Kagome riesce a sottomettere Inuyasha grazie al potere di un rosario magico. Naturalmente la situazione è tutto fuorché risolta, dato che il mezzo demone ha ancora la precisa intenzione di impossessarsi della Sfera dei Quattro Spiriti. Intanto Kagome scopre di essere la probabile reincarnazione di Kikyo, colei che deve proteggere la sfera e che aveva imprigionato Inuyasha.
La giovane Kagome, cercando il suo gatto, cade in un pozzo sacro, sigillato da tempo. Al suo risveglio si trova catapultata nel Giappone medioevale, dove viene attaccata da un terribile demone che vuole impossessarsi di un oggetto chiamato "Sfera dei Quattro Spiriti".
Nonostante Naraku sia già stato sconfitto, Kagome deve affrontare l'ultima prova, la più dura: la sua vita è strettamente legata all'esistenza della Sfera dei Quattro Spiriti, perciò se non riuscirà a rompere il filo del destino che la lega al gioiello, rischia di rimanere nel mondo dei morti a combattere in eterno contro Naraku.
Inuyasha e gli altri si radunano al cospetto di Naraku per cercare, con la loro influenza positiva, di illuminare la Sfera dei Quattro Spiriti. La cosa funziona e Inuyasha, Sesshomaru, Sango e Miroku cercano di colpire Naraku con le loro famosi armi, tanto da riuscire a far sì che ad ogni colpo il copro di Naraku si sfaldi.
Inuyasha entra nel pozzo per cercare Kagome, che invece spera di riprendere la sua vita normale. Il mezzo demone la raggiunge proprio mentre si appresta a cenare con i suoi cari. Spiegata la situazione, la ragazza torna nel passato insieme ad Inuyasha per combattere Yura. Unendo le forze i due riusciranno a sconfiggere il terribile demone dei capelli.
Kagome e Inuyasha vengono attaccati dalla crudele Yura, il demone dei capelli, una creatura malvagia e spietata che usa i capelli delle sue vittime come arma. Kagome, intanto, è riuscita a tornare a casa attraverso il pozzo, ma Inuyasha non riesce a vedere i capelli di Yura senza l'aiuto del sesto senso della ragazza e decide di andarla a cercare.
Sesshomaru convince Magatsuhi, lo spirito malvagio che alberga nella Sfera dei Quattro Spiriti, ad agire in prima persona per appropriarsi del frammento di Kohaku. Magatsuhi assume così una forma corporea e attacca il gruppo di Sesshomaru.
Hitomiko è una sacerdotessa Shinto dagli straordinari poteri spirituali, capace di creare una barriera impenetrabile dallo stesso Naraku. Quest'ultimo, grazie a uno stratagemma, riesce a ucciderla e a impossessarsi del suo corpo per attirare Kagome in una trappola.
Byakuya, per ordine di Naraku, consegna a Sesshomaru un frammento dello Specchio del Demone, in modo da donare a Tenseiga l'abilità di assorbire i poteri di altre armi demoniache con cui entri in contatto. Così equipaggiato, Sesshomaru decide di sfidare Inuyasha.
Reduce dalla battaglia contro Shishinki, Sesshomaru si reca da Totosai per chiedere lumi sul legame fra Tenseiga e Tessaiga, ma ottiene solo un'esortazione a dimenticare il suo rancore verso Inuyasha e la sua bramosia riguardo alle spade.
Sesshomaru si sta chiedendo perché non riesca a completare la nuova tecnica offensiva di Tenseiga, Meido Zangetsuha, quando compare un ragazzo che dice di conoscere il segreto della sua spada. Sesshomaru accetta di seguirlo e viene così condotto da Shishinki, un potente demone che in passato lottò contro suo padre.
Nella battaglia finale contro il demone d'ossa e sua figlia, Miroku adopera il vortice della mano destra ma viene sopraffatto dal dolore provocato dalla ferita di miasma che ha sul braccio, e Sango si trova costretta a spalmare del veleno sopra Hiraikotsu per poi colpire il demone d'ossa.
Il demone specchio di Kanna ha sottratto tutta l'energia demoniaca a Tessaiga e ora si appresta a eliminare Inuyasha e i suoi compagni con le stesse temibili tecniche di combattimento con cui essi si sono sempre difesi.
Mentre è in cammino, il gruppo di Inuyasha giunge presso uno strano villaggio circondato da fiori profumatissimi. Due anziani consigliano loro di fermarsi nel villaggio per passare la notte tranquilli.
Mentre Inuyasha cerca di riprendersi dalla morte di Kikyo, e Koga lascia il gruppo perché non si sente più utile non avendo più i suoi due frammenti della Sfera, Kagome riflette sul significato dell'ultimo desiderio di Kikyo, "proteggere la luce di Kohaku".
Inuyasha è andato a cercare Kagome, che ha affrontato una prova impòstale da un fantasma di Kikyo. Mentre i due sono lontani, il resto del gruppo viene catturato da Naraku.
Dopo aver guarito Miroku dal veleno contenuto nel miasma di Naraku, Kikyo ne è impregnata a sua volta e ha bisogno di essere purificata. Naraku ancora una volta tende una trappola a Inuyasha, Kikyo e Kagome, risvegliando antichi ricordi e facendo in modo di contaminare i loro sentimenti.
Dopo aver assorbito un demone albero capace di penetrare le barriere demoniache, Naraku si incontra con Moryomaru, il demone che racchiude in sé il cuore di Onigumo sotto forma di un bambino, centro vitale di Naraku.
Inuyasha si rivolge a Totosai per chiedergli cosa ci sia che non va in Tessaiga, dal momento che durante gli ultimi scontri si è talmente surriscaldata da ustionare gravemente le mani di Inuyasha.
Il gruppo torna al villaggio e Kagome nella sua epoca per rilassarsi. Inuyasha racconta a Kaede che Kikyo è ancora viva. Kagome riceve in regalo una bici usata dai vicini, ma Inuyasha infastidito di non essere avvertito del suo ritorno nell'era moderna va a riprenderla distruggendo involontariamente la bicicletta mandando Kagome su tutte le furie.