ritorno dai colloqui di pace con Magog.
L'Abisso ha ucciso l'amico di Beka e l'equipaggio deve capire perché.
Un dispositivo sperimentale che permette di nascondersi catapulta Dylan in un universo alternativo.