La notte prima della battaglia finale c'è un gran fermento! Yugi giura di spodestare Pegasus per il bene di suo nonno. Tristan guida una spedizione per scoprire i segreti di Pegasus.
Kaiba è indifeso contro il mazzo Toon World di Pegasus e la sua capacità di leggere nel pensiero. Alla fine del duello, Pegasus imprigiona l'anima di Kaiba in una carta, proprio come con nonno e Mokuba! Yugi ne ha abbastanza!
Joey duella valorosamente, ma Rex Raptor ha sfoderato la sua arma segreta: Drago Nero Occhi Rossi. Joey deve capire il segreto del dono di Yugi, la carta Stregone del Tempo, senza l'aiuto di Yugi, altrimenti addio Regno dei Duellanti!
Joey decide di affrontare Rex Raptor senza l'aiuto dei suoi amici per dimostrare di essere abbastanza uomo da potersi occupare di Serenity da solo.
Yugi sconfigge Drago Bianco Occhi Blu ma ce ne sono altri due! Riuscirà Kaiba a raggiungere Yugi in tempo per aiutarlo a sconfiggere questo impostore?
Yugi deve duellare con un sosia di Kaiba creato dall'avidità e sete di potere che Yugi ha tolto a Kaiba. Ma senza le sue carte migliori, Yugi dovrà trovare una strategia per sopravvivere al potente Drago Bianco Occhi Blu del finto Kaiba!
Se Yugi venisse eliminato dal torneo, il disonesto consiglio di KaibaCorp darebbe il controllo dell'azienda da Kaiba a Pegasus!
Il pescatore duellante, il maestro del Sea Deck, attira Yugi in un duello a casa sua per avere il fattore campo. Riuscirà Yugi ad adattarsi a questo nuovo ambiente e cambiare le sorti della battaglia?
Mentre Joey cerca un avversario che possa battere, si ritrova ad accettare coraggiosamente una sfida dal duellante veterano, Mai.
Dopo che Yugi sconfigge la prima ondata di Duel Monsters di Weevil, è scioccato nello scoprire che Weevil ha un ultimo asso nella manica una famelica Great Moth che cresce di potenza a ogni turno!
Una volta che Yugi e i suoi amici raggiungono il Regno dei Duellanti, Pegasus annuncia che ci sono molti strani segreti sull'isola che renderanno il suo torneo finale diverso da qualsiasi altro in cui abbiano mai giocato.
Yugi cede uno dei suoi gettoni stellari a Joey in modo che possa salire a bordo della barca per il Regno dei Duellanti e salvare la vista della sorella, mentre Téa e Tristan si nascondono per unirsi ai loro amici.
Yugi e amici si prendono una pausa dal perfezionamento delle loro abilità per guardare Weevil e Rex Raptor competere nel Duel Monsters Regional Championship.
Yugi e i suoi amici rimangono stupiti dalla collezione di carte Duel Monsters del nonno, ma quando il duellante Nº 1 e spietato magnate lo rapisce per avere la carta Drago Bianco Occhi Blu, Yugi deve affrontare Kaiba in uno scontro epico di Duel Monsters!
Quando Téa e Serenity fanno un giro nella Città di Domino e si ricordano delle battaglie degli amici durante Battle City, si rendono conto di quanto siano cresciute e di quanta strada abbiano percorso... e di quanta ancora ne abbiano da fare!
KaibaCorp Island esploderà a minuti, ma i motori del dirigibile sono offline! E come se non bastasse, Kaiba e Mokuba non si trovano! Riusciranno Yugi e i suoi amici a fuggire in tempo dall'isola, o sprofonderanno nel fondo del mare?
Il Drago Alato di Ra di Marik ha distrutto sia Slifer il Drago del Cielo che Obelisk il Tormentatore!
Marik trasforma il Drago Alato di Ra nella sua forma più potente, la Divinità Egizia Fenice! Se Joey non saprà resistere alle fiamme infernali del fuoco ardente della Fenice, sarà carbonizzato e perderà il duello...
Intrappolato e vicino alla fine, a Joey non può andare peggio... ma Marik ha tutti i pezzi necessari per evocare il Drago Alato di Ra! Riuscirà Joey a impedire a Marik di evocare la carta Divinità Egizia, oppure la vittoria sarà irraggiungibile?
Non solo l'Helpoemer di Marik manda le carte più forti di Joey al cimitero prima che Joey possa usarle, ma Joey subisce danni per ogni mostro che finisce al cimitero!