Una volta che Yugi e i suoi amici raggiungono il Regno dei Duellanti, Pegasus annuncia che ci sono molti strani segreti sull'isola che renderanno il suo torneo finale diverso da qualsiasi altro in cui abbiano mai giocato.
Yugi cede uno dei suoi gettoni stellari a Joey in modo che possa salire a bordo della barca per il Regno dei Duellanti e salvare la vista della sorella, mentre Téa e Tristan si nascondono per unirsi ai loro amici.
Yugi e amici si prendono una pausa dal perfezionamento delle loro abilità per guardare Weevil e Rex Raptor competere nel Duel Monsters Regional Championship.
Yugi e i suoi amici rimangono stupiti dalla collezione di carte Duel Monsters del nonno, ma quando il duellante Nº 1 e spietato magnate lo rapisce per avere la carta Drago Bianco Occhi Blu, Yugi deve affrontare Kaiba in uno scontro epico di Duel Monsters!
Quando Téa e Serenity fanno un giro nella Città di Domino e si ricordano delle battaglie degli amici durante Battle City, si rendono conto di quanto siano cresciute e di quanta strada abbiano percorso... e di quanta ancora ne abbiano da fare!
KaibaCorp Island esploderà a minuti, ma i motori del dirigibile sono offline! E come se non bastasse, Kaiba e Mokuba non si trovano! Riusciranno Yugi e i suoi amici a fuggire in tempo dall'isola, o sprofonderanno nel fondo del mare?
Il Drago Alato di Ra di Marik ha distrutto sia Slifer il Drago del Cielo che Obelisk il Tormentatore!
Marik trasforma il Drago Alato di Ra nella sua forma più potente, la Divinità Egizia Fenice! Se Joey non saprà resistere alle fiamme infernali del fuoco ardente della Fenice, sarà carbonizzato e perderà il duello...
Intrappolato e vicino alla fine, a Joey non può andare peggio... ma Marik ha tutti i pezzi necessari per evocare il Drago Alato di Ra! Riuscirà Joey a impedire a Marik di evocare la carta Divinità Egizia, oppure la vittoria sarà irraggiungibile?
Non solo l'Helpoemer di Marik manda le carte più forti di Joey al cimitero prima che Joey possa usarle, ma Joey subisce danni per ogni mostro che finisce al cimitero!
Marik intrappola Joey in un Gioco delle Ombre in cui il cuore di ogni duellante è collegato ai propri mostri... letteralmente! Ogni volta che un mostro subisce danni, è il duellante a provare dolore!
Joey avrà anche lottato in alcune delle battaglie più feroci di Battle City, ma l'addestramento in prima linea gli ha insegnato a essere un duellante d'élite, o è ancora uno scalino sotto gli altri tre campioni di Duel Monsters?
Onore, amicizia, vendetta... Mentre i duellanti si ricordano per cosa stanno lottando, la battle royal infuria a tal punto che i duellanti non sanno più da dove arriverà il prossimo attacco!
Yugi e i suoi amici arrivano a KaibaCorp Island dove i finalisti di Battle City si affronteranno nell'arena di duello definitiva, la maestosa Torre dei Duelli che si erige centinaia di metri tra le nuvole!
Kaiba si scontra con Gozaburo – e i propri demoni – nel tentativo di conquistare finalmente il suo passato doloroso. Ma come farà Kaiba a sconfiggere l'Exodia Necross di Gozaburo che non può essere distrutta con incantesimi, trappole e nemmeno attacchi?
Un missile distruggerà la base subacquea tra mezzora, ma i nostri eroi sono ancora intrappolati dentro e non riescono a scappare!
Yugi ha sconfitto Noah... ma ancora non riescono a fuggire dal mondo virtuale! Il vero motivo dietro il loro intrappolamento viene svelato... il vero e proprio cattivo che tira i fili!
Uno dopo l'altro, gli amici di Yugi vengono trasformati in statue di pietra! Ma sebbene la banda sia stata solidificata, il loro spirito sopravvive!
Yugi, stufo della slealtà di Noah, prende il posto di Kaiba nel duello. Tuttavia, ogni turno che passa, uno degli amici di Yugi viene trasformato in pietra!
Kaiba sta per finire Noah, ma Mokuba lo protegge dal colpo di grazia!