Tentata dall'infame ricatto di Naraku, Sango sottrae Tessaiga a Inuyasha e si reca al palazzo del perfido demone, con la debole speranza di poter salvare il fratello tenuto in vita da un frammento della Sfera dei Quattro Spiriti, ma completamente asservito al male.
Il perfido Naraku, convinto di non poter avvicinare Inuyasha a causa dello straordinario potere di Tessaiga, escogita un diabolico trucco per rendere inoffensivo il suo nemico. Utilizzando un frammento della Sfera dei Quattro Spiriti restituisce la vita a Kohaku, fratello di Sango, e controllando la sua volontà, lo trasforma in un mostro assassino.
Accompagnato da Miyoga, un vecchio demone-fabbro di nome Totosai abbandona la propria abitazione per sfuggire alle ire di Sesshomaru. Quest'ultimo, infatti, gli aveva commissionato una spada che Totosai in realtà non ha la minima intenzione di forgiare.
Inuyasha e i suoi compagni di viaggi si mettono ancora una volta alla ricerca di Naraku che ha appena ottenuto un nuovo corpo grazie alla stregoneria del Kodoku e ha rapito la sacerdotessa Kikyo.
Mentre Inuyasha, Miroku e Kaede sono alle prese con Royakan, Shippo si rifugia nel "pozzo mangia ossa" con la Sfera dei Quattro Spiriti parzialmente ricomposta. Kagome, capta la presenza della sfera e, dopo essersi tormentata per giorni su quanto avvenuto durante l'ultimo incontro con Inuyasha e aver accettato a malincuore un appuntamento con Hojo, riesce a tornare nell'epoca Sengoku.
Kagome è appena tornata nella sua epoca e non ha modo di ripercorrere il pozzo indietro nel tempo, essendo stata privata di quella parte di Sfera dei Quattro Spiriti che le permetteva di compiere il "viaggio". Kaede si occupa della grave ferita di Inuyasha, derivatagli dallo scontro con Sesshomaru, mentre Miroku cerca di placarne l'animosità.
Infuria la battaglia tra Inuyasha e il fratellastro Sesshomaru, dotato di un braccio umano potenziato da un frammento di Sfera dei Quattro Spiriti tale da permettergli di impugnare Tessaiga. Kagome cerca a tutti i costi di colpire il braccio sinistro di Sesshomaru con le sue frecce, ma Inuyasha le proibisce di immischiarsi nel combattimento.
Sesshomaru è alla ricerca di un nuovo braccio sinistro che gli permetta di impugnare Tessaiga, in modo da poter finalmente sottrarre la spada al fratello Inuyasha e vendicarsi di lui. La soluzione giunge grazie alla comparsa del perfido Naraku, che consegna al potente demone Sesshomaru un braccio umano potenziato con un frammento di Sfera dei Quattro Spiriti.
Per liberarsi di un'armata di soldati alle sue calcagna, un misterioso pittore sfrutta i poteri di un frammento della Sfera dei Quattro Spiriti per trasformare i propri disegni in realtà, scagliando contro il proprio nemico una torma di spiriti degli inferi. Inuyasha, fiutato l'odore di inchiostro, trascina Shippo e Kagome alla ricerca del pittore.
Mentre Kagome, Inuyasha e Shippo proseguono il loro cammino, un bizzarro monaco buddista di nome Miroku, molto sensibile al fascino delle donne, si reca alla corte di un ricco nobile per esorcizzare la principessa sua figlia, vittima dello spirito di una donnola.
Urasue rapisce Kagome per trasferire la sua anima nel corpo artificiale da lei creato. Kikyo tornata in vita uccide Urasue supportata da un profondo rancore nei confronti di Inuyasha (i due avevano una relazione), secondo lei responsabile della sua morte. Inuyasha però dice di non essere stato lui e di essere invece stato attaccato dalla sacerdotessa.
Lo spettro Urasue, demone malvagio, profana la tomba di Kikyo e ruba le ossa della sacerdotessa morta prematuramente cinquant'anni prima. Inuyasha, che ha 'fiutato' il pericolo, convince Kagome a ritornare al villaggio, dove Kaede li informa di quanto avvenuto la notte precedente.
Dopo aver accettato l'invito al cinema del compagno di scuola Hojo, Kagome ritorna all'epoca Sengoku per mettersi alla ricerca dei frammenti dispersi della Sfera dei Quattro Spiriti. Durante la ricerca, Inuyasha trae in salvo una fanciulla di nome Nazuna, che dice di essere sfuggita a uno dei numerosi demoni ragno che infestano quella zona.
Kagome si trova a dover accompagnare Sota all'ospedale a trovare un amico in coma qui incontra Mayu, un fantasma che rischia di finire negli inferi. Kagome, commossa dall'espressione triste di Mayu, decide di aiutarla.
Inuyasha e Kagome si trovano ad affrontare un nuovo terribile demone, la Maschera Carnivora, ma questa volta il teatro dello scontro è il presente! Inuyasha deve viaggiare sino ai giorni nostri per salvare Kagome, che ignara si prepara a fronteggiare un altro nemico: gli esami di ammissione alla scuola superiore!
Inuyasha si trova in difficoltà contro i fratelli Bestia del Fulmine, il nemico è potente, e grazie all'energia unita di cinque frammenti della Sfera dei Quattro Spiriti sembra quasi invincibile. Solo la determinazione gli permetterà di salvare Kagome sconfiggendo i malvagi fratelli.
Kagome e Inuyasha incontrano Shippo, un piccolo demone volpe intenzionato a vendicare il padre. Purtroppo Kagome viene rapita proprio dagli assassini del padre di Shippo, i fratelli Raiju, Bestie del Fulmine. Toccherà a Inuyasha combattere per liberarla.
I nostri eroi procedono separatamente alla ricerca di Naraku. Tanto Sango quanto Miroku vengono ingannati dalle illusioni di Byakuya il primo rischia di aprire il suo Vortice della mano destra e farsi inghiottire da esso, mentre la seconda è talmente ossessionata dall'idea di voler salvare Miroku, che appare disposta a sacrificare Rin pur di ottenere il suo scopo.
Mentre Sango e Miroku si addentrano sempre più in profondità nel corpo di Naraku, vengono colti da una strana illusione. La scena che si para loro davanti è quella della morte del padre di Miroku, risucchiato dal suo stesso Vortice della Mano Destra.
Kagome è tornata nella sua epoca per partecipare alla cerimonia di diploma e per festeggiare frettolosamente la propria ammissione al liceo. Dall'altra parte del pozzo, in epoca Sengoku, l'aspetta la battaglia finale contro Naraku, nonostante lei non abbia ancora recuperato i propri poteri spirituali.