Beka conduce l'Andromeda a Tarn-Vedra, ma rimanere a lungo nello slipstream ha degli effetti collaterali. Beka inizia a usare Flash per combatterli e ne diventa presto dipendente.
L'avatar di Rommie s'innamora di quello che si rivela essere l'avatar di una nave da guerra di nome Gabriel.
L'Andromeda scopre la sua nave sorella, la Pax Magellanic. L'equipaggio a bordo della Pax ha 300 anni... ma non è invecchiato di un giorno.
Beka viene a sapere che l'ex socio in affari di suo padre è coinvolto nello spaccio di una droga che da forte dipendenza chiamata Flash.
I Castaliani salgono a bordo dell'Andromeda per ultimare la costituzione del Nuovo Commonwealth. Quando il loro leader viene trovato morto, tutti i sospetti ricadono su Tyr.
Dylan è prigioniero su un pianeta-prigione e deve trovare una via di fuga mentre l'equipaggio organizza il suo salvataggio.
Dopo aver risposto a una chiamata di soccorso, l'equipaggio raccoglie il fratello di Beka, ora un Wayista, e il suo amico.
Uno slipstream catapulta l'Andromeda indietro nel tempo a poco prima della caduta del Commonwealth. L'equipaggio deve intervenire per proteggere la storia.
L'Andromeda è coinvolta in una faida tra un pianeta Than e una colonia nietzscheana.
Rommie viene ricostruita per aiutare a evacuare il sistema Seefra.
Dopo essere stato gravemente ferito in un'esplosione in laboratorio, Dylan viaggia attraverso una serie di realtà alternative.
Viene fatto un tentativo per riparare il sole lampeggiante di Seefra, ma Trance viene sostituito da un alter ego.
Mentre Harper cerca un modo per salvare Seefra, una spia s'infiltra a bordo dell'Andromeda e attacca Beka.
Beka e Rhade si sottopongono a una prova che donerà loro ricchezza smisurata o li porterà alla follia.
Dylan scopre che il ragazzo di Beka era in realtà Drago Musevini e che ha usato il DNA di Beka per creare i Nietzscheani.
Rhade guida i ribelli nella battaglia contro il capo militare di Seefra-5.
Dopo che un anziano viene ucciso, Beka, Rhade e Harper vengono sospettati e messi sotto processo.
Dylan finisce a Seefra, popolato da persone superstiziose prive di tecnologia.
L'attacco di Magog ha conseguenze terribili. L'Andromeda viene distrutta e sembra che Trance e Dylan siano gli unici superstiti. Dylan fugge nella rotta dei secoli.
Andromeda salva una nave di ritorno dai colloqui di pace con Magog.